“流轉土地的收入達不到農民的收入增長預期，無法滿足農民的日常生活需要，也是農民不願意流轉的重要因素。”一位市農委相關人士表示，盡管在北京一畝農地的流轉費用平均在1千元左右，而且都確立了穩定的增長機製，但仍然比不上北京農產品價格的翻番增長，如今“十塊錢隻能買幾棵蔥”已經變得非常普遍，這讓農民深刻地感覺到，一畝地1千元仍然不足以購買一年生活所需的農產品，即便是加上工資收入和合作社分紅也隻能做到勉強持平，但由於國家對於農村各種稅費的相繼取消，若是自己種地，盡管一年下來一畝地的淨收入僅有六七百元，可這是一戶家庭從土地中收獲的純收入，重要的是還可以省下購買農產品的大部分費用，兩相比較，自然是自己種地更為劃算。
症結二：合作社處境尷尬
農民的農地流轉意願有待增強，聯結農民與農業龍頭企業的農業合作社也遭遇到了發展的“天花板”，亟待發生深刻改變。
對於農業合作社在中國農業和農村未來發展改革中的重要作用，中國社科院農村發展研究所所長張曉山曾指出，農民群體在農業產業鏈中長期處於弱勢地位，通過組建合作社，有助於增強整個農民群體在市場上的談判地位，更可有效地抵禦市場風險。
現實中，隨著合作社與企業合作的不斷深入，以及人們對農產品安全的關注度提高，雙方的合作內容已從簡單的“你生產、我收購”轉變為“履曆農業”：農業龍頭企業通過合作社，對整個農業生產流程實行檔案化管理，引導農產品價格的合理增長，並對生產工藝提供技術服務，對農民提供技術培訓，保證質量安全。
這種變化同樣影響到了合作社的發展態度，特別是耳濡目染了傳統的農產品經龍頭企業精深加工之後產生高附加值的全過程後，合作社開始從最初對農產品“統一生產、統一銷售”的初級目標轉而瞄向農產品的精深加工。
合作社的主動轉型本是好事，其涉足深加工之後產生更大的效益，意味著對入社農民利潤分配的額度將會增加，將有助於農民財產性收入的增長，但對於轉型時出現的新問題多數合作社卻是始料未及。
王良忠告訴記者，合作社要做深加工就要建設生產車間，需要到相關部門進行立項，而合作社作為一個農民自律組織，根本不具備立項主體資質，若是注冊公司，合作社的注冊資金籌集也是一大難題。
“即便是可以建設生產廠房，合作社精深加工的產品要進入市場也不容易。”張曉山指出，成為一個真正市場化的合作社，要求其必須申請獲得諸如QS食品安全認證、有機食品認證等一些資質，若需要開展出口業務還需要向相關政府部門提出申請，獲取進出口權限，但現行的《農民專業合作社法》中對於合作社如何開展深加工、如何獲取相關資質和權限並沒有做出明確規定，沒有規定反映到實際的操作上就形成了管理的真空，這使得以合作社名義向相關政府部門提出上述申請時，往往得到的回複是，因沒有法律依據無法受理。
政策的局限性極大地掣肘了農業合作社的轉型發展，多數的區縣政府也曾經進行過多種突破性地嚐試。比如，在密雲縣政府的協調幹預下，密雲奧金達蜂業養殖合作社成功辦理了工商營業執照，並申請了QS等相關資質和進出口權限。但對於這一成功案例，采訪中王良忠一再強調這隻是一個特例，因為蜂蜜產品進入市場隻需進行灌裝、外包裝等粗加工，在協調相關部門時密雲縣有意回避了深加工的提法，“奧金達合作社充其量可稱之為試點，因為自此之後，密雲再也沒有過類似的成功案例。”
張曉山認為，相關的法律由於是在合作社成立的初期製定，對今後的發展並沒有做到充分的預估，它理應隨著合作社的發展而不斷修改和完善。
除此之外，農業人口逐年減少的現實也左右著合作社的成長，密雲下屯蘆筍種植合作社理事長肖慶嶺就告訴記者，農業工人的逐年減少已經成為製約農業合作社發展的一大難題，以密雲河南寨鎮下屯村為例，1991年時全村的農業人口為642人，2011年統計時僅剩下了380人，在農用土地數量不變的情況下，北京農村的農業人口正在以年15％遞減的速度在流失，而農業工人主要是由原來的農民轉變而來，農民的減少則意味著農業龍頭企業和合作社所需的農業工人隨之大幅減少。
種種跡象表明，在農地流轉中發揮重要作用的合作社，其發展處境遭遇了前所未有的尷尬，產生的直接結果是合作社的裹足不前，深層次的影響則是合作社的收益隻能在一定的區間內產生波動，難以擔負起農民收入實現持續增長的重任，進而對農地流轉的有序推動產生了消極意義。