原子論者德謨克利特奉行一種極端的機械論觀點，他將靈魂也視為一種特殊類型的原子，“隻不過其個頭更小，而且是圓形的，這樣就更便於運動”。然而，該理論所麵臨的最大的問題是沒法合理解釋原子最初的推動力，亞裏士多德在《物理學》第二卷中以一種略帶諷刺的口吻揭示了該問題，“一方麵，他們認為動物和植物的存在或產生都不是出於偶然……另一方麵他們卻主張天空以及可見事物中最神聖的東西是出於偶然……”。換言之，既然促使原子碰撞的初始動力是偶然出現的，那又如何保證原子碰撞過程遵循絕對的規定性呢？盡管如此，他在認識論方麵還是頗有建樹的，他提出了兩種認識論觀點，即流射說和約定說。流射說假設外物生成影像，影像作用於人的感官而形成印象，影像是一些流動的原子束。約定說則認為，人對外物的感受基於人為的約定，例如約定什麼情況下呈現紅色、什麼情形下會感覺到冷等等，所有這些感覺都隻是原子碰撞運動的結果。以現代科學的視角審查這些解釋幾乎不需要什麼大的改動。
哲學從天上拉回人間
從最初泰勒斯提出水本原說到德謨克利特完善原子論，大部分早期希臘哲學家沿襲這種自然主義的研究傳統。受這股思潮的影響，那個時代古希臘在自然科學方麵取得了空前的進步，其中許多哲人本身就精通天文學、數學、醫學等。然而好景不長，該思潮發展中的一些弊病逐漸顯現出來，主要可以歸結為以下兩條。首先，是內部觀點的不一致，基於不同的觀點同一個問題出現不同的解釋。以本文所探討的靈魂概念為例，柏拉圖就曾在《法律篇》中總結出自然主義內部的三種定義，“…推動太陽的靈魂就住在這個可以看見的圓的物體中…”，“或者這個靈魂…自己有一個火或氣作成的外部的形體，而以自己的形體猛烈地推動那個物體”，“或者第三，它並沒有這樣一個形體，而是用某種異常驚人的力量來帶動太陽的”。⑩顯然這種定義混亂的局麵為相對主義智者們提供了立論的依據。其次，是解釋嚴重脫離日常使用。對於一個崇尚公民社會、熱衷於政治辯論的城邦國家而言，過分強調自然現象而不談及公共事務顯得不合時宜。例如柏拉圖在《斐多篇》裏借蘇格拉底之名對阿那克薩戈拉的心靈解釋表不滿，“我的這位哲學家完全拋棄了心靈或任何其他關於秩序的原則，而是求援於空氣、以太、水以及別的稀奇古怪的東西”。
時代造就了蘇格拉底，鑒於自然主義的所麵臨的問題，他首先給出了合理的思考。受阿那克薩戈拉“努斯”的啟發以及普羅泰戈拉“人是萬物的尺度”的影響，他嚐試經由人事把握心靈這一內在本原，而非借助當時眾說紛紜的“自然科學”。他將哲學從天上拉回人間的同時，也將靈魂探討的核心點從自然界轉回到了人自身。（為此，更多探討倫理、道德、直覺體驗、政治實踐等問題。）不同於相對主義的智者，他相信人心能夠把握真理，提出德行即是知識。然而，比起自己建構哲學理論，他似乎更善於引導、啟發別人思考，他的學生柏拉圖就是其哲學思想的直接受益者。
柏拉圖的靈魂觀
柏拉圖對靈魂概念的闡述頗為豐富。在《理想國》中他將靈魂分成三個層次，分別是理性、激情和欲望。理性是屬於純粹的靈魂，其可以把握理念世界，激情則沒有那麼純粹，參雜了可感世界中的一些成分，但依然服從理性支配，而欲望則是靈魂的墮落，沉溺於可感世界的結果。基於此，他在《斐多篇》中做了一個形象的比喻，“靈魂好像是兩駕馬車，理性是駕馬者，激情是馴服的馬，欲望是桀驁的馬”。
在《國家篇》中，他將靈魂比作眼睛，“當它注視被真理與實在所照耀的對象時，它便能夠認識這些東西，了解它們，顯然是有了智慧”。他認為內在與人的靈魂之所以能夠把握真理和實在乃是因為受到終極理念“善”的感召，就如同眼睛之所以能看見外在的世界乃是受太陽的照耀一樣。由此，他區分了兩個世界，一個是由靈魂把握的理念世界，一個是由眼睛感知的可感世界。較之這兩個世界，他認知隻有前一個世界是實在的，後一個世界是介於存在與非存在的中間態。
理念世界既然是純粹的實在，那麼其必然是恒在的。但問題是我們的靈魂如何能夠把握這一恒在呢？基於這個問題，他在《斐多篇》中給出了一個合乎常識的論證，即回憶說。“當你問人問題時，如果你的問題提的恰當，則被問的人自己就會正確地作出回答”。基於這一現象他給出的解釋是“我們必然是在我們生下來以前就已經得到這種知識了。”繼而他斷言“靈魂在取得人的形式之前，就早已經離開人的身體而存在了，並且還是具有知識的。”該斷言可以進一步推出人的肉體部分和靈魂部分是相分離的，可朽的是人的肉體，而靈魂是不朽的。他還借鑒了畢達哥拉斯靈魂淨化的思想，認為回憶是一種“死亡練習”，“最徹底的淨化是靈魂與肉體的完全分離，這就意味著個人生命的終結”。
然而，他並未滿足於以上推論性的解釋，在《蒂邁歐篇》中他提出了某種形式的神證論：
“神是這樣考慮問題的。他認為在本性上可以看見的東西中，有理性的東西，整個說來，總是比沒有理性的東西好，而理性不能存在於沒有靈魂的東西裏麵，因此，當他創造世界的時候，他便把理性放到靈魂裏邊去，把靈魂放到身體裏邊去…這個世界是由於神的天道把它當作一個賦有靈魂和理智的生物而產生出來的”。