在科研成果轉化的利益問題中還存在一個比較突出的問題，當前科研項目激勵機製的主要對象是立項人或者學科帶頭人，整個項目的激勵機製主要為其提供生活、工作、獎勵等方麵的保障激勵，從而能讓他們集中精力有效的完成科研任務。然而應當看到，不少項目立項人和學科帶頭人僅僅在項目開始時或項目結束時參與到整個項目的開發與研究當中，甚至有些立項人隻是在項目完成後在項目內簽名，從項目開始到結項，根本就沒參與到項目當中。有些地方高校在項目發展期間要求研究生參與，但是研究生在從事課題研究的過程中僅被作為助手，在研發過程中隻能做做實驗，對於實驗的目的是什麼，課題的研究方向是怎樣，學生對此知之甚少，加上他們在科研研究中勞動報酬也很少，極大的打擊了他們的積極性。盡管如此，很多高校還是重視對研究開發該成果的研究者的獎勵而忽視對該科技成果的轉化者、管理者、輔助者的獎勵，因而影響了從事高校科技成果轉化工作人員的積極性，導致大部分科研管理人員隻做課題申報等行政性工作，這使得走入企業和社會介紹推廣高校科技成果的機會變少，造成高校大部分科研成果被擱置。
（三）關於科研成果轉化的法律、政策不完善
目前，我國有關於科技成果轉化、應用的法律和政策尚不健全，很多都帶有計劃經濟的成分，已經不能適應現在日益發展的科技成果轉化的需要，阻礙了科技成果的轉化，必須進行改革。關於科研成果轉化的法律和政策主要存在以下問題：
1. 稅收法律政策不完善，製約了科技成果的轉化。現行的稅法多是由國務院及其相關部門和地方製訂的法規和政策，由全國人大製定的較少，缺乏權威性；對科技成果轉化的規定過於籠統，也缺乏操作性；“國家對內資、外資企業的稅收優惠政策不一致，‘重外輕內’，打擊了內資的積極性；國家對高新技術產業開發區內、外的高科技企業的稅收優惠政策不一致，‘重內輕外’，對區域外的高科技企業不公平；就企業向國家繳納的增值稅來說，由於高新技術產業的產品多以智力性因素增值為主，以原料為主的較少，其能抵扣的增值額有限，故其稅收負擔明顯高於一般企業，打擊了科技型企業的積極性。”[4]
2. 高校科技成果轉化是需要一個高投入的過程，科研開發投入力度直接關係到科研成果轉化，同時科研經費的投入情況能夠反映一國或地區或機構組織對科技的重視程度，會對成果轉化的激勵機製產生深刻的影響。政府部門的資助是高校科技經費的直接來源。我國現行科技投入總量不足，投入體係不盡合理，與國民經濟的發展水平不相適應。我國目前對科技成果應用、推廣、轉化的投入較少，遠遠低於發達國家同期的數量。“如對湖南全省2001～2001年度所登記的579項科技成果轉化的調查顯示，有60.1%的成果擁有者認為成果轉化過程中急需解決的首要問題是資金問題，有45%的項目是因為缺乏啟動資金導致成果不能轉化。”[5]故資金投入問題是高校科技成果轉化激勵機製的重要內容。
3. 法律不完善，缺乏可操作性，不利於科技成果的轉化。例如《中華人民共和國科技進步法》有些條款規定過於原則，不能實際操作。《科技進步法》第四章第二十七條第二款規定“基礎研究和應用基礎研究經費在研究開發經費總額中應當占有適當比例”中的“適當比例”到底是多少，缺乏具體性規定，由於規定的不具體更談不上強製性，實際操作中可能就會變成多錢多投，少錢少投甚至不投的情況。同樣在《中華人民共和國促進科技成果轉化法》中也同樣缺乏實際的可操作性。高新技術產業立法明顯滯後，技術市場法律製度亟待完善。
（四）高校科技成果轉化中的管理體製僵化
僵化的經濟體製和管理體製，忽視人的主體性，壓抑人的創造性，挫傷人的積極性；而適合市場需求的管理體製則能充分調動人的主動性與積極性，故管理體製是激勵機製的重要環節。但是由於我國的市場經濟仍處於發展之中，計劃經濟的影響依然存在，這就導致了人才流動仍然不順暢，高校科研人員和企業的人才雙向交流或兼職仍然不能實現。在政府和高校中，都存在著行政命令、部門安排等現象，缺少競爭壓力與市場聯係，大部分科研人員不主動與企業聯係，做企業迫切需要的科研項目，封閉自守，活力不足。除了管理體製的僵化，高校科研管理部門的用人體製也存在僵化的情況，沒有真正建立起公平競爭，唯賢是用的用人機製，大多數高校沒有將對科研成果轉化做出突出貢獻以及與企業緊密聯係的科研工作者提拔到重要管理崗位，也沒有激發出他們的管理協調能力，再加上高校對科技成果轉化工作的忽視，沒有認識到科研管理部門是高校與社會接軌的重要窗口，在行使管理職能過程中沒有實行人性化的管理，無法調動科技成果轉化工作者的積極性，從而限製了他們科技創新能力的發揮，嚴重影響了科技成果轉化工作的進展。
三、 建立健全科技成果轉化激勵機製的措施
（一）重視科研成果的轉化，堅持理論研究和應用研究並重
高校科研成果轉化過程不僅本身是科技經濟活動，也是教學科研和培養人才的過程。這種創造性活動要求高校及其科研人員轉變觀念，樹立科技沒有轉化、應用，等於沒有研究出來的觀念。高校不僅以科研為核心，同時也是通過教學的方式來培養人才，培育能夠進行科研與開發的人員。科研人員既要注重學術價值，又要注重培養創新型人才的創新思想。這就要求高校在對科研人員評定職稱或晉升時，不僅要將論文專著的發表數、科研成果的水平作為硬指標而加以考核，而且也應該充分重視科研成果的開發應用及其所取得的經濟效益。隻有這樣才能使科研人員在科研立項時，充分考慮到技術的可行性與成果的可轉化性。應根據市場的需求，加強與企業的聯係，努力將科研成果轉化成有市場，有經濟效益的產品。