目前在移民安置中存在的其他問題有：一是建設工程難度大。移民安置區所在地大多都是沙丘地或其它荒地，沙丘地多屬於梯次沙地，多為幹燥型半固定浮沙地，推平後需要從遠處拉來黃土覆蓋其上，其它荒地需要開挖鋪墊，工程量大。安置區的各項基礎設施（水、電、路等）均需要零起點規劃並組織施工建設，投入大。二是建設資金緊張。建設資金需求量大，但申報及審批流程較慢，上級資金撥付不及時，代建企業的墊資壓力大，原材料費用及用工工資不能及時發放，影響工程進程。以銀川市興慶區為例，興慶區一期移民預算投資2.18億，而寧夏發改委審批的建設資金僅為0.954億，撥付的還不到預算的一半，資金缺口大，區政府財政壓力大，支付困難。三是灌溉用水偏緊和農水灌溉渠道嚴重老化。由於原鄉政府農水灌溉體係嚴重老化，無法滿足新開土地灌溉的需求，改造渠道的跑、冒、漏或擴建揚水泵站需要一定的資金支持。四是規劃一步到位問題。規劃一步到位涉及到未來的持續發展，“十二五”時期中南部地區生態移民遷出縣，回族人口占總人口的48.9%，涉及到宗教問題，對清真寺的建設用地及回漢民族墓地的安排牽一發而動全身。另外如預留發展空間（考慮到入住移民糧食打碾場地建設、汙水處理問題），對未來新農村村容村貌有著重要影響。
（二）觀念的轉變還需要一個過程
移民來到新的環境後，由於經濟基礎差，文化素質低等原因，適應環境還需要一個過程，因而觀念的轉變也需要一個過程。表現為：
一是職業觀念的轉變。遷入新居後移民的職業分化、勞動力的流動在較大程度上不能及時實現。同時，大部分人依然蝸居在家中的觀念不能及時轉變，還需要政府大力引導使移民群體徹底轉變觀念使之盡快進入角色。
二是生育觀念的轉變。重男輕女、多子多福、性別偏好是山區農民封建思想的殘餘。對移民原有的落後生育觀念所進行政策調整是一項重大工程。
三是消費觀念的轉變。消費觀念和消費行為不隻是經濟學上的個體理性選擇思考的結果，也具有較為豐富的社會和文化內涵。因此，要對移民的市場經濟行為給予及時引導，進一步激發他們的經商意識，幫助農民盡快脫貧致富。
四是政治觀念的轉變。關心政治、參與政治活動、評議現行政策是現代政治生活的一個突出特征，也是城市化的一個必然現象。因此，加強移民群眾的政治參與度，使移民理解政府在搬遷過程中的諸多困難，提高他們參與的積極性。
五是教育觀念的轉變。要讓移民群眾深刻地認識到隻有知識才能改變命運，從未來發展看，提高移民的整體素質，發展教育事業才是長久之計。
（三）社會管理麵臨巨大挑戰
寧夏移民安置由於多種形式並存，沒有形成統一的移民管理機製，對遷入地的社會管理帶來很大挑戰。
1.政策接續和完善問題
在移民的管理方式問題上，要繼續政策銜接，否則將會造成新的社會矛盾。
一是檔案建設問題。包括戶籍管理的檔案建設、拆遷之前房屋折算價格（防止搬遷後出現不必要的經濟糾紛）、土地的補償（涉及退耕還林還草補償問題）。
二是社會保障問題。2012年2月，寧夏回族自治區政府出台文件，對移民在原住地享受的各種社會保障，在遷入地同樣享受。由於遷出區群眾大多數生活非常困難，以彭陽縣遷入月牙湖的移民為例，在首次遷出的4680人當中，其中1404人處於貧困線以下，占貧困人口的30%，因殘疾需民政救助的56人，屬地雖有新型合作醫療，但重大疾病救助無政策無資金，移入後這些殘疾人將麵臨著新的困難。