餘大成、張可大調兵遣將準備圍剿孔有德，一舉平定這次叛亂。然而孫元化卻是個書生氣十足的文人，他堅持認為孔有德所部都是遼鎮強軍，要對抗東虜還是得依靠他們，若就此剿滅，則損失的還是國家的力量。
再說孔有德等人自歸登萊，便隸屬其指揮，一直對他這個巡撫大人還算是挺恭敬有加的，也是其手下最精銳的兵馬，若是就此剿滅，則其麾下便再無能戰之兵。所以，孫元化不顧餘大成和張可大的反對，堅持認為孔有德並非有意造反，極力主張招撫孔有德所部。
主觀武斷的孫元化做夢都還在想著招撫孔有德，可這種的愚蠢行為不但為孔有德贏得喘息之機，使他數次躲過官軍圍剿的厄運，並且使他迅速發展壯大。
孫元化自欺欺人的表現，使得孔有德輕易占領河北府縣，沿途裹挾數萬河北平民，號稱十萬之眾，大肆劫掠，氣焰囂張，較之初起事時更為猖狂，從人數上已經差不多趕上西北、河南等地王嘉胤的民變軍流賊。
但在兵員素質上，孔有德的核心部隊一千餘人乃是其在東江時跟隨過來的遼軍舊部，戰鬥力在大明軍隊中屬於前列，自然不是王嘉胤、王自用這些吃不飽飯的饑民部隊所能比擬的。
所以，孔有德所部叛軍一旦成了氣候，在他的主力核心部隊職業軍人的教導操練下，其戰鬥力和禍害地方的程度也是遠超王嘉胤的民變軍的。
種種跡象表明，經過一路大肆劫掠，招兵買馬之後，羽翼漸豐的孔有德已經不可能再受朝廷安撫，他的野心已迅速膨脹，隻要拿下登萊，孔有德自忖完全可以和朝廷分庭抗禮。
然而孫元化卻仍沒有放棄招撫的幻想，他背著餘大成擅自給河北駐軍發出命令，要吳橋至登州一路州縣駐軍不得出兵阻擊孔有德，任由其東返。
當孔有德率部一路大搖大擺走到萊州府時，打算先是詐降，不費吹灰之力奪取萊州自是最好。詐降不成，又想強行攻陷萊州，以萊州作為根基，招兵買馬發展壯大，與朝廷抗衡。
然而萊州城是萬曆二十六年才重建的新城，城牆周九裏，高三丈五尺，基厚兩丈四。而且還參照了西洋築城法，築有炮台，易守難攻。
且作為遼東的後勤基地，萊州城中的糧草、兵器十分的充足，在知府江泰成的嚴密部署下，城中軍民依托堅城而守，對於缺乏攻城器械的孔有德而言，若是強行攻城，那麼迎來的隻能是一場惡夢。
孔有德有自知之明，雖然其部號稱十萬之眾，但大多卻是裹挾來的平民，根本派不上用場。主力核心隻是那千餘遼兵，一旦強攻，必然要受到重大傷亡，若是僥幸能夠攻陷萊州還好說，否則若是不能成功，元氣大傷，軍心必喪，再不能成事。
但是打仗豈能指望僥幸獲勝？
故而，在與李九成、李應元父子商量過後，孔有德決定轉攻登州。
登州城從天順年間就開始修建,三麵依海邊的山勢峭壁而建，本為水師重港，萬曆年間又為防備東鄰日本，辟為軍港，港中停泊有大明的水師軍艦。相比萊州，登州似乎應該更難攻破。
而且，此時登城城中的守軍也比孔有德的烏合之眾要強得多。
城中有三支守軍，一是由登州總兵張可大率領的一千八百名浙兵；二是由孫元化重金從澳門請來教授明軍操作西方火器的葡萄牙軍官團；三是與孔有德叛軍同樣出身的東江遼兵。
因此無論從城防設施，還是兵員素質，登州都可謂是固若金湯。
但即使孔有德叛軍一路殺到登州，所有人都認為孔有德是衝著登州城而來，而不是為了受撫而來時，身為巡撫的孫元化卻依然沒有清醒過來，他依舊沒有放棄招撫孔有德的念頭，依然覺得孔有德是受了他這個老巡撫的感召而前往登州來投誠。
孫元化的這個愚蠢想法無疑束縛住了他自己的手腳，使他不敢放手與孔有德的叛軍堅決一戰。
張可大與張燾、毛雨峰分兵夾擊孔有德，孔有德抓住機會與張燾、毛雨峰取得了聯係，並說動張燾、毛雨峰與他一起造反。
結果孔有德成功擊敗了張可大的浙兵，同時也收編了張燾、毛雨峰部下的遼兵，並借這些遼兵向城中的遼軍傳信，要他們響應起事，如此一來，城中的遼軍頓時開始有不穩苗頭出現。
孫元化的應對措施竟然卻是放出關在牢裏的參將耿仲明，想讓這個與孔有德並稱“山東三礦徒”的遼軍悍將壓製城中遼軍，與浙兵和葡萄牙軍官團一起抗擊城外的昔日同僚孔有德。