（4）《民間非營利組織會計製度》過分淡化對稅金的核算。事實上民間非營利組織除了非營利收入外，還應有營利收入，我們不能籠統地說非營利組織是或不是納稅人，而必須根據有關國家稅法規定來正確核算稅金。民辦高校教學、科研與後勤等方麵的經濟活動其目標不同，資金運動的性質也不同，因此在稅務的處理上也是有差異的。在民辦高校會計核算中，盡管稅金不是主要的支出，但稅金與費用還是有一定區別的。《民間非營利組織會計製度》中沒有規範稅費的核算，因此民辦高校繳納的一些稅金在會計核算上就沒有統一的核算。從調研的樣本來看，民辦高校對於繳納流轉稅有的計入業務活動成本，有的計入管理費用，有的計入其他費用等，五花八門。另外，在會計實務中對於民辦高校是否繳納企業所得稅，民辦高校的企業所得稅如何核算，在《民間非營利組織會計製度》中沒有設置所得稅費用會計科目，在業務活動表中也沒有設置所得稅項目。事實上，民辦高校有些收入是屬於所得稅範疇的，對於民辦高校繳納的所得稅是在業務稅金中核算，還是單列所得稅費用，這是一個必須明確的問題。
3、《民間非營利組織會計製度》報表體係不能體現民辦高校的財務狀況和業績成果
《民間非營利組織會計製度》中的資產負債表不能體現民辦高校真正的財務狀況。如隻設置了淨資產，沒有設置淨資產中出資人的資本金。
《民間非營利組織會計製度》的業務活動表不能體現民辦高校的業績成果，其業務活動表在最後反映的是本年的淨資產變動額，報表過於簡約，不明晰，不利於報表的使用者對財務信息的解讀。雖然民辦學校是不以營利為目的的，但作為核算國家公共資金的事業製度都明確反映結餘，難道民間資金反而不應反映結餘。任何一個組織可以不以營利為目的，但作為會計核算應該明確反映結餘，這有利於一個組織衡量自身一個會計年度的業務狀況，也有利於管理部門評判民間非營利組織的宗旨、營利性。
三、民辦高校會計製度的建設
上海、江蘇、河南等省市的教育主管部門會同財政部門，相應出台了一些地方性的會計規章，製定了本地的《民辦高校會計核算辦法（試行）》，如《海市民辦高等學校會計核算辦法（試行）》及江蘇省《民辦高校財務製度》和《民辦高校會計製度》，以規範民辦高等學校會計核算，保證會計信息的真實、完整。這些製度的出台和施行為其他地區對加強民辦高校會計核算方麵起到了很好的示範作用。2013年12月30日財政部頒布的《高等學校會計製度》（財會〔2013〕30號），結束了《高等學校會計製度（試行）》嚴重滯後的狀態。但民辦高校目前卻沒有國家統一的民辦高校會計製度。
隨著國家經濟體製改革的不斷深化，民辦高校在我國高等教育中的地位會越來越重要，規範民辦高校的財務與會計，使其健康發展，是個亟待解決的問題。
1、建設思路
（1）以現行的國家相關法律、法規為依據，結合民辦高校的特征製訂民辦高校會計製度。近十年來，中央和地方出台了一係列有關民辦高校管理和學校財務管理的法律和規定，為研究和設計民辦高校財務會計製度提供了相應的政策依據。主要有：原國家教委製定的《民辦高等學校設置暫行規定》；國務院頒布的《社會力量辦學條例》、《民辦教育促進法》及其《民辦教育促進法實施條例》；2000年國家頒布的新《會計法》；2012年12月18日財政部、教育部印發的《高等學校財務製度》和2013年12月30日財政部印發的《高等學校會計製度》；2004年的《民間非營利組織會計製度》；2006年的《企業會計準則》。這些法規和規章雖然有些比較原則，有些不是針對民辦高校的，但其中一些重要原則和精神是設計民辦高校會計製度的重要依據。
我國民辦高校近十多年的迅速發展，在辦學實踐中，逐步形成了民辦高校資金運動與財務管理上的一些特征。業務活動具有與公立大學相同的核算內容，基礎業務上可參照《高等學校會計製度》，做到與公立大學財務信息的相對可比性；民辦高校後勤管理社會化。與公辦高校相比，民辦高校實行了真正意義上的後勤社會化。如食堂、學生公寓、醫療、衛生服務等都引入社會資金，在設計會計製度時應考慮這一特征；民辦高校建立有效的財務約束機製。民辦高校經費全部自籌，並獨立承擔民事責任，存在較大的經營風險，多數民辦高校建立了財務約束機製。在經費安排上堅持以教學發展為中心，主要經費支出包括教學科研經費、公用支出經費和事業發展經費。民辦高校注重人才培養成本核算。全國大多數民辦高校一般是按二級學院或係部進行人才培養成本核算，嚴格控製一般管理費用支出，節省經費開支，部分學校還定期檢查預算執行情況，分析人才培養成本。民辦高校會計監督社會化。多數民辦高校實行董事會領導下的校長負責製，一定程度上做到了企業化的產權分離，民辦高校規定財務決算須由社會中介機構進行審計，確保會計報告公允、真實地反映學校的財務狀況和業績。民辦高校引入了經營學校的理念，注重效益的評價，提高了各類資源的利用效率。