5. 靈活性
綜合生態係統管理是適應性管理，是一種因時因地製宜、與時俱進的管理方式。它強調充分考慮不同地區自然、經濟、社會條件的特點，以及生態係統的區域差異性、複雜性、動態性和不確定性，要求管理計劃應具有一定的靈活性和適應性，以便管理策略能對出現的新情況進行相應調整，對發現的問題作出適當的修改與糾正。
（二）綜合生態係統管理的作用和意義
綜合生態係統管理既是一種新的理念、原則，又是一種新的管理策略、方式和方法。它不僅對整個環境資源管理、環境資源法製建設和環境資源法學的發展具有重要理論意義和實踐意義，而且對指導、促進和加強我國的環境資源管理工作、環境資源法製建設，特別是指導和促進中國西部防治土地退化的規劃管理工作和法製建設工作具有長遠的理論指導意義和重要的現實作用。概括起來，它的意義和作用如下：
1. 是履行《生物多樣性公約》、協調各相關國際環境資源公約的一種科學方法
首先，它是綜合管理土地、水和生物資源，公平促進其保護與可持續利用的戰略，它為落實《生物多樣性公約》的目標提供了綜合框架。其次，它是一種便於相關國際公約協調發展，便於相關領域方法融合的科學方法。它有助於解決《生物多樣公約》所涉及各種問題，有利於該方法與其他方法的結合與互補。
2. 有利於生態環境的保護、自然資源的可持續利用和包括土地退化防治內容在內的環境資源問題的解決
生態環境問題的整體性、複雜性和不確定性，需要綜合生態係統管理這樣的新思想、新模式。綜合生態係統管理方法可以為人們應對資源的所有權問題、保護區管理問題、資源獲取以及惠益共享等問題提供一個很好的框架，從而調動生態係統管理區域內所有利益關係人的積極性。它為規劃、利用、管理自然資源和自然環境（如土、水、植被、野生動物等）提供了新的方法，特別是科學的規劃方法，為更加有效地、可持續地利用生態係統的自然資源奠定了基礎，使生態係統的自然資源開發、利用和保護工作秩序井然地進行，從而實現經濟與環保的雙贏。
3. 有利於促進和加強環境資源管理工作和環境資源法製建設
綜合生態係統管理方法是運用多學科知識、多種調整機製的綜合方法框架，在這一框架內，可製定適用於特定情況的更具體辦法。實施綜合生態係統管理，有幾種方案可供選擇：可以將綜合生態係統管理的各項原則納入國家生物多樣性戰略與行動計劃和區域戰略的設計與執行之中；也可以將其原則納入政策工具、納入規劃進程的主流或納入部門計劃（如森林、漁業、農業計劃）。為實施綜合生態係統管理，各國和各級政府可以將其各項原則納入適當的體製、法律和預算渠道，找出已有的與之相一致或相同的準則，從而促進環境資源法製建設的健全和深入發展。綜合生態係統管理可以為我國規劃、利用、管理自然資源和自然環境（如土、水、植被、野生動物等）提供新的方法和思路，促進製度創新和機製創新，通過完善法律、政策、機構和社會經濟體製來支持環境資源保護工作，為更加有效地、可持續地利用生態係統的自然資源奠定基礎。
4． 是行政調整、市場調整和社會調整機製的綜合反映
這裏必須特別強調的是，綜合生態係統管理方法是體現良好治理思想、適合於公民社會和生態社區建設的方法，已被可持續發展問題世界首腦會議認可為加強可持續發展和減緩貧窮的一個重要手段。
5． 是對生態係統活動（包括管理、政策、法律等）進行規劃、決定和評價的有效工具
掌握和實施綜合生態係統管理方法是本項目成效大小甚至成敗的關鍵。綜合生態係統管理是《生物多樣性公約》項目的行動原則，也是全球環境基金審批生物多樣性項目的一個標準。我國有關《生物多樣性公約》項目，特別是全球環境基金第12個業務領域即OP12項目（GEF-OP12）的準備、實施過程中，充分重視這一方式，並應在項目全過程中貫徹。隻有在理解和運用綜合生態係統管理方法上下工夫、出經驗，才能使本項目多出高質量的成果，才能圓滿結題、勝利結項。