第二節 綜合生態係統管理流程
綜合生態係統管理的內容，可以用流程圖做形象概括。圖1—1顯示，人類與生態係統各式各樣的關係環環相扣，可以用可持續和有效的方法進行管理， 在為了可持續發展的目標進行合作的社會中可以產生巨大的惠益，使得生態係統的功能聯係極大化，管理和運作中的浪費極小化。在每一層次上的良好治理，對於實現生態係統的可持續利用和保護都是非常關鍵的。必須整合生態係統方式和農業、漁業、森林以及其他對生態係統產生影響的生產係統。生態係統方式所要求的自然資源管理需要在一定層次上跨部門交流和合作（政府部門、管理機構）。
綜合生態係統管理的理念經過實踐的檢驗，在管理應用上發展出一係列的對管理行為具有指導意義的原則和規則， 並在有關國際條約和締約國大會上被普遍認可後，作為履約工具向全社會推廣。
第三節 綜合生態係統管理五項導則
2000年5月15日至26日，在肯尼亞內羅畢的聯合國環境規劃署總部舉行了《生物多樣性公約》締約方大會第五次會議，共有1500多名與會者出席了會議，代表156個國家政府以及非政府組織、政府間組織和各種土著及地方社區組織。這次會議通過了29項決定，其中包括有關綜合生態係統管理方式的說明及12項原則的“生態係統方式”決定，提出了綜合生態係統管理的5項實施性導則。目前，國際社會和生態管理領域已經普遍認可了綜合生態係統管理的5項導則、12項原則以及一係列與原則相應的操作指南。5項導則的具體內容如下：
（1）綜合生態管理是有關土地、水和生物資源綜合管理的策略，目的是采用一種公平的方法促進它們的保護和可持續利用。因此，運用綜合生態係統管理的方法有利於達到公約中三個目標的平衡：保護、可持續利用以及遺傳資源利用所帶來收益的公平分配。
（2）綜合生態管理是建立在合理的科技方法利用的基礎上的，特別是關於生物圈各層次的研究。生物圈包括有機體以及它們環境間的基本結構、程序、功能、相互作用。它承認人類及它的文化多樣性是構成許多生態係統的重要組成部分。
（3）對結構、程序、功能和相互作用的關注是符合生態係統的定義的。“生態係統”指植物、動物和微生物社會的一個動態綜合以及它們之間非生命環境的相互作用。與公約有關居留地的定義相比較，這個定義並未明確規定任何具體的空間單位和尺度。因此，生態係統的定義並不需要同生物群係和生態區保持協調，但是它能特指任何尺度的任何功能單位。實際上，分析和決策的尺度把握應該基於具體的實際問題。例如，它可能是一片土壤、一個池塘、一片森林、一個生物群係，甚至整個生物圈。
（4）綜合生態管理要求采用合適的管理方法來處理生態係統的複雜和動態性問題，並要解決對生態係統功能認識上的不足問題。生態係統進程經常是非直線的，這些進程的結果通常有滯後性的特點。結果是不連續的，會導致意外和不確定。管理必須能處理這樣的不確定因素，而且必須包括在實踐中摸索和研究反饋的內容。即使在因果關係還沒有完全被科學確定的情況下，有時候還是需要采取一些摸索性的方法。
（5）綜合生態管理並不排斥其他的管理和保護方法。例如生物圈保護、保護區、單一種類保護項目，以及在現行國家政策和立法框架下的其他方法。相反，它可以綜合所有這些方法來處理複雜的問題。沒有一個單一的方法來實施綜合生態管理，因為它依賴於地方的、省級的、國家的、地區的以及全球的情況和環境。