在武舉武學製度的推動下，宋明對古代軍事理論和典籍的整理之風很盛，宋代官修的《武經總要》和明代茅元儀的《武備誌》都對曆代軍事理論，包括軍事技能和身體訓練作了全麵的整理彙編。唐順之、俞大猷、戚繼光、何良臣等許多軍事家也著書立說，促進了練兵理論與實踐的發展。特別是明代抗倭名將戚繼光，他的《紀效新書》和《練兵實紀》，豐富和發展了古代的軍事理論，其中選兵、練兵、練將等內容，不僅是古代軍事訓練理論的總結，而且對現代的體育訓練也有借鑒價值。
明朝愛國將領戚繼光反對在訓練中雜入花法和單練，強調要學習實戰本事，不許自己的士卒學習“徒具虛架，以圖人前美觀”花槍等法。他根據士卒年齡、身高、體質差異等分別編隊訓練，以揚長避短，提高戰鬥力。他提出了以練力為核心的身體訓練原則，通過平時綁沙袋、用比實戰時更重的兵器進行訓練等方法，增強心力、手力、足力和身力。他認為拳法雖於實戰無益，但有助於身體訓練。他重視心理方麵的訓練，認為“有形之操（身體、技術訓練）易，而不操之操（精神、心理訓練）難”。
戚繼光對各種兵器技術都進行了深入的研究，並有所改進。例如，他改造了楊家槍法，將六合之法並為二十四勢，繪錄於書，以廣其傳；他博采眾拳編成了長拳三十二勢。這些都有益於武術的發展。
武術體係的形成
武術在宋明時期逐步形成獨立的體係，並開始按自身規律向前發展。武術理論和武術流派的形成，是武術體係形成的重要標誌。
傳統武術理論和實用軍事武術不同，它表現出更加濃厚的哲學色彩。
氣為武術本體，明清時開始用被視為宇宙本原的“氣”來說明武術本體。清《萇乃周先生二十四氣拳譜》說：“太極為二氣之祖，善武者，必先會太極於胸中，而後開合流動，始能飛舞神化而不測。”《少林宗法》說：“氣乃力之君”。《羅漢行功全譜》認為：“養氣之道，莫勝於十八羅漢功與所謂羅漢短打者，誠能煉氣歸神”，從而成了傳統武術“內功外拳”的技術結構。
武術相反相成的技擊原則，與先秦已有人提出的物極必反、相反相成的劍術技擊理論相一致。明清時這一理論進一步成為整個武術的技擊原則。俞大猷《創經》說，技擊的關鍵“不外乎後人發，先人至一句”。清王宗嶽在《十三勢行功心解》中解釋太極拳要領時說：“靜如山嶽，動若江河。蓄勁如開弓，發勁如放箭，極柔軟然後極剛強”。
以仁為核心的武德思想，仁是傳統道德的核心，也被視為遊俠的品格特征，他們急人之所急，鄙視“朋黨宗強比周，設財役貧，豪暴侵淩孤弱，恣欲自快”的行為。明清時各派武術無不強調武德，如清初萇家拳《初學條目》規定學拳要“以德行為先”，雍正時甘鳳池等七俠聯手擊斃惡僧，就是以仁為武德核心的反映。
這些思想成為武術理論的基礎。在此基礎上，有的拳種進一步用五行、八卦、陰陽等來構建自己的理論體係。例如，形意拳（五行學說）、八卦掌（八卦理論）和太極拳（陰陽學說）等。
宋以前，武術器械與作戰兵器還沒有明顯的類別，宋代“十八般武藝”的形成，標誌著武術器械與實戰兵器的分離，也表明民間武術與軍事武藝之間區別的明朗化。宋元雜劇中多處提到十八般武藝，說明這在宋元早已流行於世。“十八般武藝”是指“弓、弩、槍、刀、劍、矛、盾、斧、铖、戟、鞭、鐧、撾、殳、叉、鈀頭、綿繩、白打”，這是對武藝的高度概括，也是對武術器械分類的抽象化。
漢魏以來，村社習武自保及私人授徒習武的情況就一直存在，兩宋更為普遍，元、明時一些民間秘密宗教也常聚徒習武，這使習武活動更多地帶上了宗法的特征。宗法性和地域性，有助於獨特技術風格的形成。宋以後，武藝社團的出現和武藝與表演的結合，促進了武術套路的形成和發展，這又進一步加快了流派的發展。戚繼光曾列舉“宋太祖有三十二勢長拳，又有六步拳、猴拳、囤拳”等十六家拳，鄭若曾也列了趙家拳、南拳、北拳、披掛拳、猴拳等十一家拳法。可見明代已經形成了由不同技術特點、風格和演練方法等形成的、內部有著嚴格的師承關係的武術流派。
明清以後眾多的武術流派中，影響最大的要數少林武術和內家拳法。少林武術聞名於世是在明朝中葉以後。當時許多遊人的詩文中都提到了少林僧人習武。嘉靖(1522-1564年）進士徐學謨《少林雜詩》說：“名香古殿自氤氳，舞劍揮戈送落曛。怪道僧徒偏好武，曇宗曾封大將軍”。當時少林僧所習拳、棍、劍、鞭、戟等，以拳和棍最負盛名，已有“今之武藝，天下莫不讓於少林”的盛譽。清代後期少林拳流傳於各地民間演化出許多新拳種。
少林拳以迅猛便捷、剛勁有力為特點。一些武術家針對少林拳“主於搏人，人亦得乘之”的不足之處，創造出“以靜製動，後發製人，順勢使力”的拳法，為別於少林拳故稱之為“內家拳”，包括太極拳、形意拳、八卦掌、六合拳等。其特征是在拳理和身體素質上重視內功，在技法上強調由內及外，內外結合，表現出濃厚的道教色彩。