據布利爾斯回憶，當生還者在甲板上被集中後，站在潛艇指揮塔上的“I一8”號潛艇艇長內野伸治，向他們發布了一條奇怪的命令：“不要回頭看，因為這對你們來說很糟糕。”隨後站在生還者背後的潛艇士兵開始屠殺，生還者一個接一個被斬首、槍殺，甚至被活活扔向旋轉著的潛艇螺旋槳。有一個人的頭被砍了一半，然後日本人就聽任他倒在甲板上痛苦地掙紮，其他人則被日本人砍成兩半後扔到海裏。這些日本士兵在殺人時還哈哈大笑，其中一個日本人甚至用一台小型攝影機拍攝屠殺場麵。
眼看馬上要輪到自己被殺，布利爾斯突然奮力掙脫了綁住其雙手的繩索，縱身跳進海水中，日本人見狀立刻用機槍向他掃射。布利爾斯跳進海水後立刻潛泳，這使他逃過了一劫。數小時後，已經遊得筋疲力盡的布利爾斯爬上了一艘“特吉薩拉克”號留下的救生艇。不久，艇上又爬上來一名逃離日軍潛艇的印度籍船員，這名船員告訴布利爾斯，留在“I一8”號潛艇上的22名生還者被日本人用一根繩子綁在一起拴在潛艇尾部，然後日本潛艇開始下潛，這些人都被拖人海中淹死了。
此次大屠殺的主謀“I一8”號潛艇艇長內野伸治，在當時被日本人奉為“英雄”，二戰結束時他已經成為一座大型軍事基地的高級官員，而且戰後他也從未受到過審判。此類潛艇大屠殺與日本海軍高層有直接關係。
費爾頓指出，1943年3月20日，日本海軍高層下達了一道命令，以鼓勵海軍進行屠殺，該命令的原文是：“要不停地擊沉敵人的艦艇和商船，同時要全部消滅敵軍船員。”
在這道命令被下達後的數月內，日本“I—37”號潛艇擊沉了4艘英國商船和1艘軍艦，每次得手後，“I一37”號潛艇都會用機槍將所有漂浮在海上的幸存者射殺。戰後，“I一37”號潛艇艇長被戰犯法庭判了8年監禁，但是他最終隻關了3年就被釋放，因為日本政府將該艇長下令射殺盟軍船員歸為“戰爭中的合法行為”。
日本海軍甚至會擊沉帶紅十字的醫療船隻，然後將漂浮在海麵上或坐在救生艇內的生還者殘殺。一些跳傘降落在海麵的盟軍機組人員，也會被日本海軍拉上軍艦甲板後折磨至死。
費爾頓的調查材料記載了日本海軍在爪窪島拉哈機場的屠殺案。該案發生於1942年2月24日和25日，日軍攻占拉哈機場後，日本海軍少將晶山廣一郎，下令殺害俘獲的312名澳大利亞和荷蘭戰俘。由於這次屠殺沒有幸存者，這個屠殺案是在澳大利亞陸軍審問兩名日軍水兵後大白於天下的。
其中一名日軍水兵描述了第一名戰俘是如何被殺死的：一名澳大利亞人被帶到一處低窪地的邊緣，然後他被強迫跪倒在地，一位名叫佐佐木的日軍準尉用武士刀將其斬首，他的殺人行為竟然還博得了圍觀日軍的一陣歡呼聲。佐佐木接著又殺死了4名戰俘，在他之後，大批日本水兵開始一個接一個地屠殺其餘戰俘。
在屠殺過程中，這些日本水兵還一邊大笑和互相逗樂。由於日本水兵笨拙的動作，一些受害者被推進低窪地時還活著，他們在窪地內痛苦地呻吟，身體則在抽搐。下令進行這次屠殺的晶山廣一郎後來遭到澳大利亞的指控，但他在接受審判前就死了。另外還有4名日本軍官因為此次屠殺而被絞死。由於缺乏目擊證人，使得盟軍方麵很難繼續控告其餘日本水兵。
據“法國老兵及戰爭受害者聯合會”頒發的這些材料，僅在越南、老撾等地，就有包括法國、北非以及一些當地戰俘在內的約4萬名戰俘，被日軍投入許多“死亡戰俘營”內。在這些戰俘營中，食物極其短缺，醫療條件極差，生活環境惡劣之極，而戰俘們每天幹著非常沉重的體力活，許多人因此累死、病死，還有許多人被日軍成批屠殺或折磨致死。到日本宣布投降時，這部分人中僅有9000多人幸存。
“法國老兵及戰爭受害者聯合會”及法國戰俘協會的統計表明，日軍戰俘營中的死亡率，甚至大大超過了納粹德國的某些集中營。日軍當時的暴行，完全違反了關於對待戰俘的《日內瓦公約》。當記者問身邊的一位敦刻爾克市民是否了解這段曆史時，他表示，不少法國人都知道，在當時的印度支那地區，日軍殘酷對待戰俘，而受害者有法國人、英國人以及許許多多其他國家的人。
“法國老兵及戰爭受害者聯合會”敦刻爾克地區負責人伊夫·吉蘭說：“在聲討納粹德國罪行、慶祝二戰歐洲解放的日子，人們不應該忘記發生在亞洲的慘痛曆史，日本對戰俘犯下了難以寬恕的罪行，卻從來都輕描淡寫。我知道它對待在中國所犯的罪行也同樣如此。今年是解放奧斯威辛集中營、歐洲戰場勝利以及日本投降60周年，紀念日本投降的活動將重新觸動二戰老兵的傷口，也會讓人們對如何正確麵對曆史問題進行深思。”
南京大屠殺、巴丹死亡行軍和新加坡大屠殺，是日軍在二戰期間製造的三大暴行。除巴丹死亡行軍外，馬尼拉慘案也常與南京大屠殺、新加坡大屠殺一起，被稱為二戰日軍屠殺平民三大慘案。
1945年2月，美軍直逼菲律賓馬尼拉城下。在美軍強攻馬尼拉期間，發生了日軍持續一月的屠殺事件。期間，菲律賓人被日軍殺害者達10萬以上。有一部分是死於美日兩軍的交火，但大部分菲律賓人是死於日軍有組織的大屠殺。美軍繳獲了這樣一份日軍命令：“殺死菲律賓人時，盡量集中在一個地方，采用節省彈藥和人力的方式進行，屍體的處理很麻煩，應把屍體塞進預定燒掉或炸毀的房屋裏，或扔進河裏。”
最殘忍、最駭人聽聞的，是日軍在聖保羅大學一次殺害994名菲律賓兒童。日軍先在大學餐廳裏擺放了一些點心，把孩子們哄騙進來。正當孩子們吃點心的時候，一個獸兵拉動了藏在燈架內的集束手榴彈，孩子們被炸得血肉橫飛，沒死的在奔跑中倒在了機槍的火舌下。