美國空軍對特魯克的襲擊也很成功，兩天之內炸沉日本戰艦9艘，共2.4萬噸、運輸艦隻34艘，共21萬噸。炸毀飛機270架，炸死炸傷日軍1700人。美國空軍在埃尼威克登陸和對特魯克的打擊，使東條大為震驚。戰局變得空前嚴重，而且空前激烈。敵人作戰的速度表明，進攻的力量已經威脅到本土了。
為了對付這種局麵，1944年初，東條統帥部決定加強中太平洋的防禦。2月10日，聯合艦隊司令部從特魯克遷到帛琉群島，同時水上飛機主力前哨基地也遷到帛琉。2月中旬，直屬大本營的第1航空艦隊開到南洋和菲律賓一帶。15日，新編第31軍成立，司令部設在塞班島，統帥5個師團和8個旅團，由聯合艦隊司令統一指揮。
3月4日，大本營成立中太平洋艦隊，由南雲忠一海軍中將任司令，作戰時受聯合艦隊總司令指揮。這個新艦隊的骨幹是在這一地區作戰的第4艦隊和新建第14航空艦隊。它的任務是和第31軍協同作戰，保衛中太平洋。與此同時，大本營又以第2和第3艦隊為基礎，成立了第1機動艦隊，司令官小澤治三郎。第1機動艦隊擁有兩個戰列艦分隊、3個巡洋艦分隊、9個驅逐艦分隊和9艘航空母艦，共計360架飛機。5月3日，這個艦隊向菲律賓西南部的塔威塔威群島集中，在那裏做好戰鬥準備。
東條認為，海軍的戰鬥力逐漸下降，在這種情況下，製止盟軍進攻和一舉改變局勢的唯一辦法，就是進行決戰。為此必須集中兵力，強迫進攻的敵人進行決戰，消滅他們。
隨著形勢吃緊，日本海陸兩軍的矛盾也日益尖銳起來。它們拚命爭奪戰爭經費、戰略物資和軍事工廠，尤其是在飛機的生產問題上，因為兩軍都認為取得勝利要靠空軍。兩軍最初同意平均分配計劃生產的4萬5千架飛機，但一個月後，海軍要求把他們應得的數量增加到2萬6千架。東條默許了海軍的要求。
“這個問題太大，不宜過早決定。”東條的朋友兼顧問佐藤反對說。直到此時，東條一直依賴海軍在海上打勝仗並與美國“決戰”。但這個夢想破滅了，今後陸軍要起主要作用，位於正在挺進的盟軍與日本本土之間的各小島，要成為“不沉的航空母艦”，要成為未來的陸戰基地，因此，大部分飛機應該撥給從事這些戰鬥的陸軍。
現在看來，佐藤的意見是對的。於是東條讓佐藤通知海軍，改變輕重緩急的次序。海軍拒不接受修改過的決定。2月10日，在皇宮召開的兩軍參謀長及其顧問的會議上，兩軍公開吵起來了。海軍軍令部總長永野大將認為，同敵人的關鍵性戰役還是在海上打的。已晉升為陸軍元帥的參謀長杉山提出異議：“如果把你要的飛機如數給你，你能否改變戰爭形勢？”
永野氣呼呼地說：“我當然不能作這樣的保證！你能不能保證，如果把所有的飛機都給你，你能改變戰爭形勢嗎？”
其後雙方雖然冷靜下來，但問題仍然沒有解決，還是佐藤獨出心裁，提出一個折衷的辦法，集中生產戰鬥機，不生產轟炸機。這樣便能多生產5000架飛機，使總數達到5萬架，兩軍平分。
內部紛爭的風暴雖然平息了，使風暴加劇的軍事問題依然存在。美軍在攻占吉爾伯特群島和馬紹爾群島之後，3月12日，美國參謀長聯席會議命令尼米茲，於6月15日前占領馬裏亞納群島；命令麥克阿瑟在今後5個月內，在太平洋艦隊支援下，攻占棉蘭老島。
這一連串的災難和美軍咄咄逼人的攻勢，促使佐藤向東條建議：“我們應該撤到菲律賓，在那裏決一雌雄。”
“你跟參謀本部商量過嗎？”東條陰沉地問道。
“問題就在這裏。參謀本部肯定會反對這樣一個計劃。我認為應該說服他們。首先要做的，就是放棄卡羅林群島和馬裏亞納群島，退到菲律賓。”
東條脹紅了臉說：“去年，在一次禦前會議上，我們把最後防線定在馬裏亞納群島和卡羅林群島。你的意思說，不打一仗就把它們放棄？”
佐藤堅持己見說：“在那個地區隻有7個機場，美國人很容易在發動入侵以前就使這些機場失去作用。但在菲律賓，有幾百個島嶼可以用作基地。最後的戰場應該在這裏，因為如果那一仗打輸，我們就沒有能力再打了。這就是為什麼我們要集中力量打最後一仗的原因，然後展開和平攻勢，求得體麵地解決。”
雖然東條聽到“和平攻勢”就心裏不好受。但佐藤的建議卻導致了意外的效果。當晚，東條建議杉山參謀總長辭職。東條解釋說，在此“嚴重局勢”下，最好由他本人兼任陸相和參謀總長。
杉山抗議說：“這是違反我國長期以來傳統的。不應該一個人既作出政治決定，又作出軍事決定。斯大林格勒的災難就是希特勒集軍政大權於一身的結果。”
“希特勒元首是兵卒出身，我是大將。”東條要杉山元帥放心，對於軍務和政務他會給予同等注意。“在這樣一場史無前例的大戰中，必須采取一切措施，即使打破先例也要采取。”