——明確一個目標是指：明確內部審計的建設性目標，科研經費審計的根本目標是促進科研事業的發展，應注重反映科研經費管理的體製性機製性問題。
——突出兩個重點是指：在眾多科研項目中，突出對重大項目、重要業務環節的審計，在現有審計人力資源基礎上，事半功倍地開展審計工作。
——堅持三個促進是指：通過審計促進內控建設、促進責任製落實、促進經費效益提高。
——通過四種方式是指：根據科研項目不同特點，通過過程審計、事後審計、審計調查、審簽四種方式靈活有效、實事求是地開展審計工作。
——搞好五個結合是指：把科研經費審計與學校預算執行審計、學校大額資金管理審計、院係管理審計、管理部門審計、經濟責任審計等常規審計工作有效結合起來，整合審計事項，提高審計效率，盡量減少對科研工作運行效率的影響。
（一）高校科研經費管理審計應突出一個目標
高校科研經費管理審計必須突出建設性、服務性目標。
不同於外部審計，內部審計不僅需要準確地查出問題，還需要找到問題的解決之道，需要想方設法完善內部控製、治理過程。正如國際內部審計概念所言，內部審計是一種獨立、客觀的確認與谘詢活動，其目的在於增加組織價值、改善組織業務，通過係統、規範的方法來評價並促進風險管理、控製與治理過程的有效性，從而幫助組織實現目標。內部審計被視為幫助改善治理、支持關鍵治理程序的最合適職業。內部審計已經由原先的僅為管理服務轉變成為整個組織實現有效的治理提供服務。這對高校科研經費管理審計是完全適用的。
因此，內部審計部門應該明確目標，突出建設性和服務性的作用。一方麵，促進學校財務、科研管理部門、院係、項目組完善管理內部控製，促進科研經費的有效使用。另一方麵，通過科研經費管理審計，對管理控製薄弱環節進行彌補，對經費使用不當行為進行糾正，確保科研經費管理內部控製的有效性。
（二）高校科研經費管理審計應把握兩個重點
內部審計工作必須把抓住重點落在實處，涉及麵廣、項目眾多的科研經費審計更是如此。具體來說，應抓好重要項目和重要業務環節兩個重點。
1.重要項目
項目的重要性主要包括兩個方麵，一是指金額較大；二是指性質重要。
在金額方麵，不同單位可以根據單位具體情況確定重要性額度。例如，某985高校每年有新增科研項目約5 000項，其中年度項目撥款在50萬元以上的項目有約800項，500萬元以上的項目約30項，1 000萬元以上的約10項。抓住主要項目，可以通過較少項目數量覆蓋較大項目金額，如在上例中，50萬元以上項目數占到總項目的15%，但其對應金額卻占到70%。
在性質方麵，關注度高、社會影響較大的項目應作為重點，比如國家級重大科研項目。縱向科研項目來自國家財政撥款，一般應作為重點。
2.重要業務環節
重要業務環節是指容易出現差錯和問題的地方，包括管理控製中的薄弱部位、銜接部位。這些地方可能存在一些潛在的管理控製缺陷，在一定的社會環境下，可能會產生問題，甚至違法違規行為。
從目前情況來看，主要包括以下三個業務環節：
（1）經費轉撥
在經費轉撥環節，有的項目偽造虛假經濟業務套取資金，有的項目將經費轉撥到項目負責人自己控製的公司，有的項目外撥測試費異常，缺乏合理依據。對於科研經費轉撥的控製，有些學校還沒有建立切實有效的管理控製措施。
（2）設備、材料采購
在設備、材料采購環節，有的項目材料采購價格明顯高於市場價，有的項目利用材料采購套取資金。有些學校還沒有建立設備采購、材料采購的歸口管理。
（3）勞務費開支
在勞務費開支環節，有的項目虛列參與人以勞務費名義套取資金，有的項目采取各種方式在業務費中列支人員費。有些學校還未對勞務費開支建立有效的管理控製。
（三）高校科研經費管理審計應堅持三個促進
高校內部審計部門進行的科研經費審計不能局限在對財務、會計事項的審計上麵，要想促進科研經費問題的解決，必須從管理控製機製入手，開展科研經費管理審計。具體來說，就是要促進三級內控落實，促進經濟責任履行，促進資源績效提高。
1.促進三級內控落實
科研經費問題的解決，完善內部控製是重要的渠道之一，就高等學校而言，應完善校級、院係級、項目級三級內控。科研經費管理審計的一個重要目標就是促進三級內控落實。
（1）校級內控。校級內控是學校層麵關於科研經費的管理控製，主要由學校財務管理部門、科研管理部門等設計和實施，包括製定科研經費管理辦法、對院係科研經費管理進行指導、對科研項目經費管理進行指導、對科研經費支出進行監管等。
校級內控應注重預算控製，財務管理部門應積極參與支出預算的編製，科學設置預算科目，使得項目預算更具有可行性。科研管理部門應同項目管理者進行良好的溝通，就預算製定方麵提供全麵指導，如有條件應進行科研項目效益分析和預測。除此以外，校級科研經費的管理還涉及到成本的劃分問題，國外有些高校設立了專門的機構負責細化科研成本，按規定將經費預算劃分為直接成本和間接成本，同時對兩種成本的比例作出明確規定。比如德國針對科研項目的核算研發了一套成本核算的軟件，核算的範圍包括人員成本、資源消耗成本、運行成本、儀器設備成本等，有助於科研成本的分類歸集，為科研經費財務管理提供有效的基礎信息（李芸，2013）。
（2）院係級內控 。院係級內控是院係層麵關於科研經費的管理控製，包括設計本院科研經費管理內部控製、執行國家和學校科研經費管理辦法、對本院科研項目經費管理進行指導、對本院科研經費支出進行監管等。
院係級內控直接麵對各個課題組，對科研經費的使用情況有更加直觀的認識，管理的相關性更強。一般來說，院係應設置相應的科研管理機構，由專人負責學院整體科研工作，由科研秘書承擔科研管理的日常工作，與校級的科研管理和財務管理等部門進行工作對接，確保科研項目管理相關的製度、流程、規範、預算、合同、會計準則等得到遵守和落實，同時為科研項目組在理論和實務層麵提供有效的指導。院係級內控對於把握科研項目進度、控製科研項目開銷有著更多的發言權，作為學校和科研項目組之間的紐帶，院係級科研內控應該對該院係所有科研項目進行有效的過程管理和質量控製。良好的科研環境與有效的院係級科研管理密不可分。
（3）項目級內控。項目級內控是項目組層麵對於科研經費的管理控製，是項目組的自我控製，包括設計本項目科研經費管理內部控製、執行上級有關管理辦法、對本項目科研經費支出進行管理控製。
項目級內控是落實三級內控的基礎和關鍵。對於一定金額以上的項目，如果各類管理，包括資產采購、轉撥合同、常規報銷等隻由項目負責人負責，勢必存在較大的風險隱患。因此，強調項目級內控，要做到各個職能合理分工，對各類事項分別授權，各項費用的支出經過各級人員的審核簽字後方可執行，這樣在項目一級便可做到內部製約，減少問題的產生。對於金額較小的科研項目，可以設計簡易、必要的內部控製程序。
三級內控機製能夠在一定程度上防範科研經費問題的產生，目前已在一些高校實施並取得成效，比如香港科技大學的科研管理機構就分為校級、院級和係級三級管理。校級科研管理依靠研究和發展部。在大學教務委員會和各學院院務委員會下，設有常務研究委員會，負責製定大學和學院的研究計劃、審批科研項目、分配研究經費等，各係中也設有職能近似的組織（江天仿，2005）。
學校審計部門應加強對科研經費管理三級內控的監管，促進三級內控的落實，主要工作包括：
1）促進學校和相關部門、院係、項目組建立切實可行的內部控製，使得內部控製設計“於法周延、於事簡便”，相關管理辦法詳細、明晰、宜於操作。
2）促進相關管理部門、院係、項目組切實執行內部控製，確保內部控製落實。
3）對三級內部控製的設計和運行進行檢查測試，並評估內部控製的有效性。對發現的內部控製缺陷及時督促整改落實。