2.促進經濟責任落實
（1）促進相關管理部門責任的落實。內部審計部門在科研經費監管體係中應促進相關管理部門履行職責，落實管理責任，而不是替代相關管理部門履行責任，這在科研經費過程審計中尤為重要。
內部審計部門應促進管理責任細化、落實，確保校級管理責任落實到部門、科室，對管理的銜接部門應特別關注，並通過對管理責任的定期檢查促進管理責任的落實。
（2）促進院係管理責任的落實。內部審計部門應促進院係更好地理解和執行其應當承擔的科研經費管理責任。
內部審計部門可以發揮自身優勢，幫助院係建立完善科研經費管理內部控製，更好地發揮其承上啟下的作用，優化政策執行，強化管理效果，提高資源績效。
內部審計部門在對院係負責人經濟責任審計中應注重對科研經費管理責任的審計。
（3）促進項目負責人直接責任的落實。內部審計部門可以通過多種形式促進項目負責人了解其所承擔的直接經濟責任，並通過對科研項目的審計促進項目負責人經濟責任的落實。
3.促進資源績效提高
從投入產出角度考慮，科研經費投入應有相應的產出，產出若大於投入則說明投入是有績效的。由於科研項目的特殊性，無法對產出進行精確的貨幣計量。對於科研項目績效，可以從資源利用效率和資源利用效果兩方麵來分析。
（1）資源利用效率
資源利用效率是指所投入的資源是否存在著閑置或低效，如果存在閑置或低效，則這部分資源投入是無效率的。如對某985院校的審計中發現某大型儀器在購買一年之後便被閑置，根本沒有發揮出其應有的價值。對固定資產的盲目購買、重複購買、結構不合理購置都會造成這種現象。長期以來存在著“重物輕人”，“重投入、輕回報”的思想，對已經購置的資產缺乏有效管理，對是否應該購置某類資產也缺乏論證，結果就是科研經費的效率損失。
關注資源效率應關注以下問題：第一，科研項目中相關資金支出和資產的采購是否真實合理。某些儀器設備投入是否必要，是否在項目預算範圍內。第二，科研項目中相關資產的存儲是否合理。所購固定資產是否納入學校統一管理，所購材料、低值易耗品是否登記入庫，進行專項管理。第三，科研項目中相關資金資產的使用及後期處置是否合理。
（2）資源利用效果
科研產出很難采用貨幣計量，無法直接與貨幣投入進行對比，對績效的衡量可以采用目標實現程度這一指標，即在項目實施之前所設定的計劃、預期和可行性等。目標可能是近期的也可能是遠期的，所以在評定資源利用效果的過程中，需要考慮客觀環境的變化對既定目標的影響，以及各種目標的可測量程度。
科研成果評價大多數情況下依賴兩個要素：同行評議和市場承認。應用學科以科研轉化成果和效益衡量；理論研究則多靠同行評議，對同類項目的產出效果進行橫向對比；基礎型學科應考慮到長期性，不能單純以科研成果來衡量。此外，目前理論界還對科研項目績效在建立一些數學模型的基礎上開展計量分析進行了一些探索，通過數學模型進行績效評價，比如基於知識生產函數（KPF）的擴展改進的科研績效評價模型和平衡計分卡績效評價模型（陳國興、張浩江，2012）。這些模型還處於探索階段。
（四）高校科研經費管理審計應綜合運用四種方式
高校科研經費項目數量多、種類複雜、金額大，在開展審計時可以采取不同方式，分類管理，突出重點，提高審計績效。
1.審計調查
審計調查是把握整體情況的手段，也是內審機構運用審計手段參與科研經費監管的方式。通過審計調查，可以集中精力摸清科研經費的整體情況，區分重大、重要和一般項目，揭示重大風險和漏洞，為接下來安排審計任務做準備。審計調查可以對審計的科研項目所存在的問題進行客觀歸納和綜合反映，分析原因並提出合理化建議，為提高項目本身的績效提供合理的依據。相對於其他審計方式，審計調查針對性更強，能進行整體性把握，審計方法較為靈活。
內部審計部門應定期對學校科研項目整體情況、科研管理狀況等做全麵審計調查，全麵了解和掌握科研管理的業務、控製、風險，總體把握內部控製缺陷和係統性問題，為製定科研項目審計業務戰略奠定基礎。
2.過程審計
過程審計相對事後審計，能夠更好地在過程中發現問題並解決，直接提高被審計項目的效率和效益，控製潛在風險，起到防患於未然的作用。過程審計介入科研項目過程監管，充分結合了事前審計、事中審計和事後審計的優點，缺點是成本較高。在有限的人力物力條件下，可突出重點，對重要業務環節進行過程審計。
內部審計部門應結合學校特點，確定過程審計的範圍，例如對一定金額以上的轉撥事項、一定金額以上的采購事項等。
3.結果審計
結果審計可以集中在較短時間內完成科研項目的審計，並從中發現問題督促項目組整改。相對於過程審計，結果審計從科研項目結果入手，以查漏補缺和防止舞弊為主，充分發揮事後審計的威懾作用，效率較高。
內部審計部門對一定金額以上的科研項目（如50萬元以上）應逐步擴大結果審計的覆蓋麵，加強審計監管。對項目中風險較大的開支項目，應重點審計。
4.審簽
科研經費審簽是按照目前有關科研經費管理辦法對科研經費的監管方式之一。根據科研經費管理辦法，科研項目結題時需要有項目經費收支的財務決算報告，審計部門應對經費使用情況審核簽字。不同單位在對科研經費審簽時，審查的深淺程度不一。
內部審計部門應在現有基礎上，優化審簽的業務方式，做到相對有效的控製，起到對科研經費的監管作用。
總體來看，四種審計方式各有側重，應具體問題具體分析，統籌考慮，綜合運用。
（五）高校科研經費管理審計應做好與其他審計的五個結合
高校科研經費審計是高校內部審計的重要組成部分，應做好與其他五類常規審計的有機結合，包括學校預算執行審計、學校大額資金管理審計、院係綜合管理審計、管理部門內部控製審計、經濟責任審計等，從而科學整合審計資源，不斷提高審計績效。
1.在學校預算執行審計中，要把科研經費納入總體預算管理，提高預算管理水平和執行能力。
2.在學校大額資金管理審計中，本身就包含對科研經費的審計，是科研經費監管的重要一環，應從資金支出角度嚴格把關。
3.在院係綜合管理審計中，應把科研經費管理情況作為院係管理情況的有機組成部分，促進科研經費院係級和項目級內控的完善和落實。
4.在管理部門內部控製審計中，應對相關管理部門科研管理內部控製設計和執行情況進行審計，促進管理部門有效地加強監管，更好地提供服務，促進校級內控的完善和落實。
5.在經濟責任審計中，應對相關管理部門、院係負責人科研管理責任的履行情況進行審計，切實落實經濟責任。
總而言之，高校各有特點，科研經費的總體金額和結構分布有所不同，內部管理體製也千差萬別，對科研經費的審計不能一概而論。但無論哪種情況，都應明確內部審計服務性目標，明確當前科研經費審計的業務定位和業務模式。促進三級內控、落實經濟責任是解決當前經費管理問題的有效手段，能夠在很大程度上防範和控製風險。同時，通過突出重點，綜合運用四種審計方式，做好各類審計的結合，有效提高審計績效。內部審計應積極融入科研經費監管體係建設，以解決問題為主要目標，以落實內控為主要抓手，以促進發展為根本宗旨，努力推動科研經費管理體製的完善。
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