於是，二人把部裏幾百名成員從上到下，從左到右分析比較“濾”了一遍，最後挑選了5人提拔為司長，並公諸於眾。
不久，蔣作賓到任。但他很快感到無形的壓力。他到任後沒有歡迎場麵，沒有就職演說，隻有兩個小兵幫他拿行李，告訴他哪裏用餐，哪裏如廁，哪裏辦公，再也不露麵。他的辦公室冷冷清清，空空蕩蕩，隻有幾個表情木訥的幹事。人們像躲避瘟疫地躲著他，沒人敢接近他，重要會議他不能參加，重要文件他不能看，幾乎無公可辦。他實在忍無可忍，鬥膽去見段祺瑞。老段把一雙尊足放在桌上接待了他。
蔣作賓臉色煞白，口唇顫抖著說：“您是老前輩，德高望眾，我一向尊敬您，想不到你是個心胸狹小的人，我真心實意想跟你合作，聽你調遣，我有錯你可以打我罵我，可你不該這樣對待我，這這不公平……”他先是眼淚汪汪，後來淚如雨下。
鐵石心腸的人也會動心的，但段祺瑞是個冷血動物，很少動真感情。他冷冷一笑，以嘲弄的口吻問：“我怎麼你了？”蔣作賓說：“會議不能參加，文件不能看，工作沒得做，我還沒到任你就任命了一大堆官兒，上下左右都是你的人，一個口徑，一個聲音，你說啥是啥，可我呢？誰注意我的感受？我到底做錯什麼？”
段祺瑞把腳收回，站起來走來走去，強硬地說：“我告訴你，這裏的提留升調，生殺予奪我說了算，你這次長不得預聞！”蔣說：“這是哪家法律，哪家規矩，公理何在？”段說：“我就是法律，我就是規矩，至於公理嘛到別處找去！”蔣說：“這麼說我最大錯誤是不該來。”段說：“你知道就好。”……沒多久，蔣作賓被擠跑了。
雖然，段祺瑞對袁世凱有時不恭，但對他還是忠心耿耿。他善於體察袁的心思，對他的批示身體力行；他有主見，有膽識，有魄力，對工作大刀闊斧，雷力風行。所以，袁世凱信任他，倚重他，有軍國大事找他密商。比如，袁提出的各省裁軍，改革軍製，軍民分治等重大課題，都在段祺瑞主持下進行。他在各省威信很高，學生、部下、親信、爪牙遍地都是，達到一呼百應的程度。他把各省的總督改稱都督，把總都衙門改成都督府。把軍隊中的鎮、協、標、營、隊改成師、旅、團、營、連；把軍階中的正、副、協都統，改稱上、中、少將；正副協參領改稱上、中、少校；把正副協軍校，改稱上、中、少尉。這樣，不僅統一了全國軍製，也跟國際接軌。幹得幹淨利落，顯示了很強的辦事能力和才幹。他學著袁世凱的腔調，高喊：“統一軍令，統一政令，統一製度，統一民國。”他叫嚷：“軍人乎，國之爪牙，對大總統有服從之義務”，規定“軍人不得私組政團，不準幹預政治”，否則“嚴懲不貸！”他以軍隊成分複雜為由，下令“收束”，逼著革命軍改編，裁汰或遣散；與此同時，卻大肆擴充北洋軍……一次，唐紹儀與袁世凱爭論起來，一個主張責任內閣，一個強調總統製，舌槍唇劍各不相讓。在門外偷聽的段祺瑞，“嗵”的一腳破門而入，毫無顧忌地說：“什麼責任內閣，狗屁！難道我們出生入死打下的天下，就是讓你們坐享其成嗎？我就知道服從大總統，我就知道這個國家大總統說了算，別的全是扯淡！”
段祺瑞之所以這樣放肆，全是受袁世凱慫恿。唐紹儀上台未久，就提倡與同盟會合作，多任用南方人，強調責任內閣製。當然為袁所不喜。袁經常話裏話外地說，唐紹儀越來越不聽話了！召開國務會議時，段祺瑞，趙秉鈞等不是借故不朝，便是大唱反調。一次，唐紹儀主張遵守諾言，任命王芝祥為直隸總督。直隸是袁世凱的大本營，豈容他人指染？於是，暗中指使段祺瑞、馮國璋挑動軍人聯名抵製，終於把事攪黃，致使唐紹儀大丟麵子今天，唐紹儀聽到段祺瑞出言不遜，氣不打一起來，氣急敗壞地說：“請你放尊重點，別忘了我是國務總理！”段祺瑞冷笑道：“嘿嘿，這要看我有沒有興趣承認？”唐說：“你承認也罷，不承認也罷，總理領導部長天經地義！”段說：“我隻對大總統一人負責，對你沒有義務！”“你不可理喻！”“你不識時務！”“罷罷罷，我算看透了，這裏沒有我唐紹儀的一席之地！”“你早該明白！”
唐紹儀憤然離去，當天遞了辭呈。唐當總理前後不到3個月，總理改由對袁惟命是從的陸征祥擔任1912年8月，以同盟會為基礎，聯合統一共和黨、國民共進會、共和實進會、國民公黨等幾個小黨派組成國民黨。推舉孫中山為理事長，黃興、宋教仁、王人文、王芝祥，張鳳翔，吳景濂、王寵惠、貢桑諾爾布八人為理事。黨務由宋教仁主持。由於袁世凱的倒行逆施，漸失民心，國民黨發展很快，許多官僚政客紛紛加入該黨。袁世凱如坐針氈，恨的咬牙切齒。
在1913年2月國會參眾兩院的選擇中，國民黨大獲全勝。袁世凱大丟其醜，坐臥不安。宋教仁幻想國民黨出麵組閣，自己當總理。他奔走於湘、皖、蘇、滬之間，批評時政，鼓吹責任內閣，為國民黨拉票……臥榻之旁，豈容他人酣睡。野心勃勃的袁世凱，先是重金收買宋教仁，遭拒後派人將其暗殺。他一方麵擴軍奮戰，企圖以武力消滅國民黨；一方麵派人向英、法、德、日、俄五國銀行借款2500萬元充作軍費。
他的倒行逆施引起軒然大波，國內一片反對聲。袁世凱四麵楚歌，惶惶不可終日。隻好叫來心腹幹將段祺瑞密商對策。他憂心忡忡地說：“芝泉哪，我們遇到大麻煩，你說該怎麼辦哪？”段祺瑞硬梆梆地說：“無非兩種辦法，一是交出殺人凶手，二是一不做二不休，打一場大仗，把國民黨徹底消滅！”袁問：“你傾向哪種？”段斬釘截鐵地說：“後者！”
袁世凱霎時變得窮凶極惡，殺氣騰騰：“芝泉，你跟我想到一起去了！慶父不死，魯難未已；異黨不除，國無寧日。趁它羽翼未豐消滅它！我想這樣，讓趙秉鈞辭職由你代理總理，組成戰時內閣，迅速籌款，購買武器，調兵遣將，積極備戰，一切齊備就幹，大幹！”段祺瑞說：“可以”，老袁又說：“參、眾兩院就借款問題要求國務委員到會接受谘詢，我想隻有你能壓住陣腳，你能否勉為其難？”段斬釘截鐵地說：“我去！”