忍者通常在新月或陰天夜晚潛入敵方城樓與宅邸，如果總是全身黑色裝束，輪廓反而會更顯突出，因此，經常的基本裝束顏色是深藍。碰到月明星稀的夜晚，便換成灰色或是茶色裝束。有時候外麵是灰色，裏麵是茶色，萬一遭遇敵方追擊，可以在途中將裝束反穿過來，利用顏色錯覺逃脫險境。另外，深藍色可以防治毒蛇、蚊子等蟲子侵襲，這是用含有鐵分的天然染料染成的布料。至於內褲，當然是日本傳統的兜襠布（一條細長白布）。隻是，忍者的束法同一般人不同，長度也比較長。他們將兜襠布從脖子纏到胯下，最後綁在腰際。如此，可以隨時從脖子後抽出兜襠布，當做繃帶或繩子應急。上衣裏頭有許多口袋，放一些不能淋濕的火丶藥、縫衣針、救急藥（包括安眠藥、毒藥）等；腰帶裏頭則放一些日用雜物。手套與綁腿，通常藏著一些暗器。
為了蒙混國境關卡守關人員的審問，忍者在旅途中，有時是農夫打扮。因此，忍者暗器，有些是改造自農具、日常必需用品、園丁道具等。這些武器，大多是自己發明鑄造，隻有自己深知其用法，因而在旁人眼裏看來，跟一般日用品沒什麼分別。這也是很多忍者武器失傳的主要原因之一。現代人從各種忍術秘本中，所得知的忍術武器，主要有七種：手裏劍（syuriken）、撒菱（makibisi）、忍刀（sinobigatana）、吹矢（hukiya）、忍杖（sikomidue）、手甲鉤（tek koukagi）、水蜘蛛（mizugumo）。「手裏劍」是飛鏢，刀尖塗有劇毒。「撒菱」，是逃走時撒在身後的一種菱形武器；凡是凹凸不平，能夠刺傷雙足的東西，例如天然石頭、幹燥果實、鐵器等，都可以拿來代用。「忍刀」，附有一條長約三公尺的繩子，翻越城牆時，可以當踏腳工具，再利用繩子收回；刀鞘，臨危時可以當潛在水中的通氣管。「吹矢」，則是毒針，通常藏在笛子內；有時候旅途中必需扮裝成藝人，因此，忍者除了必須學吹矢手法，還得練習吹笛技術。「忍杖」，顧名思義，是一根藏有鏈子、長矛、刀劍等武器的手杖。「手甲鉤」，各式各樣，有裝在指甲上的，有套在手背上的，就看當事者擅長哪種功夫，自己變把戲。「水蜘蛛」，渡河時用的道具，平時可以疊起來藏在包裹內。
忍術在日本戰國時代盛行一時是因為其極強的實用性。忍術是古代日本忍者所掌握的整套完善的間諜情報技術體係，包括有：追蹤、偵察、諜報、保鏢、暗殺等多方麵的內容。忍者技藝超人，擅長使用劍、鉤等各種兵器與飛鏢等暗器；他們能飛簷走壁，在沙地上飛跑不發出一點聲響；在水中屏息可長達五分鍾，如用特殊器具可在水底待上一天一夜；他們善於在水麵和水底搏鬥，甚至能潛到船底，偷聽船上人的對話……這種種的超人技能是通過非人的磨練才能習得的。
精神修煉：忍術和其他武術流派強調體質訓練不同，它尤其強調精神上的修煉，並將其整個的訓練體係，建立在超乎想象的精神修煉基礎上。因為忍者所執行的大多是一去不回的高風險性任務，獨自一人在敵人的巢穴中完成任務要克服對死亡、孤獨、黑暗乃至於饑餓、寒冷、傷病等諸多困難，所以擁有強大的精神力量，是忍術之所以無堅不摧的真正原因。
作為一名忍者家族的後代，一經降生就必須接受殘酷的命運現實——或者成為忍者，或者死。忍者從很小的時候起，就被灌輸以對主人絕對忠誠的思想：除了自己的主人，任何人命令都不會聽哪怕是日本天皇也不行。通過從小開始這種精神洗腦而打造出的忍者比任何的宗教信徒都更加狂熱，更加無所畏懼。不過忍者也不是像邪教徒一樣的僵屍般的戰士，它有著一套切實可行的強大精神力量的訓練方法。這種技術才是忍術的秘中之秘，它就是東密的修行。東密和中國的藏密，印度的雜密一樣，是佛教中密宗的一個支派，而且東密對於人體念力的開發，向來有著自己獨特的傳承，在密教界一直以顯著快捷著稱，忍者通過通過東密秘法的修習，錘煉自己的意誌，精神變得無比純粹和堅韌，體內的潛能將得到最大限度的開發。可以完全除去心靈的迷惑和恐懼，全神貫注的投入戰鬥。此外密宗認為人的身體有許多奧秘和潛能，隻要通過密宗法門的不懈努力就能使修行者發揮全部潛力，讓身體與宇宙溝通達到天人和一的境界，這和忍者追求的極限體術不謀而合。密宗視大日如來為萬物之主，極力推崇傳承、真言和密咒。我們在一些影視作品或者漫畫中經常可以見到忍者做出許多古怪的手勢，那便是在表述東密主要修法之一的“九字秘印”：“臨、兵、鬥、者、皆、陣、列、在、前”這九字真言。