李太後追問：“他還能改嗎？”
“能！”張居正說完，用眼神示意跪在地上的狼狽不堪的朱翊鈞。朱翊鈞倒很機靈，叩頭向李太後哭訴，他一定痛改。
李太後態度緩和下來，說：“既然要改，那就讓天下臣民皆知。張先生，你幫皇上寫兩道罪己手詔，一份給內廷，一份給內閣。”張居正遵旨。
說是幫皇上，其實張居正根本就未和朱翊鈞商量一句。他回到內閣，不假思索，鋪開紙張，以朱翊鈞的口吻先寫給內廷：“孫海、客用凡事引誘朕，無所不為，貶到南京孝陵（朱元璋的陵墓）去當菜農。你們司禮監的所有人既受朝廷爵祿，朕偶爾昏迷，犯下錯誤，你們就該勸諫朕，可你們卻圖朕一時歡愉，盡情放縱朕，真是該死！今後如果還有奸邪小人引誘朕，你們司禮監任何人都要舉報，並發外廷知道。”朱翊鈞看了這道罪己手詔，咀嚼著無聲的怨恨同意。
再看發給內閣的那道：“孫海、客用已被朕發配南京。先生和諸位大臣既為輔臣，見朕犯錯怎能坐視不管？先生既知此事就該諫朕，讓朕成為堯舜那樣的君王，先生也就成了堯舜的臣子。從今而後，無論朕在宮中有何過失，先生都要勸諫，不可姑息朕！”這就是授人以柄，朱翊鈞的屈辱怨恨可想而知。
朱翊鈞憤怒悲傷，馮保卻歡欣起來。他對張居正說：“司禮監最近有幾個混賬，總和我過不去，趁此良機，張先生幫我把他們一並除了吧。”
這是順水人情，張居正很樂意做。在他眼中，內監就沒有幾個好人，除一個是一個。於是，朱翊鈞又收到張居正的奏疏。張居正說：“司禮監太監孫德秀、溫泰，兵仗局掌印周海都有引誘您的潛力，所以都應被懲處。”
朱翊鈞看著這道奏疏，咬牙切齒，但也隻能同意。恨一個人，很多時候並非是此人做了多麼傷天害理的事，而隻是因為他傷到了自己的自尊。孫海、客用事件是朱翊鈞和李太後、馮保、張居正的一次鬥爭，結果他慘敗。這種羞辱始終埋在心底，直到幾年後才被他以複仇形式釋放。
張居正卻絲毫未察覺朱翊鈞的心理，他憂心忡忡，決定趁這件事再做文章，把朱翊鈞牢牢固定在準聖君的軌道上。
但在1580年時，張居正再想這樣做已有相當的難度。朱翊鈞已從之前的唯唯諾諾變成了有主見的君主，這就如同一匹脫韁的野馬，非經強大力量，不可能回到正軌一樣。
但張居正的力量已經用盡，確切地說，他仍是新瓶裝舊酒。他把當初的《帝鑒圖說》思路重新拿出，把曆朝曆代的寶訓、實錄集結成冊，向朱翊鈞承上了一本《謨訓類編》。他對朱翊鈞語重心長地說：“希望皇上能以史為鑒，念念警惕，事事遵成憲。在深宮中的心就應該是上朝理政時的心，在朝理政時的心就應該是在深宮中的心；靜時的心就應該是動時的心，動時的心就應該是靜時的心。”
這就叫知行合一，朱翊鈞不是不懂，而是懂得太多。他對張居正說：“古人都是說一套做一套，比如孔子，說為政要仁，可他一掌握政權，就不分青紅皂白地殺了少正卯，這是知行合一嗎？這簡直是虛偽得要命！”
換作任何一位大儒，都會對朱翊鈞這種看法驚愕失措。但張居正不是腐儒，他懂得變通，心中的偶像隻有自己的良心。他對朱翊鈞說：“孔子縱然是聖人，心中也有私欲。他做錯的事，我們不要重蹈；他做對的事，我們要借鑒。不必論他的是非，隻要我們自己心中有個是非。”
這種話，朱翊鈞隻是一聽，他也並不認為孔子冤殺少正卯是錯的，他隻是看不慣張居正總喜歡用文化育人，想要給張居正難堪罷了。
君臣二人已經離心，二人的心思已無法走到一起。那麼出事，便是遲早的了。