特許連鎖經營合同（或協議）是用來規範特許雙方當事人權利義務的法律文件，可以說它是特許連鎖經營關係中最重要的法律文件。根據合同標的的不同，特許連鎖經營合同可以分為兩類：
一類由特許總部向加盟商提供原材料、半成品和成品，總部主要通過銷售實體來賺取利潤。這類合同主要見於商品商標型特許連鎖經營中。
另一類由總部向加盟商提供經營管理訣竅和銷售支援，總部從加盟商支付的使用費和其他費用中獲取利潤。這類合同主要見於經營模式型特許連鎖經營中。
總部可以選擇第一類或第二類合同，而在許多情況下，特許連鎖經營總部同時采用這兩種形式，使其成為一個合同的兩個部分，即既包括原材料供應又包括提供專有技術和銷售支持。事實上，大多數的經營模式型特許連鎖經營采用的都是這種混合形式的合同。