對潛在合作者進行戰略和組織能力的分析過程，是戰略聯盟的重要步驟之一，但也是最困難的一項任務。有幾個因素能夠促進決策製定過程的質量。其中一個最關鍵的限製條件是，能否獲得用來有效評價潛在合作夥伴的信息。進行聯盟前的有效分析，不僅需要潛在合作者的有形資產數據(例如，工廠和設備的狀況和生產力)，還需要一些無形資產的數據(包括品牌力、與客戶的關係質量、專業技術水平等)以及組織能力的資料(例如，管理能力、員工忠誠及共享價值觀等)。由於許多聯盟成立的短期時間限製，使原來就很難獲得的信息更加難以獲得。
（2）承諾與現實的差距
在進行聯盟計劃和協商過程中，可能會出現一些不現實的要求或錯誤選擇。例如，一些參與聯盟過程的經理人員，在他們組織內推廣聯盟的思想時，往往表現出過度的熱情，而且期望值很高。這與進行兼並時的許多決策過程相似，用一位經理的話來說：“對過程本身過分熱衷，即是對結果的忽視。”因為擁護聯盟的企業人士，往往並不是後來負責聯盟真正成功運作的經理，而後者必會麵臨潛在、隱性的困難和問題。
（3）聯盟範圍的合理界定
聯盟越複雜，越需要管理層的重視，也越難管理。有三個因素增加了合作的管理複雜程度，即相互交叉持股，對交叉職能部門進行協調與整合的需要，以及合作活動的數量與範圍度。戰略聯盟的範圍和它們必然麵對的不確定性環境，使得雙方很難理解在合作演進過程中，可能產生的報酬或風險的性質、程度和分散情況，甚至弄不清聯盟各成員企業的角色、地位和任務、如果簡單的安排即可滿足要求，卻采用股權形式聯盟，就會增加實現合作目標過程中，可能出現的問題和困難。
（四）競爭性合作的風險
企業進行合作的目的，很大程度上是為了獲取，能使各方互惠互利的技術和資源。當一方企業的技能和能力，隱蔽在複雜的組織過程中，很難進行學習和模仿。而另一方的技能和能力，則較為清晰，用幾台機器或幾張圖示即可說明，因而相對易學習和模仿時，這種競爭能力聯合的安排，完全有可能導致在合作過程中，一方合作者在學習另一方技術優勢的同時，也能保持自身的技術優勢，最終還有可能拋棄合作者，獨自享受合作所帶來的收益。同時，當一方積極主動地投資於產品開發、生產製造、市場營銷或任何一種具有戰略重要性的價值鏈上，且比合作者更具有對重大投資的控製權時，可以在保證自身獨立性的前提下，有效地約束另一方，造成對方對自己單方麵的依賴，進而隨意地削弱、控製合作方。此外，由於聯盟的目的通常是為了分擔風險，每家合作的企業將部分任務“外部化”給合作方“邊幹邊學”，企業幾乎不可避免地都要喪失一些利益，並為自己塑造了未來的潛在的競爭對手。
（五）戰略和組織的複雜性成本
戰略聯盟往往缺乏要求跨越組織邊界合作的動因，這種分開合作的根本性問題會產生更多戰略上、組織上的複雜性。因此也就為管理這些複雜性帶來了額外的成本。聯盟成員由於各自不同的管理傳統，東西方文化的差異，給聯盟帶來了不同的戰略思想和管理實踐，合作關係也因為不斷增加的環境因素，越來越難以確定，而變得更加複雜。高度的環境敏感性與不斷增加的不確定性相結合，就必須不斷地監控聯盟的目標。任務和管理進程，使之適應不斷變化的環境。這種對監控和重新談判進行額外投資，也增加了聯盟的總風險和總成本。