根據《關於推進軍工企業股份製改造的指導意見》（科工法［2007］546號）的有關規定，軍工企業股份製改造的指導思想是：以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，全麵貫徹落實黨的十六大、十六屆三中、四中、五中和六中全會精神，牢固樹立科學發展觀，堅持軍民結合、寓軍於民的方針，以完善公司法人治理結構、轉換經營機製和提高經濟效益為重點，積極穩妥和規範有序地推進軍工企業股份製改造，建立適應社會主義市場經濟和武器裝備建設要求的新體製新機製，切實提高國防科技工業的自主發展能力和整體素質，更好地滿足國防建設和國民經濟發展需要。
軍工企業股份製改造的主要目標是：力爭用幾年的時間，使符合條件的軍工企業基本完成股份製改造，實現投資主體多元化，推動軍工企業建立現代企業製度和現代產權製度，形成規範的法人治理結構，打造管理高效、機製靈活、決策科學的新型軍工企業，建立起有效的激勵機製和風險製約機製，使其成為真正的市場主體。
軍工企業股份製改造的基本原則是：堅持正確處理改革、發展和穩定的關係，改革方案要同武器裝備發展和國民經濟發展需要相適應；堅持分類指導，循序漸進，穩步推進股份製改造，確保國家對武器裝備科研生產能力的控製力；堅持嚴格審批、規範操作、有效監控，保證軍工設備設施的安全、完整和有效；堅持保護各類投資主體的合法權利和維護職工的合法權益，防止軍工國有資產流失和職工利益受到損害。