內部控製的五個總體目標是：
（1）保證信息的可靠性和完整性
隨著組織規模的日益擴大，業務的日趨複雜，信息係統越來越重要，信息係統本身也日趨複雜。
信息係統一般分為兩大係統：會計信息係統和經營信息係統。會計信息係統包括供管理人員使用的預算報告和成本報告在內的一係列財務報告。經營信息係統則收集經營活動各方麵的信息，並形成各層次的經營活動的報告、責任報告等。內部控製的目標之一就是保證信息係統所產生的信息的真實性、可靠性和完整性，這對於管理層製定決策是非常重要的。
（2）保證遵循政策、計劃、程序、法律和法規
政策、計劃和程序是管理層製定的，法律和法規則是來源於組織的外部。遵循這一係列的規章製度，是為了保證組織有計劃地、係統地、有序地開展經營活動。否則，就達不到製定這些規章製度的目的。內部審計人員要審查這些規章製度的遵循情況。此外，還要評價政策、計劃和程序的適當性。
必須明確，評價政策、計劃和程序的適當性既是工作的核心，也是進行符合性測試的必要前提。因此，內部審計人員必須重視評價政策、計劃和程序的適當性。
（3）保護資產的安全
為了保護資產的安全所設計的內部控製措施往往可以通過觀察來了解。這樣的控製措施包括安裝防盜門鎖、聘用保安員、設置計算機係統的密碼、修建地下室等等，對貴重的資產還要采用多種的保管設施和手段。
（4）提高經營的經濟性和有效性
在經營過程中應盡可能減少有限資源的耗費，來實現理想的成本水平和效益水平。如果存在設備未能充分利用、非生產性開支大、費用不核算以及工作人員過多或不足等情況，都是對組織的危害。經營標準是衡量組織的經濟性和有效性的指標。最明顯反映經濟性和有效性的是組織的財務報告，但是這種反映往往不是直觀的，內部審計人員和其他的報告使用者必須注意這一點。
（5）保證完成所製定的經營或項目的任務和目標
企業的一切經營活動和一切控製措施都是為了經營和盈利目標的實現。如果企業的經營達不到其目標，其他方麵做得再好也沒有用。由於內部審計人員能洞察組織經營活動和內部控製係統的全局，所以在保證目標的實現上發揮了巨大的作用。通過審查和評價內部控製係統，內部審計人員就能對企業是否朝著既定目標前進做出判斷。