根據內部控製的五個目標和內部控製的五種類型，可以得出內部控製的五種方法。
（1）組織控製
組織控製的目的是建立控製工作的機構框架，企業在這個框架內開展其各項經營活動。組織控製包括了總體控製以及各項具體控製———職責說明、授權程序和具體的工作要求。一般地，可以把組織控製分為四種類型。以下分別對這四種類型加以說明：
①目標、授權和責任。組織通過製定目標、授權和責任聲明，為其內部的各分支機構或部門的活動提供指南。聲明內容包括要承擔的職能、被授予的權限及具體的責任（包括報告責任）。
②組織結構。組織往往被劃分為多個組成部分，例如，財務管理、生產、技術、研究和開發等。這些各司其職的不同部分，結合起來組成一個整體，為實現企業的整體目標而努力。
③決策授權。在劃分了組織結構以後，要為企業的組成部分授予一定的決策權力。例如，授權會計主管對會計活動所采取的財務控製和會計原則，授權生產主管製定生產計劃，等等。
④工作說明。組織控製最具體的層次是書麵的具體說明。企業一般應詳細地說明每個工作崗位的工作要求。
（2）經營控製
經營控製是組織開展各種活動、處理各項事物所采取的方法。經營控製有以下7種方法：
①製定計劃。計劃是首要的經營控製方法。有效的計劃包括總體計劃和具體計劃，它是組織要取得成功的一個基本要素。計劃通常包括長期計劃（5～10年）、中期計劃（2～5年）和短期計劃。長、中、短期計劃的具體期限不是硬性規定的，要根據企業的實際情況而定。
②編製預算。絕大多數企業通常至少每年編製一次財務和經營預算，這是計劃的一種形式。預算通常包括針對企業整體的總預算和針對企業各部分的分預算。預算是對企業在該期限內的財務和經營做出估計和進行預先的安排，從而達到有效地控製和配置資源的目的。
③建立會計和信息係統。企業中的會計和信息係統能夠對企業的各種活動進行係統的跟蹤、記錄和報告。它滲透於整個企業，完整、綜合地反映企業的各種活動，其產生的報告為管理層和其他報告使用者做出決策提供了重要的依據。因此，往往要采取各種內部控製措施以保證係統的順利實施。
④製定證明文件。內部控製的一個基本方法是對企業的各項活動以證明文件的形式進行記錄。證明文件通常是書麵的。常見的證明文件包括：購貨訂單、驗收報告、支票存根、客戶賬單、領料單、銀行存款調節表等。企業所麵臨的問題是怎樣對這些文件進行管理。
⑤授權。為了保護企業的利益，在開展任務之前都應進行授權。授權以後，為了避免濫用權力，還要經常對各活動的程序進行審查。授權按性質的不同可以分為綜合授權和特別授權。為了保護企業和決策製定者，在絕大多數情況下，要對特別授權做好記錄，並提供證明文件。
⑥製定政策和程序。政策和程序對指導企業的活動是必不可少的，這有助於保證企業的業績穩定。缺乏適當的政策和程序，企業的業績就難以穩定、不可靠和難以預測。政策和程序通常要以方便的形式記錄下來，任何人員都能隨時得到與其工作相關的部分。缺乏適當的政策和程序，以及不遵循既定的政策和程序，都表明內部控製的無效。
⑦秩序。文件記錄、人員的工作地點、資產和資料的存放地點以及業務的處理過程等保持井然有序是非常重要的，否則，隻能導致混亂、效率低下及資產、資料的丟失。
（3）人事控製
除了使企業職工明確其工作職責外，以下三種控製措施有助於保證職工圓滿完成工作：一是招聘和選擇合適的員工；二是做好員工的工作定向、培訓和發展；三是對員工的行為予以監督。
（4）定期檢查
①對員工的檢查。
②對經營項目的內部檢查。管理人員要定期對其所管轄的經營項目進行檢查，以確定這些活動是否有效率和有效果。此外，內部審計人員還要對企業的控製結構實施內部檢查。
③外部檢查。企業內部的會計控製和財務報表由會計師事務所實施外部檢查。此外，許多企業還要接受政府監管部門的定期檢查。外部檢查通常隻側重於經營活動的某些方麵。
④同行業檢查。越來越多的內部審計師參與同行業檢查。這種檢查融內、外部檢查於一體，檢查的主要對象是企業的內部審計部門所采取的質量控製政策和程序。
（5）設施和設備的控製
設施和設備配備得當，有利於提高經營活動的效率，有利於獲得更理想的經營效果，有利於保護其他資產的安全。反之，會對經營活動和其他資產帶來不良影響。對設施和設備的控製包括設計、修理、維護和清理等環節的控製。