在包幹輪換模式下，儲備糧的輪出和輪入時間容易趨同。一般而言，都是上半年集中輪出，下半年集中輪入。如果糧價突然發生波動，比如，上半年輪出後，下半年糧價突然上漲，政府需要對市場進行調控時，由於上半年集中輪出造成糧食庫存不足，政府就有可能缺乏進行宏觀調控的“籌碼”。因此，在包幹模式下，政府有可能失去對糧食市場的控製力。
以上可以說是包幹輪換與生俱來的、固有的缺陷。本來政府推出包幹輪換的初衷是為了鎖定儲備輪換成本，將輪換風險轉嫁給承儲企業，同時也是給國有糧食企業“斷奶”，並將其推向市場的一種手段。但是包幹輪換並沒有給予企業真正的輪換自由，而是戴上了兩年輪換的“緊箍咒”。在“緊箍咒”的作用下，企業往往並不能從容地實現趨利避害。至於轉嫁風險，往往也難以落實。一個大的行情波動，如果承儲企業操作方向判斷錯誤，由此產生的巨額輪換虧損足以使其關門大吉，最終危及的仍然是儲備糧的自身安全。
（三）穩定糧價的出路——統一競價交易輪換
近兩年來，國家陸續在幾個大的糧食主產區及主銷區建立了若幹個國家糧食交易中心，初步形成了全國統一的糧食交易市場體係。目前這些國家糧食交易中心大部分隻承擔最低收購價糧食的交易任務，儲備糧輪換進場交易的很少。如果將儲備糧輪換交由國家糧食交易中心統一進行運作，可有效避免包幹輪換的缺陷，從而真正發揮儲備糧輪換穩定市場的作用。
首先，競價交易模式下，儲備糧輪換采取整體運作的方式，避免了“化整為零”，由於儲備糧整體規模巨大，有望成為穩定糧食市場的“機構投資者”。當市場價格極度低迷時，儲備糧積極入市競價采購；當市場價格非正常上漲時，儲備糧公開競價拋售。唯有如此，方能發揮儲備糧的市場“穩定器”作用。然而，在包幹模式下，儲備糧輪換決策由分散個體作出，並且各自為戰，不但不能穩定市場，反而容易造成“助漲助跌”的負麵影響。
其次，通過交易中心公開進行儲備糧的吞吐輪換，可有效發出宏觀調控信號，對市場產生積極的引導作用。比如，當糧價上漲過快時，政府通過交易中心公開競價拋售儲備糧，一方麵增加了市場的供給，有利於抑製糧價的進一步上漲；同時公開競價拋售行為本身也表明了政府的宏觀調控立場，從而影響市場主體的心理預期，使得宏觀調控的目標更加容易達成。這有點類似於央行票據的公開市場操作，這種操作行為發出的信號常常可以起到“四兩撥千斤”的效果。比如，2004年3月份，當時糧價上漲勢頭正猛，廣東省有關部門當機立斷，在華南糧食交易中心拋售了20多萬噸的儲備糧，迅速穩住了糧價。其實當時20多萬噸的供給並不能給市場造成多少實質性的影響，糧價的平穩更主要的是通過影響市場主體行為實現的。因為公開競價拋售行為表明了政府不希望糧價繼續上漲的態度，市場主體從而調整了自己的市場預期：糧食買方因為改變糧價還會繼續上漲的預期而不再盲目跟進搶購，由此需求出現減少；糧食賣方由於擔心糧價下跌也相應加大糧食的出售，由此供給出現增加。這樣，整個市場的供需力量對比得到逆轉，最終實現了宏觀調控的目標。