分稅製財政管理體製改革中“分稅製”之名給人的理解為一種製度化的財政分權。不過，正如從上述中央收入份額的變化可見，其實際結果是財力的上收和集中。分稅製財政管理體製改革仍然屬於半拉子工程。它強調了中央和地方的收入劃分，忽視了各級政府支出責任與財政收入，即財力的對稱。當時2003年《國務院有關分稅製財政管理體製的決定》隻是明確了中央和各省之間財權或者說稅收收入的分享辦法，並籠統規定了兩者的支出責任，但並沒有界定中央和地方的事權劃分。這裏中央和地方各自的收入（固定收入和共享收入中的份額之和）與其支出責任並不掛鉤，沒有對應關係。鑒於事權和支出責任明確相關，這也說明中央和地方政府的事權和財權不匹配。省以下各級政府的財政管理體製也由上級政府主導，同樣存在類似的收入與支出責任、事權和財權不匹配問題。其實我國對各級地方政府的事權不是沒有法律規定：《中華人民共和國地方各級人民代表大會和地方各級人民政府組織法》就對各級地方政府的事權做了大而全的規定。其核心內容為各級地方政府承擔其本級的事務和責任，而且下級政府必須執行上級國家行政機關的決定和命令，辦理上級政府交辦的其他事項。這樣一來，與其說這樣一種“大一統”的規定是一種事權劃分安排，毋寧說是一種責任轉嫁機製。它導致上一級次政府很容易把很多事權和支出責任推給下一級政府。後來的發展也確實表明，上級政府一度把教育等很多基本公共服務事權與支出責任轉嫁給了縣鄉級政府。
具體而言，1994年稅製改革之後，屬於中央財政收入的包括關稅，海關代征消費稅和增值稅，消費稅，增值稅的75%的部分，中央企業所得稅和上交的利潤，地方銀行和外資銀行及非銀行金融企業所得稅，海洋石油資源稅，鐵道部門、各銀行總行、各保險公司集中繳納的收入（包括營業稅、所得稅、利潤和城市維護建設稅），50%的證券交易稅，中央非稅收入等。
屬於地方財政的收入包括營業稅（鐵道部門、各銀行總行、各保險公司集中繳納的除外）、地方企業所得稅（不含上述地方銀行和外資銀行及非銀行金融企業所得稅）、個人所得稅、房產稅、車船使用稅、印花稅、屠宰稅、農牧業稅、對農業特產收入征收的農業稅（簡稱農業特產稅）、耕地占用稅、地方企業上繳利潤、城市維護建設稅（不含上述劃歸中央的那部分）、城鎮土地使用稅、固定資產投資方向調節稅、契稅、遺產和贈與稅、增值稅的25%部分、大部分資源稅（不含海洋石油資源稅）、證券交易稅的50%部分、地方非稅收入等。
1994年分稅方案中增值稅、資源稅和證券交易稅屬於共享稅。從上麵的稅收收入劃分可以看到，中央對地方的財政管理體製中，不僅根據稅種分稅，而且根據企業隸屬分稅的特征。其中最重要的稅種劃歸了中央政府。隨著時間的發展，中央政府還把個人所得稅和企業所得稅從地方稅變為共享稅，目前中央分成60%，地方40%。此外，中央不斷上調證券交易印花稅的中央分成比例，目前為97%。這是典型的收入權上移的做法。2006年以來，地方稅中有些稅種已經被中央取消，包括農業稅、特產稅和屠宰稅，有些稅種被停征，比如固定資產投資方向調節稅。中央保留了對煙葉征收特產稅，改名為煙草稅。
從以上稅收分配和分成可以看出，分稅製改革後，中央政府把稅收的大頭和一些最易征收的稅種都上收了。到2009年，中央政府的預算內財政收入占整個財政收入的比例提升到了52%，地方政府則由1993年的78%下降到2009年的48%。而與此相對應的是，地方預算內財政支出占整個財政支出的比例在2009年則為80%。也就是說，地方政府隻拿到48%的財政收入，卻要承擔80%的支出責任，事權與財權嚴重不匹配。這部分地方預算內收支缺口主要通過中央的轉移支付來解決的。對於中國這種巨型的轉型國家來說，絕大部分支出曆來都是地方發生的，中央沒有辦法直接去執行眾多支出，其通過劃分財政體製集中的收入，隻能通過轉移支付來進行。
可以說，當時的分稅製財政管理體製改革雖然是一種原有體製基礎上的創新，但並不是嚴格意義上的“分稅製”。我們的分稅製財政管理體製隻是依據政策文件，沒有正式法律，容易被中央行政部門根據需要改變。真正的分稅製是稅種分開，地方政府有地方政府的主體稅種，中央政府有中央政府的主體稅種，地方立法機構有地方稅種的立法權。但我們隻是一個財政收入方麵的集權過程，它導致的一種現象是從財政支出上看，中國是最分權的國家，但從財政收入分配和稅收立法權上看又是非常集權的國家之一。這樣分稅的結果，導致地方政府一般預算嚴重依賴轉移支付，中央收入多，自己支出的收入並不多，大量收入通過轉移支付轉由地方政府支出。地方政府2009年轉移支付占地方政府總的支出額是47%，也就是說，地方政府每支出的100塊錢裏，有47塊錢是中央政府轉移支付的。
四 我國財稅體製的症結之所在
我國中央與地方的財稅關係仍然處於失衡狀態。總體上中央政府在正式層麵集中了征稅權，有著出台收入重劃方案的主導權，而地方政府窮於應付，但擁有一些事實上的“征稅權”和討價還價空間。隨著近年來收入管理技術和製度的日益完善（比如引入國庫集中收付製度，土地出讓收入納入預算內管理等），富裕地區地方政府的博弈空間日益減少，較貧困地區的地方政府獲得巨額的轉移支付，對中央財政的依賴度越來越高。
當前中國的財稅體製問題很多，其中包括：
一是稅費立法權高度集權。我國稅收的立法權高度集中在中央，收費的立法權高度集中在中央、省和一些較大的市，而且最終需要中央點頭，不能充分調動地方涵養稅源的積極性。而且稅收的立法權往往集中在政府手中，以“決定”、“通知”、“條例”來製定和執行，全國人大和地方人大的作用有限，而且後兩者目前本身的人員結構也有問題。《預算法》甚至把財政管理體製的決定權一次性下放給了國務院，相當於一個家庭的財政大權完全交給管家或者保姆來支配，或者一個公司的財權從董事會移交給總經理。
二是我國的稅製複雜，稅種繁多，稅製結構不合理，重複征稅嚴重。比如，我國目前有20餘種稅收，以間接稅為主，直接稅為輔，這容易導致稅收轉嫁問題嚴重。又如，個人所得稅累進度過高，最高邊際稅率影響個人創造財富的積極性。同一筆毛收入，往往被多次征稅，比如工業企業需要首先繳納17%的增值稅，還被征走各種附加稅費和企業所得稅。再者，個人繳納了個人所得稅之後，當其拿著剩下的淨收入，在借入貸款購房時還得交契稅、印花稅、交易手續費、權屬登記費等多種稅費。
三是現行地方稅製體係不完善，地方稅製結構不合理。缺乏地方主體稅種。單個地方稅種的收入規模及其占整個稅收收入的比重都比較小，導致地方自己的財源小且不穩，對預算外和製度外資金、土地財政和負債依賴程度較高。實際上，我國中央和地方政府間的收入劃分方案中，共享稅部分規模過大。單單國內增值稅、企業所得稅、個人所得稅和證券交易印花稅合計占稅收收入總額的份額就達41%。共享稅占比越大，“分稅製”就越是名不副實。
四是征稅管理成本過高。我國分國稅和地稅兩套征稅班子。這不僅增加了征收成本，也影響到納稅人的遵從成本，因為後者要麵對兩套班子，而不是一套班子，而且這兩套班子之間還往往爭奪稅源。
五是我國中央和地方迄今為止的所有財政安排和事權調整都是中央和地方談判妥協的結果，不是基於一些基本規則。中央政府由於擁有政治和行政上的權威地位，往往對事權和財權劃分方案有主要的動議權和決定權，因此事權和財權劃分缺乏內在的穩定性和法律保障。事實上上級政府能夠比較隨心所欲地調整事權和財權分配，從而可將事權層層下放，財權逐步上收。地方政府則是通過討價還價、叫苦、申請項目、收取預算外收入、製度外收入、土地出讓以及負債等形式來部分維護財權。
六是在財政支出上，效率還很低。各級政府總體上重視收入，而忽視支出效率。還沒有建立透明的、有規則約束的公共財政預算體製，導致納稅人和在立法、司法和行政部門之外作為第四權力部門的媒體不能有效監督政府的財政支出，納稅人交的稅也與其享受的公共服務不相匹配。
七是專項轉移支付名目過多，不透明，導致財政體製複雜化，並容易造成財政資金浪費和租值耗散。轉移支出有個好處是可以控製地方政府，壞處是效率容易走低。轉移支付分兩種，一種叫一般性轉移支付，一種叫專項轉移支付。一般性轉移支付往往是比較透明，根據公式計算的，比如義務教育、公共衛生等方麵的資金缺口，中央政府可以根據人頭標準就很容易算出。專項轉移支付是與許多中央部門掌握的專項資金相聯係的，其使用不透明，容易受到各地政府和企業的“跑部錢進”的影響。兩者均有問題。首先是一般性轉移支付更多地被地方政府通盤考慮，容易被集中用於吃飯財政，基本公共服務可能依然缺乏資金。其次轉移支付渠道太長，層層截流，例如上級政府往往會將轉移支付款挪作他用或抵扣下級政府的稅收欠款，這種情況對落後地區的傷害更大。再次是許多落後地區主要依賴於中央轉移支付，不再注重培養和利用本地財力，形成地方的獨立“人格”缺失症。地方因此失去內生發展的活力。此外，一般性轉移支付中的稅收返還（增值稅和消費稅、個人所得稅和企業所得稅基數返還），是越富的省份拿到越多，越窮的地區拿到的補助越少，落後地區的公共服務仍然欠缺資金支持。不過稅收返還本身是中央政府改變財政管理體製，對地方的既得利益的基數補償，不能過分強調這一補償機製對落後地區的影響。隨著中央轉移支付總額增加，這部分在轉移支付總額中的占比趨小，2009年占17%，而且其中成品油稅費改革轉移支付占了3成。此外，在種類上，我國一般性轉移支付比較少，專項轉移支付比較多，在總額上，則是前者小，後者大，也容易造成財政低效率。
五 財稅體製改革的新思路
上述錯綜複雜的財稅體製問題與政府財政競爭關係表明，我國需要加快推進財稅體製改革。
在稅製結構本身的改革上，地方政府必須要有自己穩定的財源，有地方自己的主體稅種。比如依美國的經驗，三級政府財源支柱的概況是：個人所得稅和工薪稅（類似社會保障稅）歸聯邦（中央）；銷售稅和公司所得稅歸州（相當於我國省級）；財產稅主要歸地方（基層政府）。那麼，我國在稅權歸屬上該如何劃分呢？我國是世界上政府層級最多的國家之一，有五個政府層級，包括中央、省、市、縣、鄉五級。如果按照各級政府在法治框架內均以轄區自治管理方式提供本級公共產品與服務，那麼政府級次是幾級這一問題無關緊要，而各級政府有其征稅權至關重要。比如中央政府通過立法隻確定中央一級自身收入的增值稅稅率，同時確定各級地方政府可加征的地方增值稅稅率範圍，各地具體加征的地方增值稅稅率（所謂加征率）由各地自行確定，這樣既允許一定範圍的轄區間稅收競爭，又保持總體稅製框架的完整性，各級地方政府均有法律上規定的獨立稅源，即便名稱都叫增值稅。其他共享稅種的改造也是一樣的。此外，財產稅即物業稅的引入也是必要的，它屬於地方稅，可以成為地方的主體稅種之一。但是財產稅的加征，必須以減少財產環節的其他征稅和收費以及其他環節的征稅收費為條件，因為我國的宏觀稅收負擔率已經非常高。我國正在試點財產稅。財產稅也是讓地方納稅人增強納稅人意識、落實納稅人權利和義務的重要手段，它應該首先體現納稅人支付的稅價和偏好，以換取政府的公共產品與服務。但是它不應該首先是政府進行房地產市場宏觀調控的政策工具。
稅收規則如此，舉債也可以以此類推。一個地方是否能夠發行市政債券，屬於地方自主治理的事權範圍。但是，如果一個地方沒有一套憲政規則、產權保護製度和財政民主程序來確保地方自主治理的順利運行，往往會出現過度發行市政債券的情況。舉債作為對地方公民未來收入的征稅，容易對其財產權造成侵犯。為了避免出現這種問題，在沒有實行憲政的國家和地區，若要允許發行市政債券，則允許地方政府發行主要以項目收益作為償債資金來源的收益型債券，而不是主要以政府一般預算收入作為償債資金來源的一般責任債券。而且，需要對債務餘額占地方政府一般預算收入的比例或者占地區生產總值的比例設置一個上限。