農產品營銷渠道的組織優化就是為了實現提高農產品營銷渠道的交易效率的目標，將原本獨立存在、互不聯係的營銷渠道主體組建成一個個整體結構合理、營銷功能強大的農產品營銷渠道組織的過程。農產品營銷渠道的不同環節是由不同的營銷渠道主體來開展銷售活動，這是農產品營銷渠道的分段性。同時，農產品從生產者到消費者之間的流轉又是在一個縱向的組織體係中以不間斷的形式完成的，這是農產品營銷渠道的縱向性。農產品營銷渠道組織優化從農產品銷售過程的分段性和縱向性的特點出發，從橫向和縱向兩個不同的角度加以進行。
一、基於橫向聯合方式的農產品營銷渠道組織優化
在農產品營銷渠道的不同環節中，將同一環節的不同參與主體組織起來，形成具有一定規模的營銷渠道組織，比如農產品生產者聯合形成的農合組織和專業合作社，由批發商聯合組成的批發商組織，由零售商組成的零售商組織，如連鎖經營就是由眾多零售商店聯合組成的零售商組織。這種不同環節中的同一類型的營銷渠道的聯合的組織優化，也就是農產品營銷渠道的橫向優化。
農產品營銷渠道組織的橫向優化，表現為即農產品營銷渠道各個環節參與主體的橫向組織化。主要是：第一，單個農戶的聯合，即組建農民合作組織、專業協會。單個農戶麵對較大的市場時天然地處於弱勢地位，不對稱的市場弱勢和境況類似的同業者，就構成了生產者進行橫向聯合組織專業性集體行動的動力和取向（黃祖輝，2000）。第二，農產品加工企業或者龍頭企業的聯合，組建實力更大、規模更大，覆蓋市場能力更強，輻射麵積更大的農業公司或者集團。第三，批發商的聯合，組建經銷商行業協會，幾個批發商可成立股份公司或合夥經營。第四，零售商的聯合，農貿市場個體經營戶合夥經營或合資成立股份製企業，生鮮超市連鎖經營（包括公司連鎖、自願連鎖、加盟連鎖和特許連鎖）。
二、基於縱向聯合方式的農產品營銷渠道組織優化
農產品營銷渠道組織的縱向優化就是將農產品營銷渠道不同環節中的、原本相互獨立的營銷主體以某種形式聯合起來。營銷主體之間的聯合形式可以多樣化的，即可以是資合型（資本聯合體，如給建股份製企業），也可以是人合型（如合作組織）或混合型（如合夥經營），還可以協約型（即建立在協議關係的合作）。從合作者關係的緊密程度上，農產品營銷渠道組織體係可以是緊密型的，也可以是鬆散型的。
縱向的農產品營銷渠道組織優化，表現為農產品營銷渠道各個環節參與主體的縱向組織化。主要是：第一，完全縱向一體化。最典型的形式是建立大型農工商綜合體，實行農產品的生產、加工、銷售一體化經營，可以把外部交易內部化，降低交易費用，為經濟行為預期提供保障。第二，契約式縱向一體化，也稱不完全的縱向一體化，即農戶與農產品加工企業或批發商或其他經營組織簽訂農產品銷售合同，也就是“公司+農戶”或“公司+基地+農戶”通過契約形式把生產者同農產品銷售的諸環節緊密聯係在一起。第三，專業型企業化經營。即成立專業化的農產品經營企業，由原先的個體經營轉變成為企業化經營，但其經營的業務仍然隻是農產品銷售過程中某個環節的銷售業務，如農貿市場上的個體攤販擴大投資在農貿市場或其他地方開設農產品經營部，批發市場上的個體批發商成立農產品批發經營公司等。
三、基於中介組織的農產品營銷渠道組織優化
農戶進入市場的組織化程度低，農戶參與合作的比例並不高。據農業部2006年的統計，全國從事農業生產與經營活動的農戶參加各類農業專業合作組織的占9.8%，90%以上的農戶處於“非合作”狀態，由農戶各行其是，難以形成統一的生產和營銷安排。多數農戶僅根據自己的判斷先將產品生產出來，再尋找買者。農戶的這種生產、營銷行為的分散，決定了農戶在交易過程中的談判地位很低。這些局限性使分散農戶的小流通與農業市場化、集約化的大生產的矛盾越來越突出。我國多次出現的生豬、兔毛、山楂、大蒜等賣難現象足以說明，農戶與農戶之間不合作已不能適應現代農產品營銷發展的需要。農戶以“非合作”的形式進入營銷渠道的客觀原因是家庭聯產承包製，這種形式雖然確定了農戶已經成為了相對獨立的商品生產者，但這種高度分散、獨立經營的小規模經營活動，嚴重製約農產品營銷渠道的組織優化。
（一）“農戶+專業批發市場”
專業批發市場作為農產品營銷渠道的主要載體，目前在我國農產品營銷中發揮著重要作用，此種類型的批發市場通常位於農產品的產地。由於批發市場的開放性，農戶通常能夠以較低的成本進入或退出市場，與批發商的交易也是一次性的，交易完成之後雙方的權利和義務關係即告完結。因此，農戶與農產品批發商的交易類似於古典契約性質的交易，交易雙方都在尋求每次交易的利益最大化，並不著眼於長期交易關係的建設，交易對象頻繁轉換。這種形式是以山東壽光為代表，通過建立蔬菜批發市場，以專業市場或專業交易中心為依托，通過區域專業生產來實現規模經濟，最終形成產業優勢。在當前我國農產品市場信息服務體係不完善的情況下，發現交易對象要付出很大的搜尋費用，因此，與無固定場所的、分散的、無組織的農產品交易相比，有固定場所的專業批發市場把眾多的買者和賣者聚集到一起，極大地降低了發現交易對象的費用；同樣，專業批發市場也極大地降低了價格發現費用；另外，專業批發市場有助於形成市場價格，降低談判費用和防範機會主義的費用；專業批發市場也可避免買方或者賣方壟斷行為，防止“小數目”條件的出現；同時，專業批發市場的信息集散功能和眾多買賣方的競爭能有效抑製交易人的機會主義行為（彭建強，2001）。然而，對於一些需花費較多費用去搜尋商品的某種屬性特征的交易來說，農戶+專業批發市場的模式並不能減少這種搜尋和辨析商品屬性的費用；同時，雖然專業市場的形成整體上會減少農產品生產過程中的資產專有風險，但是對於個別農產品而言這種風險還是存在的。