日本人先扶植的是偽“滿洲國”政府。這在名義上都是另外一個國家了，但國旗卻仍離不開五色旗的影子，這個“國旗”和“中華帝國”的國旗有異曲同工之妙，五色中代表滿族的黃色被改成了底色，其他顏色變小了。日本人還在這麵“國旗”裏加了私貨，比如把原先代表漢族的紅色改成了代表“大和族”。單純從美術角度講，這麵旗比袁世凱的變形五色旗好看一些，但在內容和格局上更為不倫不類，隻能作為曆史的笑柄。
日本人扶植起來的其他偽政府由於名義上還代表“中華民國”，所以幹脆回到國民政府之前的時代，直接用五色旗。南京陷落後，華北地區成立的“中華民國臨時政府”成立後就采用五色旗為“國旗”。五色旗終於正式重新出山，飄揚在北京的天空上。這時的五色旗隻能引起老百姓的憎恨。日軍在南京也成立一個“中華民國維新政府”，成員也是當初那些末流的北洋軍閥政客，這個維新政府更為不倫不類，因為它按照日本人的意思屬於“中華民國臨時政府”的地方政府，但因為漢奸不是一撥人，自己也設立了“立法院”“行政院”之類“中央機關”，搞得醜態畢露。
“中華民國維新政府”的“國旗”也是五色旗，但在五色旗上加上“和平建國”字樣，五色旗這回更累了。更猥瑣的是偽“蒙疆政府”的國旗。這個政權是日本人扶植蒙古族德王以及部分漢族漢奸成立的，本來想同滿洲國那樣成立單獨的國家，所以國旗也設計成了類似的五色旗變種形式。在後期的國旗設計中，幹脆把代表大和族的紅色放在五色旗的中央，赤裸裸地表示日本人的統治地位。這是五色旗被扭曲得最猥瑣的一次。
五色旗頗忙了一段時間後，終於又要退休了，在日本人成功誘降汪精衛之後，這個最大牌的漢奸收編了中國境內的所有偽政府（除了“滿洲國”），各種雜牌偽政府的“國旗”也都取消了，統一換成“中華民國”的“青天白日滿地紅”旗。曆史就是這麼驚人地搞笑，五色旗竟然被青天白日滿地紅旗又成功地革了一次命。不過，日本人不想讓汪精衛太有麵子，在他們的堅持下，偽政府的國旗加上了一條黃色三角飄帶，上麵寫著“反共和平建國”。這和當初偽“維新政府”的“國旗”倒是有共同的精神氣質。
抗戰勝利之後，偽滿洲國倒台了，五色旗終於徹徹底底地完成了它的表演，退出了曆史舞台。它不愧是民國曆史上最忙的一麵旗了。