牛田大捷，大大鼓舞了福清人民的抗倭鬥爭，沉重打擊了倭寇的囂張氣焰，使福清人民暫告安寧。
戚家軍舉行盛大的凱旋儀式，將士們抬著繳獲的武器，高奏戚繼光口授的《凱歌》，浩浩蕩蕩地進入福清城。福建巡撫遊震得聞捷，親自組織百姓出城歡迎。沿途鑼鼓喧天，彩旗飛揚，人們熱烈歡慶戚家軍的勝利。
牛田大捷後，一股敗逃的倭寇，竄至興化（今莆田），很快與附近散逃的倭寇合股，逃至興化東20裏的林墩，結巢據守。
戚繼光原來的任務是收複橫嶼島、搗毀牛田倭巢就班師浙江的。現在得知林墩有倭寇4000多人結巢為患，決定乘勝進軍，搗毀林墩倭巢，然後再班師。
九月十二日，戚繼光下令向興化開進。部隊急行軍70裏，進至烽頭、江口一帶，天色已晚，這裏離興化城還有10多裏，離林墩還有30多裏，戚繼光決定就地休息。第二天，大軍偃旗息鼓，從山間小道開進興化城。戚繼光為了迷惑敵人，造成暫不進兵的假象，命令將士們分居民戶，幫助百姓收割莊稼，整治田野。他自己絕口不談兵事，到處拜客，將士們感到很奇怪，不知戚將軍作何打算。
戚繼光來到興化城守將翁時器處拜訪，一不談倭患，二不談海防，卻饒有興趣地欣賞鳥魚花草。翁時器覺得不可理解。
晚上，將士們都已入睡，唯獨戚繼光的營帳還亮著燈，翁時器便走進去，忍不住問道：“戚將軍向來用兵神速，今日為何不提戰事？”
戚繼光笑道：“兵不厭詐啊。”翁時器不解地問：“何時進兵啊？”戚繼光答道：“敗逃之敵，如驚弓之鳥，隻有出其不意，突然襲擊，才能聚而殲之。我軍必須麻痹敵人，乘敵不備，以迅雷不及掩耳之勢，一舉殲滅之。”翁時器隻是暗暗敬佩，仍然不知戚家軍何時發兵。
夜半，戚繼光悄悄地集合隊伍，士兵們輕裝銜枚，向林墩進發，城裏居民都在熟睡，誰也不知道戚家軍今夜行動，倭寇更是毫無知曉。
林墩倭巢，四麵水溝縱橫交錯，地形極為複雜，隻有兩條路可通。一條為正路，名叫黃石大道，另一條為西洪小路，中間有一座小橋，名叫寧海橋。戚繼光計劃從正路黃石大道進攻。可是快接近倭巢時發生一件意外的事情，向導不見了。戚繼光意識到向導通敵了，並且發現自己的隊伍已進入西洪小路。由於西洪小路至林墩倭巢，溪水縈回，路小難行，快天亮了部隊才抵達林墩。
倭寇發覺明軍，迅速組織倭賊據巢頑抗。
戚繼光見突襲已失良機，下令與敵人拚死搏戰，命令把總王如龍、張諫率領一部直插黃石大道，從正麵進攻，吸引敵人，自率陳大成、吳惟忠、丁邦彥等督兵強占寧海橋，企圖一舉突破。
寧海橋，是通往林墩倭寇大巢的咽喉，倭寇修築了堅固工事，並部署2000人防守。戚繼光將隊伍分成3個梯隊，向敵發起強攻。哨官周能為前鋒，率眾過橋，剛踏上橋頭就遭到倭寇銃、箭掃射，壯烈而死。隨後，勇士們相繼而上，結果都戰死。戚繼光改變部署，命令陳大成繼續組織奪橋，由主攻改為助攻，自率吳惟忠、丁邦彥改由黃石大道進攻。愚蠢的倭寇在寧海橋取得了勝利，就驕傲起來，狂言“明軍來一個消滅一個，來一對消滅一雙”。忽然敵營中騷亂起來，原來是王如龍、張諫部突破黃石大道，插入倭寇的心髒。防守寧海橋的倭寇見正麵失守，老巢被掏，轉兵增援。陳大成乘隙進攻，奪占寧海橋，與進攻黃石大道的戚繼光、王如龍、張諫形成兩麵夾攻之勢。倭寇見勢不妙，奪路而逃。戚家軍奮勇追殺，將倭寇一網打盡。
天亮後，興化城的居民發覺戚家軍昨夜神不知、鬼不覺地離城而去，今早就搗毀了林墩倭巢，紛紛出城相迎，殺豬宰羊，備酒犒軍。
戚繼光率領戚家軍第一次入閩抗倭，前後不到3個月，搗毀福建橫嶼、牛田、林墩3大倭巢，為福建人民解除了倭患，深受福建人民的愛戴。
十一月，戚繼光班師浙江。朝廷根據戚繼光的戰功，提拔他擔任統轄台州、溫州、福寧、福州、興化5地的副總兵，兼統水寨，參將、遊擊以下武官俱聽節製。一人擔任橫跨兩省、統領5府州的副總兵，這在明朝曆史上也是不多見的。