戚繼光親督金科、金文秀等大營正兵以銳不可擋之勢，衝進北巢，殺聲陣陣，火光衝天，倭寇全線崩潰。仙遊解圍，明軍吹起勝利的號角，整隊入城，受到百姓的熱烈歡迎。
仙遊之捷，是戚繼光繼平海衛大捷之後取得的又一次重大勝利。也是戚繼光以寡擊眾，獲取全勝的光輝戰例。充分顯示了戚繼光高超的指揮藝術，卓越的組織才能和戚家軍英勇善戰，無堅不摧的節製之師的戰鬥風貌。因此，譚綸特向朝廷上疏，為戚家軍請功邀賞，讚譽戚家軍“用寡擊眾，一呼而輒解重圍；以正為奇，三戰而悉收全捷。……蓋自東南用兵以來，軍威未有如此之震，軍功未有如此之奇者。”
嘉靖四十三年（1564年）一月，從仙遊潰逃的倭寇近萬人，正向同安方向竄犯，企圖與活動在漳州的倭寇會合。
戚繼光為徹底殲滅這股倭寇，立即命令原來增援仙遊的各地守軍返回駐地，嚴陣以待，防止新倭重新竄犯，同時命令傅應嘉率水師巡邏海上，斷敵海上逃路，自率5000名戚家軍將士追擊南逃的倭寇。
二月初四，戚繼光率領戚家軍日夜兼程趕至同安縣王倉坪，偵知倭寇集結在此，遂將部隊分為四路，守備王如龍為南路，把總陳濠為中路，守備耿宗元為北路，義總吳京為預備隊，適時策應各路。部署完畢，戚繼光折箭為誓，激勵將士誓死拚殺。
倭寇探明戚繼光的兵力和企圖，反而先從南麵、東南、西南同時向明軍南路撲來。
麵對凶猛的倭寇，王如龍躍出陣前，怒目圓睜，把鋼刀往地上一插，吼道：“不滅此賊，就用它刺穿我的胸膛。”陳子鑾、丁邦彥高舉戰旗，怒視敵群，高喊：“為國捐軀，報效國家的時候到了。”全軍將士呐喊著向倭寇衝殺過去，頓時，喊殺聲，如雷貫耳。雙方激烈酣戰，一股倭寇2000多人從西南向東南方向迂回到明軍背後。明軍王如龍部處於被圍狀態，陣勢出現騷亂。戚繼光親督張元勳、朱鈺殲滅迂回到王如龍部側背的倭寇，然後再揮師迎戰正麵之敵。倭寇見狀，匆忙往山上逃去，戚家軍揮刀登山，追擊逃敵，倭寇四處狂竄，奪路逃命。
王倉坪一戰，明軍共殲倭寇2000多人。還有7000名倭寇南竄漳浦蔡坡嶺，據險築巢，並與漢奸勾結，企圖奪取漳浦。戚家軍跟蹤追擊。
二月十五日，戚繼光親自化裝偵察，發現敵巢駐紮在蔡坡嶺的山腰間，山高林密，崗哨林立，要偷襲難以成功，強攻傷亡太大。戚繼光反複思考，這是一股潰逃之敵，似驚弓之鳥，而且剛剛結巢，立足未穩，糧草不足，必然要下山搶劫，遂決定於蔡坡嶺至漳浦一線兩側設伏殲敵。
次日淩晨，戚家軍進入伏擊地域，隱蔽待機。不久，即有倭寇數百人向漳浦方向運動，顯然是倭寇先頭部隊。戚家軍嚴守軍紀，按兵不動。倭寇大隊人馬隨後跟進。當倭寇進入明軍伏擊圈，張元勳、陳濠、王如龍、李超率伏兵驟起，衝入敵陣，倭寇突遭襲擊，匆忙組織反撲。明軍將士英勇拚殺，倭寇見勢不妙，奪路後退，戚繼光親自督眾，從背後殺出。倭寇逃入山林，據險反抗，戚家軍從四麵縱火燒林，焚死和墜崖而死的倭寇1000多人，其餘殘倭繼續南逃。
戚繼光率軍追至詔安地區，又殲滅逃倭2000多人、焚毀倭船20多艘。還剩一股倭寇逃入海上，被明水師殲滅一部，少量逃回日本。到嘉靖四十三年（1564年）十月，福建沿海的倭寇基本平定。
戚繼光率軍消滅大漢奸、大海盜首領吳平，是他抗倭業績的重要組成部分，也是他在抗倭戰爭的舞台上導演的最後一幕。
吳平，是福建詔安縣梅嶺人，早年就投靠倭寇，充當內奸，在廣東潮州地區燒殺搶劫，後來黨羽漸盛，自成一支，隊伍發展到萬人，戰船百艘，與潮州倭寇互為犄角，橫行閩粵交界五六年，作惡多端，危害劇烈，成為霸居一方的大漢奸、大海盜。