嘉靖四十三年（1564年）夏，戚繼光率領將士轉戰閩南地區，廣東總兵俞大猷和參將湯克寬率軍轉戰潮州、惠州地區，殲滅倭寇2萬多人，吳平處於兩麵受敵，孤立無援的境地，迫於形勢，向俞大猷投降，被安置在梅嶺。沒過多久，他公開反叛，召集亡命之徒、海盜流氓萬人，修造戰船百餘艘，行劫閩粵交界地區，殺死明把總朱璣、王豪，勢甚猖獗。戚繼光決定用武力鏟平後患，徹底蕩平倭寇，奪取抗倭戰爭的最後勝利。
嘉靖四十四年（1565年）二月，戚繼光去函廣東，與老戰友俞大猷相商，決定兩麵夾擊，水陸並用，徹底消滅吳平。
為了做好圍殲吳平的思想準備，戚繼光深入將士之中，鼓舞士氣。
一天，戚繼光來到漳州，巡視部隊。將士們都圍著主帥問長道短。有的說：“倭寇消滅了，我們可以放假幾天了。”也有的問：“當兵就是打仗消滅敵人，現在倭寇滅亡了，還留我們幹什麼呢？我們可以解甲歸田了。”有一個消息靈通的士兵則反對“天下太平”的糊塗觀念，他說：“聽說海盜頭子吳平賊心不死，又在沿海橫行不法，我們怎能鬆懈戒備，馬放南山呢。”
戚繼光突然站起來，問道：“你叫什麼名字？”那位士兵以為觸怒了主帥，膽戰心驚地回答了問話。戚繼光說：“你講得很好。”艾武聽到了主帥的誇獎才如釋重負。
戚繼光突然語調沉重起來，解釋道：“各位將士，你們為報效國家，投身從軍，跟我轉戰南北，太辛苦了，我感謝你們。現在倭寇基本消滅了，應該給你們放假，家中有困難的，應該允許回去，孝敬父母，照顧妻子兒女。可是天下還沒有太平，梅嶺的吳平又網羅敗類萬人，到處搶劫，我們的父老生命財產還麵臨著嚴重威脅。如果我們不徹底消滅吳平，他們還會勾結倭寇，卷土重來，你們看應該怎麼辦？”戚繼光的話音剛落，將士們異口同聲：“跟隨主帥，消滅吳平！”
戚繼光激動地說：“好！你們不愧為是我戚家軍將士！”
戚繼光在激勵士氣的同時，抓緊軍事部署。命令傅應嘉率水師自浯嶼（今金門東）出發，至梅嶺外海；戚繼光督陸兵自漳浦出發，向梅嶺疾進。吳平得悉戚繼光水陸合攻梅嶺，遂從海上南逃，向廣東流竄。傅應嘉和廣東參將湯克寬所率水師合擊吳平於大潭澳，擊沉賊船20餘艘。吳平逃入閩粵交界的南澳島，在島上築土城，立木柵，建立巢穴，不斷派遣黨羽出掠沿海。
八月，戚繼光率大軍進至詔安地區，按原定方略進攻南澳島。由於廣東潮州地區兵力不足，準備尚未就緒，而且軍機泄漏，戚繼光當機立斷，決定先抵南澳島，征用大批漁船，用漁船載石沉塞港口，又派戰船環列烈嶼、宰豬、大沙等地，對南澳島實行封鎖，切斷吳平海上逃路。
戚家軍預定攻取的第一個目標，是南澳島的龍眼沙。此地離吳平老巢約30裏，海灘地勢較平坦，容易登陸，便於建立灘頭陣地。戚繼光把部隊分成三路，從三個方向同時登陸，每路又分衝鋒的正兵和策應的奇兵，另外設立“老營”，以督後陣。九月二十二日，戚繼光親督陸兵乘柵木浮舟渡海，在龍眼沙登島成功。登岸地點山深林密，到處都布有吳平設置的障礙物。戚家軍將士保持著高度的警惕性，一麵伐木開路，因地結營，一麵整軍以待，防敵突襲。大隊人馬源源登岸後，抓緊時間，修築木柵城和防禦工事，建立進攻基地，鞏固灘頭陣地。