萬曆十一年（1583年）春，戚繼光正式接到調令。這一點戚繼光是不感到意外的。但對戚繼光終究是個打擊。
戚繼光是個一心報效國家，立誌疆場，馬革裹屍的愛國將領。他得知廣東倭患早已平定，現又無戰事，調他去幹什麼呢？可是詔令又怎能違抗呢？戚繼光隻好無可奈何地告別薊州的官兵和人民，含憤赴任。
戚繼光離開薊州的這一天，陰風怒號。薊州的廣大官兵和黎民百姓得知戚大將軍慘遭誣陷，今日就要離開薊州的消息，都懷著悲憤的心情，冒著刺骨的寒風紛紛趕來為他送行。在送行隊伍中，人們流著眼淚議論著，這樣好的將軍，卻被人誣陷，朝廷中一定是奸臣當道。人們紛紛為戚繼光鳴不平，要求去京師，向朝廷反映戚將軍的功德，請求朝廷批準戚將軍繼續留任。可是善良的人們哪有這個力量改變朝廷的決定呢？
戚繼光內心非常沉痛、悲憤，但是他看到薊州的官兵和人民夾道相送，隊伍長達數十裏的感人情景，深感薊州的將士、薊州的人民如此愛戴他，增添了欣慰。他揮淚告別官兵和送行的人們，踏上了南行的征途。
四月，戚繼光回到了離別將近30年的故鄉——蓬萊。幾十年的戎馬生涯，不僅使戚繼光兩鬢出現了白發，而且使他的心中增添了無窮的感慨。故鄉的景色是那麼美麗。錦繡的山川，碧綠的大海，豐富的物產，敦厚的風俗，淳樸的人情，強烈地吸引著他，使他產生樹高萬丈，落葉歸根的思鄉心情。他遊至蓬萊閣下，蕩漾浮舟，寫了一首詩反映他思鄉之情：
“三十年來續舊遊，山川無語自悠悠；
滄波浩蕩浮輕舸，紫石贈出畫樓。
日月不知雙鬢改，乾坤尚許此身留；
從今複起鄉關夢，一片雲飛天際頭。”
然而，戚繼光是個執行命令不遲疑的軍人。他想到朝命在身，不能久留故鄉，必須馬上趕赴廣東上任。經過艱難旅程，行至福建詔安梅嶺，情不自禁地回憶起18年前在此消滅大海盜首領吳平的戰鬥情景，勾起在東南沿海抗倭的往事，曆曆在目，寫了一首詩：
“四十年來汗血間，征鞍重度穆陵關。
如今南北良將多，何日天王為賜環。”
戚繼光到達廣東時，廣東局勢比較平穩，倭寇早已平定。這對於一位曾經防守過2000裏邊防線、統率過16萬大軍的戚繼光來說，簡直猶如展翅的雄鷹關進鴿子籠，整天憋得慌。但是，戚繼光畢竟是個忠於國家的將才，即使遭受如此打擊，仍然時刻不忘報效國家，經常去巡視部隊，整治軍紀。有時確實因為管轄部隊太少，隻好在家整理詩文和兵書。
長期的抗倭戰爭，使他患了肺病。北調薊州後，戎務繁忙，沒有時間徹底根治。到了廣東，時局的不公，官場中人與人之間的相互傾軋，戚繼光的憤怒，使他的肺病加劇了。萬曆十三年（1585年），他的肺病日益嚴重，不得不上書朝廷，請求病休，等待康複後再重上疆場，報效國家。