然而，2004年7月的人質事件，嚴峻地考驗了美菲關係，也極好地顯示了阿羅約的外交膽略。這一年夏，伊拉克綁架人質事件屢屢發生，有好幾個國家的人員被伊拉克武裝分子綁架。伊拉克武裝分子於7月7日綁架了在伊拉克工作的菲律賓籍卡車司機克魯斯，並要求菲律賓撤回其駐伊救援隊，否則將處死人質。人質事件在菲引起強烈反響，是頂住民眾壓力繼續駐軍伊拉克，還是為保全人質安全而撤軍，這無疑讓阿羅約總統左右為難。但阿羅約沒有猶豫，及時進行了一係列果斷處置。人質事件發生後，阿羅約總統立即下令，暫停向伊拉克派出新的勞工，禁止菲公民到伊拉克旅遊，準備赴伊工作的120名菲律賓人也停止出境。同時，阿羅約立即召開緊急內閣會議，研究人質安全問題，立即派遣特別小組赴伊與綁架分子進行談判，並請求印度尼西亞、馬來西亞、利比亞和埃及等國穆斯林組織領導人幫助菲政府勸說綁架分子盡快釋放人質。
美國多次敦促阿羅約堅定立場，沒想到菲最後還是要撤軍。美白宮發言人麥克萊倫說，布什對阿羅約感到失望，並稱“菲政府的決定將向恐怖分子傳達錯誤信號”。雖然撤軍決定惹惱了美國等國，但卻受到國內民眾和政界的歡迎。特別是德拉克魯斯的家鄉人歡呼雀躍。參議員拉克鬆發表聲明說，阿羅約向全國顯示其為拯救人質生命而寧願付出重大政治代價的決心，這是值得高度讚揚的。6名倡議政府撤軍的眾議員中，貝爾特蘭還為美國對菲的態度感到憤怒，他稱人質事件是美國發動對伊戰爭導致的，菲律賓人應對美國感到失望。阿羅約表示菲律賓仍將與其他國家團結起來，打擊菲國內和國際的恐怖主義。阿羅約同時呼籲菲律賓的盟國能夠理解，菲律賓處於一個特殊境地。與美國、澳大利亞、保加利亞和其他國家不同，菲律賓在中東地區有150萬海外勞工，在伊拉克有4000名海外勞工，這是伊拉克人數最多的外國雇員群體。這些海外勞工的安全是她必須優先考慮的問題。她還表示，有些菲反對派和媒體誇張說，菲律賓與美國的戰略夥伴關係出現了裂痕，這不是事實。她說，菲美之間有共同的政治傳統，被曆史永久聯係在一起。
菲律賓是美國對伊戰爭和伊戰後重建工作的堅定支持者。伊戰結束後，菲政府曾向伊派遣200多人組成的特遣部隊，並派送了大批菲勞工到伊工作。目前，菲約有51名軍警駐紮在伊中南部，負責培訓當地警察和維持社會治安。而菲在伊勞工則達4200人，這些勞工大多數是在美軍營地從事清潔衛生、飲食等服務性工作。