在這種情況之下，北軍怎麼能戰勝團結一致的南軍呢？林肯陷入了深深的思索。
由於戰勢緊急，林肯任命佛裏蒙特擔任中部地區的軍隊總司令。這個人年輕有為，很多青年都願意在他的麾下效命。
布魯蘭戰役結束後，佛裏蒙特在密蘇裏州頒布了“解放奴隸命令”。 這個布告如果真的執行，原來保持中立的蓄奴州可能會立即加入南方聯邦。林肯總統聞訊，立即致信堅決反對，要求佛裏蒙特修改命令，使之符合國會頒布的法令。佛裏蒙特斷然拒絕。林肯於是以總統權力取消了佛裏蒙特的命令，後又將其撤職。
第二年，麥克萊倫也辭職了。這樣一來，林肯隻好親自擔任總司令，發布作戰命令。
除此之外，還有很多令林肯擔心的事。因為戰爭的關係，北方有很多工廠都倒閉了，與外國的貿易也因此減少。南方的情況也差不多，英國因為需要大量棉花，希望戰爭趕快結束，所以經常供應武器和金錢給南方。
戰爭拖久了會帶來什麼樣的結果？林肯自己也不知道。在這層層的憂慮之中，林肯的內心也慢慢有了一種轉變。他想起了佛裏蒙特所發的布告。林肯原來的想法是先謀求合眾國統一，奴隸問題以後再說。
但是北方有很多人非常讚成佛裏蒙特的作法，大家都認為：我們是為了解放奴隸而與南軍作戰的。現在有了這個理由，隱藏在林肯內心深處的理想，也逐漸被喚醒了。
“即使合眾國統一，卻不能維護自由的精神，那又有什麼意義？這是為了所有人類的自由而戰！”
戰爭繼續著，林肯的信念也越來越明顯，雖然困難重重，但他已有了奮戰到底的決心。
前來參加義勇軍的人中，有位年約40歲，名叫尤裏西斯·格蘭特（1822~1885年）的人，格蘭特年輕時曾參加過墨西哥戰爭，表現十分傑出。
他的領導能力逐漸在軍隊裏嶄露頭角，不斷地受到上司的賞識，終於讓他指揮大隊人馬。格蘭特率領的軍隊紀律嚴明，連戰皆捷。
1862年春天，格蘭特所率領的部隊攻下了南軍好幾個要塞。這對一直打敗仗的北方軍來說，無疑是個很大的鼓舞。於是林肯提升格蘭特為總司令，正如林肯所預期的，格蘭特是個了不起的軍事人才，政府軍在東部和中部接連取得了勝利。
解放黑人奴隸宣言
1862年，林肯擬就了一份《解放黑人奴隸宣言》，正式的宣言，是在次年的1月1日公布的。
不人道的奴隸製度終於被林肯總統廢止了！從第一次看見奴隸市場以來，林肯就一直在思考這個問題。這項玷汙人類曆史、違反人道的製度終於被明令禁止。從此以後，再也看不到殘酷的奴隸市場了。
但是，北方與南方的戰爭還在繼續之中。如果這場戰爭無法獲勝，解放奴隸的宣言也就沒有意義。因此，這場仗非得打贏不可。
此時北軍雖然已重振了軍勢，但是戰爭的情況並不順利。為了鼓舞士氣，林肯常常騎馬到前線去巡視，年輕的兵士看到總統親臨都很興奮。
林肯看到這些年輕的士兵，想著他們不知何時就會犧牲在戰場上，內心裏痛苦至極。有天晚上林肯正在通宵工作，侍衛告訴他有位老婦人來求見。