司馬睿看到朝班中有幾個大臣，對王敦所言並不買賬，似有聲援周嵩的跡象，他搶先開口說：“尚書周嵩所議與王先生之論背道而馳，不恤天下蒼生，甘任胡人蹂躪，不足以在朝議政，著即降為新安太守，克日出京，不得延誤。”
百官這才明白了司馬睿的真實意圖，又再次紛紛敦請，司馬睿擔心再出偏差，也就不再推辭了。建武元年017〉三月三十一日，司馬睿正式即皇帝位，是為晉元帝，改元太興。
元帝加封王敦為揚州刺史、加都督征討諸軍事，王導錄尚書事。也就是說，王導管文，王敦管武。其他大小官員，也都分別有封賞。而元帝獨對王家兄弟另眼高看，在即位大典上，元帝曾真心實意地請王導說：“來，王大人，到禦座上與朕並肩同坐。”對這一超乎尋常的寵遇，王導堅辭不受：“這如何使得，臣要折壽的。一個太陽高懸，方能普照天下，如果下同萬物，蒼生如何仰望。”
元帝也就不再勉強。
當年六月，吏部侍郎劉胤奏聞：“萬歲，江北義士邵續，起兵數千，與胡敵石勒反複抗爭，大小數十戰，這難得的抗胡火種，當促其成為燎原之勢。而這支江北義軍，急需錢糧兵馬的補給，望陛下派支人馬過去，同時帶去糧食火藥，使這支義軍發展壯大。”
司馬睿可舍不得往外撒銀子，他表麵上卻很大方：“邵續所為，自當鼓勵。朕賜封他為平原樂安太守、右將軍、冀州刺史，至於兵馬錢糧，朝中也不寬裕，容後再議。”
禮部侍郎祖逖出班奏道：“萬歲，北方藩鎮，俱已失敗，唯存邵續，尚在堅持。如不援救，倘為石勒所滅，則北方即無抗胡火種。朝中雖難，還是強過邵續孤軍奮戰，望陛下派兵將過江救援。”
“朕何嚐不想光複社稷，收回中原。奈何國家初立，缺兵少將，缺糧少錢。”元帝話鋒一轉，“江北征戰，萬分凶險，朕難以派將領兵。卿之所言慷慨激昂，敢領兵乎？”
祖逖被元帝叫板，並未顯出畏難：“萬歲，晉室之亂，實起於藩王爭權。自相殘殺，遂使戎狄乘隙，荼毒中原，黎民塗炭。萬歲如允臣出征，隻需給臣一萬兵馬，臣等擎晉國大旗殺到江北，豪傑之士必踴躍響應，則失地可複，國恥可雪。”
“祖卿壯誌可嘉，朕亦為之動容。今加封你為奮威將軍、豫州刺史。”元帝又是話鋒一轉，“但國力有限，朕隻能給三千匹布作為軍資，兵員需你自行招募，武器要你自行籌措。如覺難以勝任，出征之議仍可作罷。”
祖逖報國之誌彌堅：“臣願領旨出征。”
“願祖大人做好準備，再行渡江。”元帝現出關心。
祖逖募得兩千多兵士，散盡家財，冶鑄兵器，率部曲、親族百餘家，共同渡江北上，得到江北人民的積極響應，同仇敵愾，多次大敗石勒，很快收複黃河以南的大片領土，使得石勒輕易不敢再進犯黃河之南。祖逖的隊伍也已發展到六萬多人，勢力曰漸強大，積極做著渡河北上的準備，計劃收複黃河以北的失地。
元帝萬沒想到，祖逖會站穩腳跟，而且發展為這樣一支強大的隊伍，擔心他萬一另立別的宗室王，或獨立與自己抗衡。匆忙地派出兩支人馬，鉗製祖逖的隊伍。同時，再給祖逖一個虛的頭銜一鎮西將軍。而讓尚書仆射戴淵為征西將軍，都督司、兗、豫、並、雍、冀六州諸軍事，司州刺史，鎮合肥；另一支人馬，由丹陽尹劉槐為鎮北將軍，都督青、徐、幽、平四州諸軍事，青州刺史。名為討胡，實為鉗製祖逖。
戴淵不識戰法，且又剛愎自用，祖逖要受他的節製，想要渡河北伐，戴淵不許。祖逖怏怏不快，鬱悶成疾，想到壯誌難酬，皇帝猜忌，病情越發嚴重，於當年九月，竟病逝於雍丘。這大好的北伐形勢，竟因元帝的權位之忌而斷送。豫州百姓如喪拷妣，
紛紛為祖逖設祠祭拜。而沒有了祖逖的製約，主管軍事的王敦則越發肆無忌憚。
王敦當時的官職為都督江、楊、荊、襄、交、廣六州軍事，江州刺史，鎮守武昌。東晉永昌元年〈322〉正月，王敦以討伐劉槐之名，在武昌發動叛亂。給元帝發去檄文：“奸賊劉槐必斬其首。其首朝懸，則諸軍夕退。”
上將軍沈充，在吳興起兵配合王敦形成東西夾擊之勢。王敦胞兄王含，連夜乘輕舟逃往武昌，而堂兄王導則不及逃走即為元帝控製。元帝對全國發出詔書：“王敦狂逆至極，把朕比作太甲，欲加幽囚，其罪罄竹難書。朕要親率六軍，征討大逆，有殺王敦者封萬戶侯。”