城古邑幾時開，漢業千秋尚有台。
大陸關河宜北望，太行形勢自西來。
秋深禾黍皆成穗，雨後田園半是苔。
白水真人何處者，高天吟眺獨徘徊。
胸懷大誌的光武帝，當然不想做一個無所作為的皇帝。不過他畢竟是從農民一步登天的，極需要學習和汲取一套行之有效的統治術，而西漢先帝“漢承百王之弊，高祖撥亂反正，文、景務在養民”
的方針，給予他十分有益的啟示。他以恢複漢家製度為旗幟，在建立政權後進行係統的“撥亂反正”工作。而他對西漢先帝並非亦步亦趨，在繼承西漢製度和政策時有因有革。光武帝對內以柔道治國、允冠百王、整頓吏治、安定民生為方針進行政治改革，對外則平西羌、服匈奴、撫西域、交東夷，積極處理好與周邊少數民族及國家的關係。
為鞏固中央集權，劉秀一方麵在抑奪三公職權的基礎上，建立“雖置三公，事歸台閣”的新體製，使全國政務都經過尚書台，最後總攬於皇帝；另一方麵加強監察製度，提高刺舉之吏如禦史中丞、司隸校尉和部刺史的權限和地位。他還大力推行“精兵簡政”，下令全國各縣合並精簡至四百多個，使吏職人員減省至十分之一。史載：
“時兵革既息，天下少事，文書調役，務從簡寡，至乃十存一焉。”九百餘年後，從光武帝的影子下走出另一個曆史人物，就是那位以杯酒之功夫而得天下兵權的宋太祖趙匡胤。他的做法看似取自光武帝的經驗，其實卻有本質上的差別，因為他是以犧牲軍力、國力來保全他的江山的。
“安民”是劉秀深謀遠慮的另一件大事。為恢複殘破的社會經濟，劉秀於建武六年下詔恢複三十稅一的舊製，使東漢初年的封建租賦徭役負擔較之西漢後期和戰爭期間有所減輕，促使大量流民返回農村，促進了農業生產發展。他努力提高奴婢的法律地位，前後九次下詔釋放奴婢，許多奴婢幸運地免為庶人。皇帝親自出馬解決奴婢問題，在中國古代史上可謂罕見。
建武十五年（公元39年），劉秀針對當時“田宅逾製”和隱瞞土地戶口的嚴重現象，下詔州郡，要求對天下墾田、戶口、百姓年齡作一次檢查核實，史稱“度田”。然而在清查過程中，官家豪族“多為詐巧，不務實核”，而郡縣守、令“優饒豪右，侵刻羸弱”。結果雖然處死了度田不實的十幾名郡守，但劉秀還是不得不向豪強國戚讓步，度田工作隻好半途而廢。
一係列整頓的結果，使東漢經濟明顯恢複，政治也相對穩定。劉秀完成了中興大業，史稱光武中興。然而令人費解的是，這位曾經熟讀經書的飽學之士，又在安邦治國中運籌帷幄且卓有成效的皇帝，卻犯了一個低級的錯誤。他於中元元年（公元56年）“宣布圖讖於天下”，亦即把讖緯寫成定本，使讖緯定型化，此後凡有增損改易讖緯的也得治罪，用政治和法律的權力來維持讖緯神學的尊嚴。
讖緯是漢代方士所造作的一種依傍經術的書籍。王莽曾大量製造圖讖，將零星的讖語彙成篇籍，而劉秀是應圖讖《赤伏符》即帝位的，據說圖讖稱“劉秀發兵捕不道，卯金修德為天子”。他即位後更加崇信讖緯，並用讖緯來決定紛爭和猶豫不決的事。在皇帝的倡導下，研習讖緯形成一股風氣，讖緯如日中天，盛極一時，天人感應、陰陽災異之說在社會上泛濫成災。當帝位傳到第三代，漢章帝即位之後，更召集諸儒於白虎觀，會議上引讖緯以釋經，並令班固結論編輯整理為《白虎通義》。《白虎通義》是皇帝欽定的經學教科書，自此讖緯也成為漢王朝的神學正宗。
東漢前期思想界的荒誕迷信較之西漢已是有過之而無不及了，中國文化中蘊涵的理性精神幾乎遭到徹底的封殺。胡適在《自由主義》一文中指出：“在二千多年曆史上，每到了宗教與思想走進了太黑暗的時代，總有大思想家起來奮鬥，批評，改革。”又說，“漢朝的儒教太黑暗了，就有桓譚，王充，張衡起來，作大膽的批評。”
在這種烏煙瘴氣之中，首先起來進行勇敢反抗的是桓譚。光武帝時任議郎給事中（掌顧問應對）的桓譚是個博學多藝、熟諳五經的學者，見“時帝方信讖，多以決定嫌疑”，就上疏批評：“觀先王之所記述，鹹以仁義正道為本，非有奇怪虛誕之事”，力主禍福在人不在天，應充分發揮人才的作用。針對是時流行的精神可脫離形體而存在、精神決定形體的觀點，桓譚在其《新論》一書中指出“精神居形體，猶火之燃燭矣……燭無，火亦不能獨行於虛空”，他深入淺出地以火與燭的關係來說明人的思想、精神對人的形體的依賴關係。
東漢唯物主義哲學家王充對《新論》予以極高評價，說：“挾桓君山之書，富於積猗頓之財。”四川大學哲學係教授黃玉順在《詠桓譚》一詩中簡潔地概況了《新論》的精髓：
桓譚新論有高見，王道之治衣食先。