進入陵園，鐫刻著“諸司官員下馬”六個大字的威嚴石碑，使得達官顯貴們不敢不在此下馬坊以步代車。排列在陵前神道兩側的十二對石像生中，有石獅子、石獬豸、石駱駝、石麒麟、石象和石馬各兩對，相立對峙，造型生動，形態壯觀。陵前還有四對體態高大的石翁仲，和石獸一起組成長達一公裏的威嚴列隊，“石馬嘶風翁仲立，猶疑子夜點朝班”，儼如朱元璋生前出巡的儀仗隊。
孝陵的神道由石望柱開始北拐，月牙形般地繞過一座小山崗，崗名“孫陵崗”，因為崗上有三國時吳大帝孫權的陵墓。據載當年修陵時，發現孫權墓擋了神道，有人曾建議將它遷走，但朱元璋未準，說：
“孫權也是條好漢子，留為門主。”這樣，神道隻好繞行而過。其實朱元璋可能沒有道出他的潛台詞，因為這一座如屏的小山是孝陵風水中的“案山”，有著十分重要的文化象征意義。
就像秦始皇陵、唐太宗昭陵或高宗與武則天的乾陵一樣，曆盡滄桑的明孝陵，也將一個又一個難解之謎留在世間，讓一代代後人煞費苦心地猜測、研究。謎中之謎是朱元璋是否真的葬在明孝陵？
因為朱元璋下葬時曾有十三個城門同時出殯，對他究竟是葬於南京鍾山、朝天宮抑或北京萬歲山，眾說紛紜，而明孝陵雖是明太祖朱元璋的陵寢建築，但其地宮的具體位置在哪裏，亦是史無定論。因此明孝陵下是否有朱元璋其人，也成為數百年來人們心中揮之不去的謎團。
日益進步的科學技術開通了一條時空隧道，使無數沉睡於地下的古代文明瑰寶得以重見天日。自1997年起，南京市文物研究所與中山陵園管理局文物處用磁法、GPS定位係統等諸多高科技手段與傳統勘探相結合的方法探測地宮，長達六年的考古勘探和研究碩果累累，明孝陵中一些不為人知的遺址與文物先後被發現，眾多謎團遂大白於天下。最重要的成果之一是終於查明了明孝陵地下玄宮的位置，確認朱元璋就葬在獨龍阜下數十米處，而且這座地下宮殿居然保存完好。
2003年7月，明孝陵作為明清皇家陵寢的一個組成部分，被聯合國教科文組織世界遺產委員會第二十七屆會議收入《世界遺產名錄》。
二
元朝末年，一個深秋的夜晚，詩人、畫家王冕佇立窗前。窗外漆黑無光，瀟瀟淒風和綿綿愁雨，勾起了他滿腹悲憤，一腔愁緒，遂寫下一首《秋夜雨》：
……秋夜雨，秋夜雨，赤縣神州皆斥鹵。
長蛇封豕恣縱橫，麟鳳龜龍失其所。
耕夫釣叟意何如？夢入江南毛發豎。
餘生聽慣本無事，今乃雲何慘情緒。
排門四望雲墨黑，縱有空言亦何補？
秋夜雨，秋夜雨，何時住！
我願掃開萬裏雲，日月光明天尺五！
在這首詩中王冕接連四呼“秋夜雨，秋夜雨”。當透過窗戶看到了“赤縣神州皆斥鹵”，長蛇野豬恣意衝撞，麟鳳龜龍無處駐足，甚至連農夫漁翁夢中詩畫般的江南沃土，也已成了慘不忍睹的荒原，他懷著滿腔怨恨發出了第三次疾呼。當他發出最後一次大聲疾呼“秋夜雨，秋夜雨，何時住”，不啻是對“秋夜雨”的告誡和通牒。高昂激越的呼聲回蕩在秋雨淅瀝的夜空：我願將萬裏烏雲一掃而空，日月高照的晴天就在咫尺！
詩如其畫，王冕的筆形象地描繪了元末的政治社會圖景。自成宗以降，元帝國一步步走上了窮途末路，在下傳九個皇帝期間，皇室內部鬥爭愈演愈烈，政治十分腐敗，人民災難日益深重。末代皇帝元順帝荒淫殘暴，加速激發了農民起義的爆發。不久，在黃陵岡（今山東曹縣）修河的十餘萬民工中傳開了一首民謠：“石人一隻眼，挑動黃河天下反。”事有蹊蹺，民工們又從工地下挖出一座獨眼石人，正應驗了民謠所言。不言而喻，石人是被人預先偷埋的，而民謠也是有人編造的，此人就是農民領袖韓山童。韓山童與他的夥伴劉福通所領導的紅巾軍，成了元末第一支揭竿而起的農民起義軍。
就在劉福通的紅巾軍轉戰北方之際，一支由濠州（今安徽鳳陽）郭子興領導的紅巾軍正在壯大起來。一天，一個“元軍奸細”被紅巾軍兵士五花大綁地送到郭子興帳內，經審問，原來是前來投奔義軍的青年和尚。和尚長得身材魁梧，濃眉大眼，頗得郭子興的歡心，遂將他帶回元帥府。
和尚名叫朱元璋，濠州鍾離（今安徽鳳陽東）人，元朝天順帝天曆元年（1328年）出生於一個貧苦農民家庭。出生時其父母年齡相加為八十八歲，故原名朱重八，後改名朱興宗，參加元末農民起義後改名為朱元璋，字國瑞。朱元璋幼時曾為地主放牛，十七歲那年淮北大旱，他的父母及長兄均歿於瘟疫。在鄉鄰幫助下草草埋葬了親人之後，孤苦無依的朱元璋就在附近的皇覺寺當了小和尚。隨著災情加重，寺廟中的和尚難以維生，入寺僅數月的朱元璋被打發出去做了遊方僧。