整頓和改革本也無可非議，然而朱元璋在全方位、多角度的想像力和創造力，卻著實令後人驚異。這位從人下人一步登天而成為萬方之主的大明皇帝，為保全朱家天下，造福子孫萬代，首創了一係列前所未聞的嚴法、酷刑、厲製、虐術。他親自撰頒《大誥》及《大誥武臣》，規定與《大明律》同為必遵之法；他推行遷徙富民之令，在全國實行裏甲製；他編訂賦役黃冊和魚鱗圖冊，加強對土地和人民的控製。他首倡以八股取士製，使知識分子死守十年寒窗攻讀八股，至死不悟；他製定廷杖、跪對製，淩辱和折磨士人就範；他設立“錦衣衛”特務機構，專門監視、偵察大臣的活動；他分封諸子為藩王，以宗室藩王代替功臣守邊，開明朝宗室相殘之先河。一個農民改變了秦漢以來的中國，將中國的封建專製和帝王權力推到曆史的巔峰。
不過朱皇帝發明的法、刑、製、術，較之他令人發指的殺戮行徑，卻又顯得小巫見大巫了。朱元璋誅殺的主要對象，一是那些讓他頓生猜疑的文人或文臣，這類人是在一夕間莫名其妙地成了冤鬼的；二是那些在他看來功高震主的功臣，這類人飛黃騰達、專權樹黨，縱然對飛來的橫禍毫無準備，但勉強可算事出有因吧。
朱元璋當過和尚，偷過東西，參加過紅巾軍，如今當了皇上，容不得別人揭其老底。因怕而生疑，遂無中生有地製造出一樁樁文字獄，無端地殘殺了一個個無辜者。浙江府學教授林元亮在替人寫的《謝增俸表》中有“作則垂憲”之句，北平府學訓導趙伯寧在替人作的《萬壽表》中有“垂子孫而作則”之句，“則”、“賊”諧音，朱元璋認定這是罵他做過賊，即下令處死。常州府學訓導蔣鎮因在為本府作的《正旦賀表》中有“睿性生知”之句，“生”者“僧”也，格殺勿論。尉氏縣教諭許元為本府作《萬壽賀表》中有“體乾法坤，藻飾太平”八字，“法坤”被讀為“發髡”，“藻飾太平”則當作“早失太平”，作箋者也被處死。蘇州知府魏觀請名士高啟為新修衙門寫《上梁文》，文中有被視為帝京專用的“龍蹯虎踞”四字，魏觀、高啟均遭腰斬的酷刑。
在明太祖任內先後用過四員丞相，其中胡惟庸在洪武六年（1373年）至十三年間任左丞相，他是在元至正十五年（1355年）歸順朱元璋的。由於權勢日盛，驕橫跋扈，加上和當時被朱元璋譴責的吉安侯陸仲亨、平涼侯費聚密相往來，洪武十三年（1380年），胡惟庸被告發叛國謀反，明太祖立刻把胡惟庸滿門抄斬，並以追究其同黨為由，大興黨獄，將凡是心懷積怨，行為跋扈，對皇家統治有危險的文武官員、大族地主，都陸續列為胡黨，竟株連文武官員一萬五千多人。
胡惟庸案件使兩位開國元勳也受到株連，其中之一是被明太祖推為“開國文臣之首”並曾對之恩禮備至、又當過太子老師的學士宋濂，另一位是第一號開國功臣、又是明太祖親家的韓國公李善長。宋濂為人謹慎小心，深受明太祖信任，六十八歲那年告老還鄉時，明太祖還送他一幅錦緞，囑他做件百歲衣。豈料孫子宋慎也被揭發是胡黨，明太祖派錦衣衛將七十多歲的宋濂從金華老家抓到京城，要把他處死。
由於馬皇後一再求情，才下令赦免宋濂死罪，改罰充軍茂州（今四川茂縣）。由於禁不起這場驚怕，再加上路途勞累，宋濂死於途中。十年之後，洪武二十三年，又有人告發李善長和胡惟庸往來密切。七十七歲高齡的李善長曾持有明太祖賜予的兩道免死鐵券，但這又能幫什麼忙呢？明太祖一翻臉，李善長和他的全家七十幾口全部死於非命。這一次追查胡黨，又處死了一萬五千多人。
過了三年，洪武二十六年，錦衣衛又告發大將藍玉謀反。藍玉為大將常遇春妻弟，初在常遇春部下，立軍功甚多。後任大將軍，多次領兵出征，在打擊元朝殘餘軍事力量及對西北、雲南的征戰中立有大功，被封為涼國公、太子太傅。藍玉自恃有功，放恣橫暴，舉止傲慢，無人臣禮，被明太祖所殺，也是罪有應得。然而為他陪葬的“同謀”，又多達一萬五千多人。