永樂盛世伴隨著許多令人發指的殺戮和迫害，而蒙上不可饒恕的罪孽和無法洗脫的汙點。朱棣即位後，為清除建文餘黨而采取了血腥的鎮壓政策。他下令清宮三日，殺死了皇宮中大部分的宮人、女官和太監。他殘害不肯降服的建文帝舊臣，齊泰、黃子澄先後被他活活磔死（即分裂肢體）。兵部尚書鐵鉉見了朱棣毅然背立，抗辯不屈，朱棣大怒，命人割下他的耳鼻，煮熟後塞入他口中，問他滋味如何；又命人當場一刀一刀地將他割死。文學博士方孝孺不願為朱棣登極草擬詔書，拾筆寫了“燕賊篡位”四個大字，被朱棣下令磔殺，又搜捕方孝孺的宗族、親友和門生共十族八百七十三人全部殺死。
甚至連主持了《永樂大典》的編纂工作的江西吉水才子解縉亦未能幸免於難。曾深得明成祖賞識的解縉是個不識時務的文人，因推舉長子高熾為太子並又撰寫詔書以告天下，從而受到次子高煦忌恨，時時找機會加以誣陷。據說他又以一首《觀弈棋》譏諷明成祖沉溺於弈棋，不關心人民的疾苦，詩曰：
雞鴨烏鷺玉楸枰，君臣黑白竟輸贏。
爛柯歲月刀兵見，方圓世界淚皆凝。
河洛千條待整治，吳圖萬裏需修容。
何必手談國家事，忘憂坐隱到天明。
而解縉也因此大禍臨頭，幾個月後便被以“泄禁中語”、“廷試讀卷不公”的罪名將貶至廣西。不久在北京的獄中遇害，可憐一代才子死於非命。
經過十幾年的殘酷剪除，明成祖漸漸坐穩了江山，並且又深信建文帝的確已死，才對追殺之事稍有放鬆。在他第四次北征回師後，竟出人意料地開恩下詔全部赦免那些為建文帝死義者的家屬，並給還田產。但此時距他自己去世隻有八個月了。
放下屠刀，立地成佛，對於明成祖來說已為時過晚，不過他還是在晚年皈依了佛門。他潛心撰寫了四十卷二十萬言的《諸佛世尊如來菩薩尊者神僧名經》，而前二十卷十萬字就刊鑄在永樂大鍾的版麵上。
這口不朽大鍾上的上下裏外，密密麻麻地共鑄有二十三萬多字的佛教經文和咒語，除了成祖撰寫的蘊涵著對自身反省的經文外，還有我佛教化眾生的經典經文。
迄今仍完好無損地懸掛在北京西郊大鍾寺（原覺生寺）鍾樓的永樂大鍾，據說是明成祖在遷都北京後，按照《太祖實錄》裏“唯功大者鍾大”的規矩鑄造的，意在炫耀自己的文治武功，並為遷都北京肇基定鼎。這口享有“古代鍾王”之譽的大鍾，既是朝鍾又是佛鍾，通高六點七五米；口外徑三點三米；重四十六點五噸；上下各處厚度變化有致，金聲玉振，美侖美奐，充分體現了差不多六百年前中國在世界上獨具的鑄造技術成就。
今天當人們走近大鍾，以無比敬佩的目光仰望這一蒼老而剛勁的古代文物時，仿佛在翻閱一部古籍明史著作的同時，讀到了一個沉重地掛在“永樂年間”篇章末尾的驚歎號，難道這是古代華夏文明的輝煌到此戛然而止的信號嗎？今天當大鍾再度敲響，人們以無限懷念之情傾聽這一激越而磅礴的時空留言，如同在傾聽一位曆史老人心情沉痛地吟誦著一曲千古名作《泊秦淮》：
煙籠寒水月籠沙，夜泊秦淮近酒家。
商女不知亡國恨，隔江猶唱後庭花！
難道大明帝國正是在這派鍾聲浩蕩、歌舞升平的盛世光景中墮入曆史深淵的嗎？
你巨大的頭顱緩緩低垂一直低垂到曆史深處於是，六百年悲歡在風中顫抖放出青銅窩巢囚禁的鳥兒鍾聲，在每一次捶擊下複活……你活著，永遠有熱烈的渴望即使黑夜，也和暴風雨陣陣共鳴甚至緘默，也更充實、更沉重因為大地的耳朵積存著古國的聲音（楊煉《永樂大帝——大鍾寺之一》）五百八十年前下旨造鍾的一代大帝，早已遁入於也是他下令建造的地下宮殿。五百八十年間，聽過鍾聲的一代代帝後臣民，也都一批接一批地走到了人生的盡頭。朝代更迭，人事變遷，唯有大鍾寺內的大鍾卻頑強不屈地與時間抗衡著，那不絕於耳的鍾聲也始終不渝地跨越空間，為一個偉大民族的“黃河大合唱”做著忠實的伴奏。
封建帝國是注定要滅亡的。然而“爾曹身與名俱滅，不廢江河萬古流”，人類文明的陽光永遠是光耀千秋，古代科學的火薪也依然如故地傳遞了下來。