自實行變法以來，光緒多次下諭旨，允許大小官員及平民百姓上書言事，並三令五申各衙門不得“稍有阻格”。而總理各國事務大臣許應、禮部尚書懷塔布等卻對上諭置之不理，使光緒十分氣憤，決心嚴懲幾個頑固大臣，殺一儆百。九月四日，光緒勇敢地提起朱筆，下了一道諭旨，將六個守舊迂謬、阻止新政的大臣即行革職，而與此同時將積極支持變法的禮部主事王照破格提拔，更提拔了維新派中的主要成員。康有為、梁啟超及被稱為“軍機四卿”的譚嗣同、劉光第、楊銳和林旭均受重用，不過他們的官位都太低，甚至不得直接麵君。
“罷黜六堂官”事件和維新派成員的任用，表明了光緒皇帝的決心，成為“戊戌變法”中傳出的一個振奮人心的信號。
但是好景不長，以慈禧為代表在清政府中占絕對優勢的頑固守舊勢力，決不能容忍維新運動的發展。榮祿得到“懿旨”，悄悄地調兵包圍了京城，一張無形的大網正迅速地向光緒和所有維新派成員散開。
光緒對麵臨的嚴峻形勢雖一無所知，但慈禧不同尋常的神色和態度使他忐忑不安，他敏感地意識到一場大禍即將臨頭。
手無實權、胸無城府的維新派誌士依然在一心一意地實施新政，光緒覺得有必要向他們打招呼了。九月十五日清晨，光緒密召楊銳入宮，告之宮中近來的可疑動態，期待他獻計獻策，不料得到的卻是這位維新幹將的一句話：“這是陛下的家事，應當同宗室近親商量。”大失所望的光緒隻好無奈地取出兩道手詔——其實就是密詔，一道給楊銳本人，另一道要他速轉康有為。給康有為的密詔中說：
“朕惟時局艱難，非變法不足以救中國，非去守舊衰謬大臣，而用通達英勇之士不能變法，而皇太後不以為然，朕屢次幾諫，太後更怒。今朕位幾不保，汝康有為、楊銳、林旭、譚嗣同、劉光第等，可妥速密籌，設法相救，朕十分焦灼，不勝企望之至。”
情況十萬火急，光緒要康有為等盡快遠走高飛，脫離險境。說起來光緒還真是一個有良心或有義氣的皇帝，在泥菩薩過江、自身難保的情況下，猶不忘通知臣屬逃命。但如此要緊的一道密詔，竟被楊銳棄於一旁，忘了交給康有為。由於沒有得到康有為的回音，光緒又於九月十七日下一道公開的“上諭”，令“康有為迅速前往上海（督辦官報），毋得遷延觀望”。而書生氣十足的康有為竟讀不懂這道“上諭”，對皇帝的暗示無動於衷。次日晚上林旭十分慌張地來到康家，為他轉來了楊銳忘交的那道密詔，同時又轉給他光緒追補的另一道密詔，詔曰：
朕今命汝督辦官報，實有不得已之苦衷，非楮墨所罄也。
汝可迅速外出，不可遲延。汝一片忠愛熱腸，朕所深悉。其愛惜身體，善自調攝，將來更效馳驅，共建大業，朕有厚望焉。
對皇上之恩，康有為感激涕零，不禁淚流滿麵。他一麵收拾行裝準備出走，一麵與林旭緊急籌劃如何設法相救光緒。然而，除了楚囚對泣外，這些文人還能有什麼高招呢！
同樣束手無策的光緒，把曾高喊過維新、在天津小站練兵的袁世凱當作唯一的救星。他於十六、十七日兩次召見袁世凱，授予侍郎之職，袁世凱也裝出一副受寵若驚的樣子，對光緒表示效忠。十八日夜，譚嗣同密訪袁世凱，勸他殺榮祿，舉兵救駕。袁世凱在權衡了光緒和慈禧雙方的力量後，匆忙返回天津，通過榮祿將光緒的舉動向慈禧告發，可恥地出賣了皇帝。
九月二十一日淩晨，慈禧突然從頤和園趕回紫禁城，直入光緒皇帝寢宮，對光緒不住地破口大罵。在一片怒罵和訓斥聲中，麵無人色的光緒如同一名罪犯，跪在階上，諾諾連聲。慈禧隨即發布訓政詔書，宣布光緒退位，並將其囚禁於中南海瀛台，同時宣稱，她“經皇帝再三懇請訓政，從明日起坐殿辦事”，再次臨朝“訓政”。她下令捕殺在逃的康有為、梁啟超，逮捕了譚嗣同、楊深秀、林旭、楊銳、劉光第、康廣仁、徐致靖、張蔭桓等人。一場從六月十一日開始的變法維新，至九月二十一日慈禧發動的戊戌政變而宣告失敗，曆時一百零三天，史稱“百日維新”。
戊戌政變後，康有為、梁啟超等人逃亡日本。譚嗣同本來是來得及出逃的，但他拒絕了生路而選擇了死，他願以自己的鮮血來驚動麻木的曆史，喚醒愚昧的國人。譚嗣同寫在死牢壁上的絕筆詩《獄中題壁》，在黑暗的晚清長夜中化成了一道電光：
望門投止思張儉，忍死須臾待杜根。
我自橫刀向天笑，去留肝膽兩昆侖。
九月二十八日，譚嗣同等六君子被慈禧殺害於北京菜市口。當劊子手將鋼刀舉起的時候，譚嗣同昂首高呼：“有心殺賊，無力回天，死得其所，快哉快哉！”圍觀者無不感歎落淚。
我真羨慕這驚天動地的歸宿大笑著在慈禧的刀口上成全了心願（彭浩蕩《一個沒有瞑目的夢——謁譚嗣同墓》）同時被捕的徐致靖處以永遠監禁；張蔭桓被遣戍新疆。所有新政措施，除七月開辦的京師大學堂外，全部都被廢止。
光緒二十六年（1900年）七月三日，西太後以“離間”罪為借口，殺支持光緒變法的吏部侍郎許景澄等五大臣。