其二，衢州孔氏家廟與曲阜孔廟具有同等重要的文化意義。就建築風格和文化內涵而言，衢州孔氏家廟則與曲阜孔廟存在差異。崔銘先先生曾對此作過較為詳盡的研究，認為曲阜孔廟有著很高的地位，曆代多有帝王親臨曲阜祭祀孔子。應當注意的是，“曲阜孔廟有兩座。一座是‘國廟’，但另外一座家廟卻不被人知曉”，曲阜的家廟“在現今的孔府東路中部”。與之不同的是，衢州孔氏家廟具有“雙重作用”。首先是從文化內涵上分析，這種雙重作用體現為兩個方麵：一方麵，“衢州孔氏家廟的興衰，是國家安定與否的象征”，另一方麵則“強烈地體現了孔子的主張”。其次是從功能上分析，衢州孔氏家廟不僅具有官廟性質，也就是說它是“封建統治者推崇孔子思想的物化象征”，而且具有家廟性質，即具有“家祭的作用”。此外，曲阜孔廟以官廟性質聞名於世，而衢州孔氏家廟則以“家廟”性質見稱於曆代典籍和碑記，“南宋禮部尚書趙汝騰稱之為南渡家廟，元代金華學者胡翰稱之為孔氏家廟，明代開化方豪稱之為衢州孔氏家廟，清代知府譚瑞東稱之為衢郡至聖家廟，現在則將之定名為孔氏南宗家廟”，“孔氏南宗家廟始終作為一種家廟建築在生存發展”。當然，孔氏南宗的發展也曾有過類似“衣冠祭儀，混同流俗”的坎坷曆程。衢州孔氏家廟與朝廷的興衰和南宗的命運息息相關，在一定程度上可以說是孔氏南宗曆史的見證者，“南北相比，南方的衢州孔氏家廟所表現的大起大落則更加突出地表現了曆代皇朝的興衰、動亂與安定”。
動亂之秋的扈蹕南渡、遠離故土之舉，賦予衢州孔氏家廟獨特的曆史文化內涵，“由春秋以來，傳序五十有三世，廟於魯者，禮也；舍魯而南者，宗子去國，以廟從焉，亦禮也”。無論是“宗子去國，以廟從焉”，還是“廟於魯者”，都是基於孔子的禮。家廟建築本身也合乎禮的精神，從“布局、配置乃至各個方麵均反映了儒家的禮治思想和宗法倫理道德的觀念”。衢州孔氏家廟不但“沿襲了曲阜家廟的慣例”，而且“一直保留著思魯閣，還懸掛起‘東南闕裏’、‘泗浙同源’等匾額，表達了強烈的思鄉之情。可見，它的內容遠比曲阜的孔氏家廟豐富”。建築規製、風格以及宗族活動諸方麵，充分折射出孔氏南宗家廟所體現的強烈的禮義精神，“衢之廟為博士子孫所世守，家法常存，式憑如在，與闕裏之堂南北並峙，四方觀禮而至止者，不啻溯洙泗而躋鳧嶧也”。
孔氏南宗家廟不僅是孔氏族人開展各項宗族活動的場所，而且一直是士人和民眾心目中的聖地。孔氏南宗家廟的建立與修葺、孔氏族人的所作所為以及孔氏南宗的繁榮發展，對浙西南地區具有廣泛而深遠的影響。同時，孔氏南宗也深受到浙西南地區政治、文化以及社會風俗的影響，自覺地融入當地社會和文化之中，由此形成較為鮮明的文化特色。揭示孔氏南宗與浙西南社會之間的互動關係，正是本書的重要立足點。
二、學術史的簡要回顧
無論就孔氏家族而言，還是就浙西南乃至江南社會而言，孔氏南宗都具有重要意義。因而，無論就儒家思想與傳統文化而言，還是就浙西南乃至江南地區社會文化的發展演變而言，對孔氏南宗進行係統而深入的研究都具有重要的理論意義、文化價值和現實意義。
有關孔氏南宗史料的挖掘、整理與研究工作，實際上早在南渡之後就已經開始。曆代衢州地方官員非常重視孔氏南宗有關文獻的搜羅與編刻，明代沈傑重新印刷孔傳《東家雜記》、編刻《三衢孔氏家廟誌》可謂其中的代表。地方士人也十分關注孔氏南宗的文獻整理，清道光年間（1821—1850），衢州人陳樸“因孔氏家廟棟宇傾圮，心焉傷之”，在“采史鑒及各家文集百餘種尊聖之言”的基礎上，輯成《孔氏家廟誌》二卷。民國年間，衢州宿儒徐映璞經過廣泛搜羅和認真考訂而寫成的《孔氏南宗考略》，較為詳盡地介紹了南渡以後孔氏南宗的世係、聖裔支派、衢州家廟、衢州家塾、廟塾曆代碑碣、孔氏南宗曆代名賢事跡等內容，影響極大。孔慶臣稱此書“於吾宗世係源流、典章文物，網羅賅備，折衷至當”。此外，曆代衢州地方誌也十分注重對孔氏南宗相關史實的考證與記載。所有這些工作，為後人研究孔氏南宗留下了極其珍貴的史料。