新中國成立以後，孔氏南宗一直受到政府和社會的關注和重視。20世紀80年代以來，對孔氏南宗的綜合開發和利用更引起衢州社會各界的高度關注，與此相對應的史料整理和研究工作也取得了較大突破，在孔氏南宗史料整理、重大史實考證、孔氏南宗家廟研究、孔氏南宗思想及其影響研究等方麵都取得了一定成果。
孔氏南宗史料的散佚現象相當嚴重，史料搜集和整理的難度由此可想而知。徐壽昌、崔銘先等先生在史料搜集和整理方麵做了大量卓有成效的工作，為進一步開展孔氏南宗的研究工作奠定了較為紮實的基礎。2001年，衢州市政協文史委將崔銘先校勘的《東家雜記》（孔傳撰）、《三衢孔氏家廟誌》（沈傑輯）、《孔氏南宗考略》（徐映璞撰）合編為一冊。2004年，崔銘先整理輯成、總共收錄七百多首詩的《孔氏南宗府藏詩》以及由崔銘先編輯、祝瑜英審定的《孔氏南宗家廟詩稿》由孔氏南宗家廟管委會內部刊印，孔子第七十五世嫡長孫孔祥楷先生認為《孔氏南宗府藏詩》的編印是“孔氏族人於曆史文化名城之貢獻”。2009年，由葉裕龍編輯、祝瑜英審定的《孔氏南宗家廟詩稿》第二輯也內部刊印。2004年，徐壽昌整理編輯的《孔氏南宗史料》（卷一至卷八）由孔氏南宗家廟管委會內部刊印，該史料集“按宋、元、明、清、民國的曆史順序，集錄了一百多部史書、典誌、史誌、家誌、別集中涉及衢州孔氏家廟的曆史資料，為南孔文化的研究由文獻收集轉向文本研究提供了堅實的基礎，也為深入研究南宗曆史開創了嶄新的領域”。之後，徐壽昌又從曆代史籍、藏書目錄、別集、譜牒等資料中輯錄有關史料，彙編成《孔氏南宗史料》（卷九至卷十六），並於2009年內部刊印。此外，徐壽昌還輯錄了孔氏南宗的其他相關史料，如，孔思模的《東家舉要》（部分）、《永康枙孔氏宗譜枛補遺》等。
在對孔氏南宗史料進行廣泛搜集與整理的同時，有關人士對孔氏南宗概貌及曆史活動也展開了多角度研究。徐壽昌圍繞孔氏南宗的一係列重大史實進行了考證性研究，“對《四庫全書》中宋代至清代的全部文獻，進行了‘拉網式’的研究，從中發現了不少被歲月湮沒了的珍貴資料”，就“孔氏大宗扈蹕南渡後的若幹有影響的問題進行考證，發表了7篇《孔氏南宗辨正》，達十萬餘字”，旁征博引，條分縷析，對“‘避難’還是‘扈蹕’”、“孔端友、孔玠、孔搢考”、“誰始寓衢州”、“從‘求孔子後’到‘疑所立’和‘議所立’”、“孔端友考”、“孔洙考”、“孔彥繩複爵的前前後後”等若幹重大問題進行了詳盡考證，使人們對孔氏南宗的認識更為全麵、更為深入。《衢州孔氏南宗家廟誌》（浙江人民出版社，2001年），“對目前所能見到的所有南孔文獻檔案，誌乘野史廣泛搜集，同時又注意吸取近年來我市南孔文化研究所取得的成果，並以科學的方法，將這些資料分門別類加以編排，使八百多年史料萃於一帙。從這一意義上講，《孔廟誌》有南孔文獻集大成之功”。徐建平等主編的《南孔文化》（浙江大學出版社，2004年），內容涉及孔氏南宗的淵源（南渡、讓爵、世係）、家規、祭孔禮儀以及與衢州教育的關係等方麵，具有較強的普及意義。
王霄冰的《南宗祭孔》（浙江人民出版社，2008年），在對孔氏南宗的重大史實和衢州孔廟祭孔進行考證的基礎上，認為曆史上南宗祭孔的價值主要在於其“正統性”、“地方性和民間性”，同時通過對“孔子與中華民族的文化記憶”、“儒家思想的當代價值”、“當代祭孔的曆史和現實意義”等問題的闡釋，分析了衢州當代祭孔的特色，並對南宗祭孔的進一步完善提出了建議，具有較強的理論價值與現實意義。喬衛平的《孔氏南北宗裔若幹世係考辨》（《孔子研究》，2009年第4期），對孔氏南宗與江南其他孔氏族係的關係、世係襲封的相關規定以及南北合宗前的世係爭議等問題作了相關考證，認為宋、金、元三朝存在四個衍聖公世係，承襲先後順序為“南宗、金代北宗、合宗後的孔思晦（孔元孝世係）、元代北宗”，這就為人們更清楚地認識宋、金、元三朝時期衍聖公襲封的曆史情形提供了一種新的思路。劉國慶的《孔氏南宗譜牒述略》（載《南孔研究》，中國戲劇出版社，2001年，第75—79頁），對孔氏南宗的譜牒修訂情況進行了梳理。此外，詹劍的《清末南宗孔府機構分析》、陳定謇的《孔氏賜居衢州一說》（載《南孔研究》，中國戲劇出版社2001年，第80—84頁，第73—74頁）等文章也涉及了相關內容。