孔氏南宗家廟作為孔氏南宗的重要物化象征，其建築風格及其文化內涵也引起了人們的關注。崔銘先的《衢州孔氏家廟及其文化內涵》（載編委會：《衢州孔氏南宗家廟誌》，浙江人民出版社2001年版，第214—228頁），揭示了衢州家廟的雙重作用以及深厚的文化內涵。柴福有、湯春山等的《衢州南宗孔府遺址發掘報告》（載《南孔研究》，第163—183頁），就地層關係、明代遺跡與遺物、清代遺跡與遺物等方麵內容，對1998年所進行的兩期考古發掘工作及成就作了總結。占劍的《衢州孔氏南宗嫡派和家廟》（《尋根》，2006年第4期），主要梳理了從南宋到清代的祭孔禮儀。李小寧的《孔氏南宗家廟廟製探析》（《文化史論》，2002年第1期），對曆代家廟的建築布局、規製及其與南宗子孫生活之間的關係作了詳細分析。莊月江的《孔氏南宗家廟奉祀官及其他》（載《南孔研究》，第51—58頁）、孔柳先的《孔裔南遷與孔氏南宗家廟》（載《南孔研究》，第59—72頁）、鄭艮安的《家廟、孔廟與“祭之以禮”》（載《南孔研究》，第154—157頁）、徐雪蓮的《孔氏南宗家廟現存文物的特點及意義（載《儒學研究》上，第142—148頁》）、周斌的《衢州南宗孔氏家廟》（《浙江檔案》，2009年第9期），分別在南宗奉祀官、家廟的修建、文物遺存與文化內涵等方麵進行了探討。
孔氏南宗詩禮傳家，族學相承，其思想文化隨著時代的變遷而不斷演進發展，並且通過政治、經濟和教育等方麵的活動，走向民間，走向社會，產生了積極的社會影響。崔銘先的《孔夫子的嫡長孫們》（浙江人民出版社，2009年），對孔子嫡長孫的事跡進行了係統梳理，重點在於描寫“衢州孔氏的經曆”，從各個側麵展示了孔氏南宗宗子和族人的忠君愛國、扈蹕南渡、教誨族眾、收宗敬族、為官盡責、化民成俗、為師盡心、傳道授業等事跡，既展現了孔子嫡長孫之性情誌趣，也在一定程度上揭示了孔氏南宗的文化精神和內涵。崔銘先的《孔氏南宗之作為及其影響》（載《儒學研究》下，第101—121頁），從忠君愛國、擔任學官、創辦學校、授業解惑、崇仁尚孝、克己律族等方麵闡述了孔氏南宗的作為，並從促進學術中心南移、弘揚孔子重義而不輕利思想、促進商業發展和文學藝術發展等方麵，揭示了孔氏南宗對南方社會文化發展的影響。陳定謇的《孔氏的遷徙和中國文化中心的轉移》（載《南孔研究》第1—8頁）、金召衛的《孔氏南宗對衢州教育的影響》（載《南孔研究》，第98—103頁）、鄢衛建的《孔氏南宗與衢州的刻書業》（載《南孔研究》，第142—145頁）、《南孔：一個值得尋味的文化符號》（《光明日報》2006年10月31日）、雷發雲的《儒學南漸中孔氏南宗的貢獻》（載《儒學研究》（上），第135—141頁）、何蔚萍的《南孔儒學對“長三角”的影響》（《小康》，2006年第5期）等文章分別對孔氏南宗及其影響進行了專題探討。
有些研究則在著力探討孔氏南宗對儒家思想的繼承與發展。徐壽昌的《孔氏南宗的教育思想與教育實踐》（載《南孔研究》，第104—120頁），闡述了孔氏南宗教育思想的演進，並在結合孔氏南宗教育實踐及浙西南地區儒學演進與教育發展的基礎上，充分肯定了孔氏南宗在“為儒學的南漸、北傳”、“為中華民族精神的鑄造”等方麵所做的積極貢獻。汪群的《孔氏南宗對孔子和諧思想的發展》（《台州學院學報》，2008年第1期），認為孔氏南宗繼承和發展了孔子修己安人、有教無類、禮讓治國等思想主張，對江南社會的和諧發展作出了重要貢獻。