9月2日。清廷詔準自1906年起廢科舉。本日，清廷沼準湖廣總督張之洞、直隸總督袁世凱請廢科舉以推廣學校的上奏，下令自1906年起廢科舉，興學校，將育人取材合於學校一途。至此，中國曆史上延續了1300多年的科舉製度最終廢除了。清廷在廢科舉的諭旨中說：“三代以前，選士皆由學校，而得人極盛，實我中國興賢育才之隆軌，即東西洋各國富強之效，亦無不本於學堂。方今時局多艱，儲才為急，朝廷以近日科舉，每習空文，屢降明詔，飭令各省督撫廣設學堂，將俾全國之人，鹹趨實學，以便任使，用意至為深厚。前因管學大臣等議奏，已準將鄉會試中額，分三科遞減。茲據該督等奏稱，科舉不停，民間相率觀望，欲推廣學堂，必先停科舉等語，所陳不無為見。著即自丙午科為始，所有鄉會試一律停止，各省歲科考試，亦即停止，其以前之舉貢生員，分別量予出路，及其餘各條，均著照所請辦理。總之，學堂本古學校之製，其獎勵出身，又與科舉無異。曆次定章，原以修身讀經為本，各門科學，尤皆切於實用。是在官紳申明宗旨，聞風興起，多建學堂，普及教育，國家既獲樹人之益，即地方亦有光榮。經此次諭旨後，著學務大臣迅速頒發各種教科書，以定指歸而宏造就。並著責成各該督撫，實力通籌，嚴飭府廳州縣，趕緊於城鄉各處，遍設蒙小學堂，慎擇師資，廣開民智，其各認真舉辦，隨時考察，不得敷衍瞻徇，致滋流弊，務期進德修業，體用兼賅，共副朝廷勸學作人之至意。”
拒約會領導人馬達臣等3人在廣州被捕。先是，美國總統羅斯福的女兒艾麗斯與美國國防部部長塔夫脫等人要來中國遊曆，他們進入中國的第一站就是廣州，將於近日到達。官方整頓市容，準備迎接，而廣州市民則在街上張貼不歡迎的標語。兩廣總督岑春煊張貼告示，令撕去一切張貼，調查張貼者，嚴行懲辦。美駐廣州領事照會岑春煊，說拒約會鼓勵人民張貼標語，讓岑春煊查辦。本日，岑春煊命廣州知府和南海、番禺兩縣令，乘抵製美國華工禁約的拒約會開會之機，將其領導人馬達臣、潘明信、夏重民逮捕。
9月3日。周馥奏準江北提督管理魯、皖兩省邊界處捕務。江北幅員遼闊，中屬安徽轄境，北接微山湖係山東轄境，一直是鹽梟盜匪出沒之區。向來兩省捕務不相關照，以致匪類此拿彼竄。因此兩江總督周馥奏請以後凡安徽、山東兩省邊界相連江北各州縣的緝捕重要事件，由江北提督就近管理。清廷批準。
宋教仁在東京將《二十世紀之支那》雜誌社的財產、印信等移交給同盟會接收代表黃興，孫中山出席監收。
美國總統羅斯福之女艾麗斯乘船抵達廣州，隨行者有美國國防部長塔夫脫及議員30多人。
9月4日。清廷任命劉式訓為出使法國大臣，周榮曜為出使比國大臣，黃誥為出使意大利大臣。
清廷將奉天府府丞兼學政改為東三省學政，奉天府府丞一缺被裁撤。奉天府府尹兼巡撫一缺，也被裁撤，所有府尹原管事務，均由趙爾巽認真管理。
9月5日。日俄兩國在美國簽訂《樸次茅斯條約》。俄國被迫將中國旅順、大連的租借權，長春至大連間的南滿鐵路及租借地，連同鐵路沿線的一切權利讓與日本，而保留自己在中國東北北部的權利。這是一個背著中國政府而簽訂的分贓條約。從此，日、俄就以長春為界，分割了中國東北三省，形成了南滿北滿對峙的局麵。
日本駐華公使內田康哉拜見總理外務部慶親王奕，告以日俄和議成立情形，又轉述日本對於滿洲善後問題之意。
9月6日。清廷飭令會議藏約大臣唐紹儀回京。
9月7日。兩江總督周馥命蘇州、江寧兩地各撥銀3000兩救濟上海遭受風暴潮水災的難民。
9月8日。孫中山派馮自由、李自重到廣州、香港、澳門等地聯絡同誌及主持同盟會接收會員與籌建同盟會支部分會。不久，把香港興中會改組為同盟會分會，陳少白任會長。
曾鑄致書美商，指責美使脅迫清廷壓迫拒約風潮，要求美國修改條約。
上海寰球學生會召開大會討論抵製美華工禁約問題。
著名藝人汪笑儂為抵製美華工禁約，上演新編劇目《苦旅人》。
9月9日。中英在漢口簽訂《香港政府粵漢鐵路借款合同》。參加簽訂人員，中方為湖廣總督部堂張之洞；英方是漢口英領事。上月清廷從美國手中贖回粵漢鐵路，這次又向香港英政府借款修築，由香港政府借與湖北、湖南、廣東3省共110萬英鎊。全文共10條。
上海士紳集議，選舉董事創辦地方自治，為全國首次舉辦地方自治之創例。
9月11日。清廷任命長庚為伊犁將軍。
江寧布政使黃建、江蘇布政使效曾緣事解任。
清廷下令各省學政專司考校學堂事務，以後學政事宜統歸學務大臣考核，不再隸屬禮部。
清廷以汪大燮為出使英國大臣。
駐京日俄兩國公使照會清外務部：日俄和約簽押，兩國準將東三省境內兵隊定期撤退，地方權利交還中國。
台北市電燈用戶大增。此前，1888年台北首設電汽燈，巡撫衙門、布政衙門、機器局等有照明設備。1897年3月曾設台北電燈公司，但第二年2月即解散。直至本日，台北電燈才全麵點亮，大放光明。