紅樹林鳥類自然保護區位於深圳灣北東岸深圳河口，麵積為368公頃，是我國唯一位於市區、麵積最小的自然保護區，也被國外生態專家稱為“袖珍型的保護區”。每年有白琴鷺、黑嘴鷗、小青腳鷸等189種，上10萬隻候鳥南遷於此歇腳或過冬。保護區內除紅樹林植物群落外，還有其他55種植物，千姿百態。它是深圳市區內的一條綠色長廊，背靠美麗寬廣的濱海大道，與濱海生態公園連城一體，麵向碧波蕩漾的深圳灣，不僅是鳥類棲息嬉戲的天堂、植物的王國，也是人們踏青、賞鳥、觀海、體驗自然風情的好去處。天然紅樹林1984年，深圳福田紅樹林保護區正式創建，當時的總麵積為304公頃。隻有一條老路通到這裏，當地的漁民在這裏利用沿襲下來的基圍魚塘養魚，然後就是大片大片的天然紅樹林、果園和其他天然林。1986年，世界野生生物（國際）基金會主席、英女王的丈夫菲利普親王，在英女王訪華時，特意南下深圳，登上紅樹林的觀鳥亭，飽覽深圳灣濕地風光。丹麥野生生物基金會主席、丹麥女王的丈夫亨裏克親王也曾於1989年，興致勃勃地到此觀鳥，並將紅樹林稱為“綠色明珠”。
深圳紅樹林可以說是盛名遠播，現在來深圳的海內外遊客，都要去海濱生態公園看看沿海岸逶迤的紅樹林、在此越冬的數萬隻水鳥翔集的壯觀場麵。紅樹林與香港米埔自然保護區一水相隔，共同構成了具有國際意義的深圳灣濕地生態係統，也成為深港邊界上最具特色的風景線。
廣東珠海紅樹林：主要分布於淇澳島、橫琴島和紅旗西堤、磨刀門和雞啼門水道出海口附近堤岸，其中，位於淇澳島西北部大圍灣的淇澳紅樹林保護區麵積最大，是目前該市保存最完整、最集中連片的林分，樹高4～6米。它不僅是珠海市的珍稀資源，也是珠江三角洲不可多得的一片紅樹林濕地，同時是全國少有的緊靠大城市的紅樹林區之一。
海南東寨港國家級紅樹林自然保護區位於海南省文昌市鋪前鎮約6千米長的沿海岸線上，67多公頃的紅樹林區已全麵挖塘養殖，近半數的紅樹林遭受嚴重破壞。海南東寨港國家級紅樹林自然保護區，總麵積約3300多公頃，有林麵積2000多公頃，列入《世界濕地名錄》。但從1993年以來，不斷有群眾進入保護區砍紅樹、挖塘搞養殖，大片大片的紅樹林區成為荒蕪的水泥塘。
海南東寨港紅樹林廣東湛江紅樹林國家級自然保護區位於廣東省湛江市境內，麵積19萬公頃，1990年經廣東省人民政府批準建立，1997年晉升為國家級自然保護區，核心保護區高橋紅樹林保護區為中國最大的紅樹林連片生長基地，主要保護對象為紅樹林生態係統。該區地處雷州半島，受熱帶海洋氣候的影響，沿海灘塗上分布著較大麵積的紅樹林植被，其中紅樹植物有12科、16屬、17種，是除海南島外我國紅樹植物種類最多的地區。此外，保護區內擁有數量和種類眾多的鶴類、鸛類、鷺類等水禽及其他濕地動物，據初步統計，僅鳥類就有82種，其中留鳥38種、候鳥44種。湛江紅樹林保護區作為我國現存紅樹林麵積最大的一個自然保護區，在控製海岸侵蝕、保持水土和保護生物多樣性等方麵發揮著越來越重要的作用。