耀斑爆發時，會發出大量的高能粒子以及大量輻射，當那些高能粒子到達地球軌道附近時，對一些宇宙飛行器內的宇航員和儀器的安全就會產生嚴重的危害；當耀斑輻射來到地球附近時，由於與大氣分子發生劇烈碰撞，破壞了電離層，使電離層無法再反射無線電電波。那些靠無線電短波通信的電視台、電台廣播就會受到幹擾甚至中斷；耀斑發射的高能帶電粒子流與地球高層大氣作用還會產生極光，它幹擾地球磁場從而引起磁暴。
此外，耀斑還從各個方麵對氣象和水文等方麵也有著不同程度的影響。
下麵我們從一個事例了解耀斑的影響，據說在第二次世界大戰時，有一天，德國前線戰事不理想，後方德軍司令部報務員布魯克正在繁忙地操縱無線電台，傳達命令。突然，耳機裏的聲音沒有了。他反複檢查機器、不停地撥動著按鈕，想盡一切辦法都無濟於事。結果，前線後方失去聯係，一切都陷入一片混亂，這次戰役以德國失敗而告終。而布魯克雖然覺得自己很冤，但也無法明白其中的原因，因此被軍事法庭判處死刑。後來人們發現這次無線電中斷的“罪魁禍首”其實是耀斑。
耀斑的影響是極大的，正因為如此，人們對耀斑爆發的探測和預報十分關切，對耀斑的觀測也成了天文學研究中的一個重要任務。