第十七條國務院環境保護部門會同國務院水利管理部門和有關省級人民政府，可以根據國家確定的重要江河流域水體的使用功能以及有關地區的經濟、技術條件，確定該重要江河流域的省界水體適用的水環境質量標準，報國務院批準後施行。
第十八條國家確定的重要江河流域的水資源保護工作機構，負責監測其所在流域的省界水體的水環境質量狀況，並將監測結果及時報國務院環境保護部門和國務院水利管理部門；有經國務院批準成立的流域水資源保護領導機構的，應當將監測結果及時報告流域水資源保護領導機構。
第十九條城市汙水應當進行集中處理。
國務院有關部門和地方各級人民政府必須把保護城市水源和防治城市水汙染納入城市建設規劃，建設和完善城市排水管網，有計劃地建設城市汙水集中處理設施，加強城市水環境的綜合整治。
城市汙水集中處理設施按照國家規定向排汙者提供汙水處理的有償服務，收取汙水處理費用，以保證汙水集中處理設施的正常運行。向城市汙水集中處理設施排放汙水、繳納汙水處理費用的，不再繳納排汙費。收取的汙水處理費用必須用於城市汙水集中處理設施的建設和運行，不得挪作他用。
城市汙水集中處理設施的汙水處理收費、管理以及使用的具體辦法，由國務院規定。
第二十條省級以上人民政府可以依法劃定生活飲用水地表水源保護區。生活飲用水地表水源保護區分為一級保護區和其他等級保護區。在生活飲用水地表水源取水口附近可以劃定一定的水域和陸域為一級保護區。在生活飲用水地表水源一級保護區外，可以劃定一定的水域和陸域為其他等級保護區。各級保護區應當有明確的地理界線。
禁止向生活飲用水地表水源一級保護區的水體排放汙水。
禁止在生活飲用水地表水源一級保護區內從事旅遊、遊泳和其他可能汙染生活飲用水水體的活動。
禁止在生活飲用水地表水源一級保護區內新建、擴建與供水設施和保護水源無關的建設項目。
在生活飲用水地表水源一級保護區內已設置的排汙口，由縣級以上人民政府按照國務院規定的權限責令限期拆除或者限期治理。
對生活飲用水地下水源應當加強保護。對生活飲用水水源保護的具體辦法由國務院規定。
第二十一條在生活飲用水源受到嚴重汙染，威脅供水安全等緊急情況下，環境保護部門應當報經同級人民政府批準，采取強製性的應急措施，包括責令有關企業事業單位減少或者停止排放汙染物。
第二十二條企業應當采用原材料利用效率高、汙染物排放量少的清潔生產工藝，並加強管理，減少水汙染物的產生。
國家對嚴重汙染水環境的落後生產工藝和嚴重汙染水環境的落後設備實行淘汰製度。
國務院經濟綜合主管部門會同國務院有關部門公布限期禁止采用的嚴重汙染水環境的工藝名錄和限期禁止生產、禁止銷售、禁止進口、禁止使用的嚴重汙染水環境的設備名錄。
生產者、銷售者、進口者或者使用者必須在國務院經濟綜合主管部門會同國務院有關部門規定的期限內分別停止生產、銷售、進口或者使用列入前款規定的名錄中的設備。生產工藝的采用者必須在國務院經濟綜合主管部門會同國務院有關部門規定的期限內停止采用列入前款規定的名錄中的工藝。
依照前兩款規定被淘汰的設備，不得轉讓給他人使用。
第二十三條國家禁止新建無水汙染防治措施的小型化學製紙漿、印染、染料、製革、電鍍、煉油、農藥以及其他嚴重汙染水環境的企業。
第二十四條對造成水體嚴重汙染的排汙單位，限期治理。
中央或者省、自治區、直轄市人民政府直接管轄的企業事業單位的限期治理，由省、自治區、直轄市人民政府的環境保護部門提出意見，報同級人民政府決定。市、縣或者市、縣以下人民政府管轄的企業事業單位的限期治理，由市、縣人民政府的環境保護部門提出意見，報同級人民政府決定。排汙單位應當如期完成治理任務。
第二十五條各級人民政府的環境保護部門和有關的監督管理部門，有權對管轄範圍內的排汙單位進行現場檢查，被檢查的單位必須如實反映情況，提供必要的資料。檢查機關有責任為被檢查的單位保守技術秘密和業務秘密。
第二十六條跨行政區域的水汙染糾紛，由有關地方人民政府協商解決，或者由其共同的上級人民政府協調解決。
四防止地表水汙染
第二十七條在生活飲用水源地、風景名勝區水體、重要漁業水體和其他有特殊經濟文化價值的水體的保護區內，不得新建排汙口。在保護區附近新建排汙口，必須保證保護區水體不受汙染。
本法公布前已有的排汙口，排放汙染物超過國家或者地方標準的，應當治理；危害飲用水源的排汙口，應當搬遷。