第五條國務院環境保護部門主管全國海洋環境保護工作。
國家海洋管理部門負責組織海洋環境的調查、監測、監視，開展科學研究，並主管防止海洋石油勘探開發和海洋傾廢汙染損害的環境保護工作。
中華人民共和國港務監督負責船舶排汙的監督和調查處理，以及港區水域的監視，並主管防止船舶汙染損害的環境保護工作。
國家漁政漁港監督管理機構負責漁港船舶排汙的監督和漁業港區水域的監視。
軍隊環境保護部門負責軍用船舶排汙的監督和軍港水域的監視。
沿海省、自治區、直轄市環境保護部門負責組織協調、監督檢查本行政區域的海洋環境保護工作，並主管防止海岸工程和陸源汙染物汙染損害的環境保護工作。
二防止海岸工程對海洋環境的汙染損害
第六條海岸工程建設項目的主管單位，必須在編報計劃任務書前，對海洋環境進行科學調查，根據自然條件和社會條件，合理選址，並按照國家有關規定，編報環境影響報告書。
第七條建造港口、油碼頭，興建入海河口水利和潮汐發電工程，必須采取措施，保護水產資源。在魚蟹回遊通道築壩，要建造相應的過魚設施。
第八條港口和油碼頭應當設置殘油、廢油、含油汙水和廢棄物的接收和處理設施，配備必要的防汙器材和監視、報警裝置。
第九條海塗的開發利用應當全麵規劃，加強管理。對圍海造地或其他圍海工程，以及采挖砂石，應當嚴格控製。確需進行的，必須在調查研究和經濟效果對比的基礎上，提出工程的環境影響報告書，報省、自治區、直轄市環境保護部門審批，大型圍海工程並須報國務院環境保護部門審批。
禁止毀壞海岸防護林、風景林、風景石和紅樹林、珊瑚礁。
三防止海洋石油勘探開發對海洋環境的汙染損害
第十條開發海洋石油的企業或其主管單位，在編報計劃任務書前，應當提出海洋環境影響報告書，包括防止汙染損害海洋環境的有效措施，並報國務院環境保護部門審批。
第十一條海洋石油勘探和其他海上活動需要爆破作業時，應當采取有效措施，保護漁業資源。
第十二條對勘探開發過程中使用的油料，應當加強管理，防止發生漏油事故。殘油、廢油應當予以回收，不準排放入海。
第十三條海洋石油鑽井船、鑽井平台和采油平台的含油汙水和油性混合物，不得直接排放；經回收處理後排放的，其含油量不得超過國家規定的標準。
第十四條海洋石油鑽井船、鑽井平台和采油平台不得向海域處置含油的工業垃圾。處置其他工業垃圾不得對漁業水域、航道造成汙染損害。
第十五條海上試油時，油和油性混合物不得排放入海，並應當確保油氣充分燃燒，防止汙染海洋。
第十六條海上輸油管線，儲油設施，應當符合防滲、防漏、防腐蝕的要求，經常保持良好狀態，防止漏油事故。
第十七條勘探開發海洋石油，必須配備相應的防汙設施和器材，采取有效的技術措施，防止井噴和漏油事故的發生。
發生井噴、漏油事故的，應當立即向國家海洋管理部門報告，並采取有效措施，控製和消除油汙染，接受國家海洋管理部門的調查處理。
四防止陸源汙染物對海洋環境的汙染損害
第十八條沿海單位向海域排放有害物質，必須嚴格執行國家或省、自治區、直轄市人民政府頒布的排放標準和有關規定。
在海上自然保護區、水產養殖場、海濱風景遊覽區內，不得新建排汙口。本法公布前已有的排汙口排放汙染物不符合國家排放標準的，應當限期治理。
第十九條含強放射性物質的廢水，禁止向海域排放。
含弱放射性物質的廢水，確需向海域排放的，必須執行國家放射防護的規定和標準。
第二十條含傳染病原體的醫療汙水和工業廢水，必須經過處理和嚴格消毒，消滅病原體後，方能排入海域。
第二十一條含有機物和營養物質的工業廢水、生活汙水，應當控製向海灣、半封閉海及其他自淨能力較差的海域排放，防止海水富營養化。
第二十二條向海域排放含熱廢水，應當采取措施，保證鄰近的漁業水域的水溫符合國家水質標準，避免熱汙染對水產資源的危害。
第二十三條沿海農田施用化學農藥，應當執行國家農藥安全使用的規定和標準。
第二十四條任何單位不經沿海省、自治區、直轄市環境保護部門批準，不得在岸灘棄置、堆放尾礦、礦渣、煤灰渣、垃圾和其他廢棄物。依法被批準在岸灘設置廢棄物堆放場和處理場的，應當建造防護堤，防止廢棄物流失入海。
第二十五條沿海省、自治區、直轄市環境保護部門和水係管理部門，應當加強入海河流的管理，防治汙染，使入海河口處的水質處於良好狀態。
五防止船舶對海洋環境的汙染損害
第二十六條在中華人民共和國管轄海域，禁止任何船舶違反本法規定排放油類、油性混合物、廢棄物和其他有害物質。