（5）結核杆菌：水中結核杆菌主要來自醫院或療養院排放的汙水。牛欄汙水和肉類加工廠汙水中還可經常檢出牛結核分枝杆菌，此菌也能使人致病。
鉤端螺旋體
鉤端螺旋體存在於已受感染的動物如豬、馬、牛、狗、鼠的尿液內，可以水為媒介，通過破損的皮膚或黏膜侵入人體，引起出血性鉤端螺旋體病。病原性鉤端螺旋體對外界環境因素的抵抗力較一般細菌要弱。
病毒
病毒存在於人的腸道，並通過糞便汙染水體的主要病毒有：脊髓灰質炎病毒、柯薩奇病毒和人腸細胞病變孤兒病毒等腸道病毒，以及腺病毒、呼腸孤病毒和肝炎病毒等。
對於病毒性傳染病的水型暴發流行，研究較多的是傳染性肝炎。流行病學調查證明，在世界各地傳播的傳染性肝炎，主要是水體受汙染引起的。
脊髓灰質炎也可通過飲用水傳播，但主要是接觸傳播。糞便中的柯薩奇病毒和人腸細胞病變孤兒病毒汙染水體侵入人體後，可在咽部和腸道黏膜細胞內繁殖，進入血液形成病毒血症，引起脊髓灰質炎、無菌性腦膜炎、出疹性發熱病、急性心肌炎和心包炎、流行性肌痛、上呼吸道感染、皰疹性咽峽炎和嬰兒腹瀉等。遊泳後發生的咽喉炎和結膜炎多由腺病毒所引起。
寄生蟲
通過汙染的水體和土壤以及中間宿主等途徑傳播的寄生蟲，主要有以下幾種：
（1）溶組織阿米巴：是阿米巴痢疾的病原體，又稱痢疾變形蟲。它在人體內可呈現三種形態，即小滋養體、大滋養體和包囊。滋養體自人體排出後，很快死亡，而包囊對外界抵抗力很強。飲用水主要依靠絮凝、沉澱和過濾等處理過程除去包囊。阿米巴痢疾的主要傳播途徑是含有包囊的糞便汙染的食物和飲用水。
（2）麥地那龍線蟲：寄生於人及犬、馬、牛、猴等動物的內髒和皮下組織中。其幼蟲自人和其他動物體排出進入水體後，可被中間宿主——劍水蚤吞食，在劍水蚤內發育、蛻皮。被人誤食後，幼蟲就從劍水蚤體逸出，鑽入人的腸壁，引起惡心、嘔吐、腹瀉、呼吸困難、眩暈和蕁麻疹等症狀。
（3）蘭伯氏賈第蟲：是一種有鞭毛的腸道原蟲，經口腔進入人體後，可引起慢性腹瀉、腹痛、腹脹、疲乏等症狀，但症狀不明顯。
（4）血吸蟲：血吸蟲卵隨病人糞便排入水體，在適宜的條件下生存數小時後，蟲卵中的毛蚴即可破卵而出，然後鑽入釘螺體內生成尾蚴。尾蚴能鑽入人體皮膚或黏膜，引起感染。血吸蟲病目前仍然是一種流行較廣的寄生蟲病。
（5）其他寄生蟲：腸道寄生蟲如鉤蟲、蛔蟲、鞭蟲、薑片蟲、蟯蟲、豬肉絛蟲、牛肉絛蟲、短膜殼絛蟲、細粒棘球絛蟲等的蟲卵，能通過糞便汙染土壤、水體、食物等，進入人體可引起相應的疾病。
昆蟲
有一些在其生活史的某一階段生活在水中的昆蟲，可以通過水體傳染疾病。這類昆蟲主要有：
（1）蚊蟲：蚊蟲的卵必須在水中才能孵化成孑孓。在受到生活汙水汙染而又靜止不動的水體中，特別容易孳生蚊蟲。由蚊蟲傳播的瘧疾目前仍然是一種流行較廣的疾病。
（2）蚋：蚋的卵生於水中，附著於水草石頭或沉於水底。卵在水中發育為幼蟲、蛹，然後變為成蟲。蚋除了叮咬和騷擾人畜外，還傳播蟠尾絲蟲病。
（3）舌蠅：生活周期與水有密切聯係，是傳播岡比錐蟲的中間寄主。
其他生物
有些生物雖然不能直接影響人體健康，但是可以改變水的感官性狀，惡化水質。例如使水質產生異臭、異味，或妨礙水的處理和分配。這些生物包括軟體動物、櫛蝦、線蟲和藻類等。
防治水體生物汙染的主要措施有：
（1）加強汙水的處理。主要是加強醫院、畜牧場、屠宰場、禽蛋廠等部門的汙水處理。這類汙水隻有達到安全排放標準後才允許排放。
（2）加強對飲用水的處理。保證所供給的生活飲用水符合水質標準。對農村分散式給水，通過煮沸或加漂白粉等方式殺滅水中的病原體。