如果食品被寄生蟲或寄生蟲卵汙染，人食用後則可引起相應的寄生蟲病，如絛蟲病、腦囊蟲病、腦包蟲病、華支睾吸蟲病（又稱肝吸蟲病）、蛔蟲病等。汙染源主要是病人、病畜和水生物。汙染物一般是通過病人或病畜的糞便汙染水源或土壤，然後再使家畜、魚類和蔬菜受到感染或汙染。
真菌廣泛分布於自然界。受真菌汙染的農作物、空氣、土壤和容器等都可使食品受到汙染。部分真菌菌株在適宜條件下，能產生有毒代謝產物，即真菌毒素，對人畜都有很強的毒性。一次大量攝入被真菌及其毒素汙染的食品，會造成食物中毒；長期、小量攝入受汙染的食品也會引起慢性病或癌症。如黃曲黴毒素不僅具有很強的肝髒毒性，導致急慢性肝中毒，甚至導致死亡，而且還具有很強的致癌性，可引起肝癌、胃癌、腎癌、結腸癌、乳腺癌等癌症。黃曲黴毒素是黃曲黴菌產生的活性物質。黃曲黴菌是真菌的一種，普遍存在於空氣和土壤中，在有氧、溫度較高和潮濕的條件下容易生長，易在花生、玉米、大米、小麥、大麥、棉籽和大豆等農產品上生長發黴。黃曲黴素對食品原料和成品的汙染很普遍，我國南方地區、印度、美國和一些東南亞國家的糧產品中黃曲黴毒素汙染率均較高。黃曲黴毒素的急性毒性主要是對肝髒造成損害，造成肝細胞變性，脂肪浸潤、膽管增生等。黃曲黴毒素不僅引起家禽、魚類、家畜和其他動物的肝癌等腫瘤，流行病學調查發現在糧油、食品受黃曲黴毒素汙染嚴重的地區，人類肝癌發病率也較高。國際癌症研究所將黃曲黴毒素確定為一級人類致癌物。
食用被黃曲黴毒素汙染嚴重的食品後可出現發熱、腹痛、嘔吐、食欲減退，嚴重者在2-3周內出現肝脾腫大、肝區疼痛、皮膚黏膜黃染、腹水、下肢浮腫及肝功能異常等中毒性肝病的表現，也可能出現心髒擴大、肺水腫，甚至痙攣、昏迷等症。
早在公元前1世紀就有因食用黴變的穀物引起某些疾病，導致孕婦流產、畸胎的記載。黴變的飼料可使家畜的生長減緩，出現畸胎或死亡。20世紀60年代，英國一家農場10萬隻火雞食用黴變的花生粉後，相繼在幾個月內死亡，研究人員發現有些真菌毒素不僅具有很強的毒性，而且也是重要的致癌物質。
糧食和各種食品的貯存條件不良，容易孳生各種倉儲害蟲。例如糧食中的甲蟲類、蛾類和蟎類；魚、肉、醬或鹹菜中的蠅蛆以及鹹魚中的幹酪蠅幼蟲等。棗、栗、餅幹和點心等含糖較多的食品特別容易受到侵害。昆蟲汙染可使大量食品遭到破壞，食用了這些受昆蟲汙染的食品也可能對人體健康造成危害。
2.食品中化肥汙染與人體健康
在農業生產中，由於近幾年大量長期地亂施化肥造成了農業環境的汙染，進而給食品帶來了汙染。在蔬菜種植中，施用過量的氮肥，再加上蔬菜是富集硝酸鹽的植物性食物，從而對葉菜類蔬菜含硝酸鹽影響最大。人類攝入硝酸鹽約有80%-90%來自蔬菜，雖然蔬菜中的硝酸鹽對人體無害，但它極易還原成亞硝酸鹽，導致癌症發生。世界衛生組織和聯合國糧農組織在1993年就規定硝酸鹽的日允許攝入量為0.36毫克/千克（體重），亞硝酸鹽的日允許攝入量為0.13毫克/千克（體重）。從一次測定結果來看，有些蔬菜（葉菜類）硝酸鹽含量已經超標，大多數蔬菜的亞硝酸鹽含量尚未超標，但醃製的芥菜已明顯超標，對人類的身體健康存在著一種潛在威脅，應引起人們的高度重視。
被硝酸鹽汙染的蔬菜對人體的影響主要有以下兩方麵：一是硝酸鹽含量高可能會引起高鐵血紅蛋白症；二是硝酸鹽、亞硝酸鹽是強致癌物質亞硝酸胺的前體，可誘發消化係統癌變。