炭疽病的病原菌已經找到，並且又培養成功。但科赫還是不放心，更不打算公開發表，他覺得還應該再做進一步的探索。
這次，科赫用少量培養出來的炭疽菌，注入到小白鼠的尾內。同時，又用一些炭疽菌放在新的培養液裏，作對比性的觀察。
次日，經檢查發現小白鼠全部死亡。而放在培養液裏的炭疽菌卻一如既往，像一把黑芝麻一樣撒在培養液裏。
這種實驗對科赫來說，已是司空見慣的工作，他樂於做這種反複的觀察。當然，這也是為了觀察得更透徹。
也是一個偶然的念頭，科赫把最早培養出來的炭疽菌再做一次觀察。當他剛剛接觸顯微鏡時，不禁驚異地大聲說道：
“喲，這是怎麼回事？！”
原來，每次所見到的小棒狀物幾乎完全消失，顯微鏡所見之處，都是成串珠似的東西。
好事多磨，科赫的研究工作又碰上了一道難關。看來，科赫的謹慎還是很有必要的。
一天，科赫的朋友文略邀他到森林裏去打獵，途中發現一隻死野豬，看上去極像患炭疽病的模樣。
集中精力於研究工作的科赫，馬上拋棄了打獵的興趣，就在現場用小刀對野豬做了解剖，果然血液發黑，脾髒腫大。科赫用小瓶取了些黑血，告別了朋友，急匆匆地趕回到家中。用顯微鏡一檢查，血液中沒有小棒狀物，所見都是前些天從培養液中看到的那種成串珠式的小東西。
“這……這也許是在變化著的炭疽菌吧？”
明明都是炭疽菌的病原體，為什麼有時是小棒狀物，有時是線狀，有時又成串珠呢？
科赫百思不解，背著手，在他那狹小的實驗室裏不停地踱來踱去。刹那間，科赫腦海中想起一件事：以前有人傳說，就在那個森林中，曾有人放牧，在幾個小時後，竟有許多牛羊患了炭疽病而死亡了。
“為什麼？難道炭疽病會因地區不同而流行？難道炭疽病也會因與其他微生物混合而不繁殖？……不，不，啊，也許……”
盡管科赫認真考慮這個奇怪的現象，可是仍找不出一個可靠的理論根據。
當科赫讀了法國科學家巴斯德對葡萄酒發酵問題的研究報告後，他得到了新的啟發。
“是呀，炭疽菌也很可能是因生存條件不好，變為孢子而等待時機。”
思路打開了，下一步的方案也就有了。
科赫仍是雙管齊下。首先，從培養基裏取出小串珠物體，注射到小白鼠的尾部，以觀察反應；同時，他在塗片上滴入透明液，加入小串珠物體，加溫，用以從顯微鏡中觀察變化。
科赫從觀察中發現，那些小串珠物體在分裂，分裂成一個個小黑顆粒，慢慢地從小顆粒變成小棒狀物。
科赫實在太累了，伸了伸懶腰，他自言自語地說：
“……，總算明白了！”
再看昨天注射的小白鼠，已經死掉。解剖觀察，血液變黑，脾髒腫大。
他明白這隻能說是剛剛知道了現象。作為科學研究工作，還必須在反複實驗中，觀察、分析、推理、再觀察。
終於醞釀成熟了，於是，科赫在自己的實驗報告中寫道：
“在尋找傳染病的病原菌時，應該注意：第一，同一種微生物，會因條件、環境不同而變換它的形狀；第二，必須把這種微生物進行人工培養，以觀察它的生長變化和用於實驗；第三，必須用培養物在動物身上進行試驗，以確證是否能引起疾病發生。”並詳細地介紹了實驗的方法。在最末部分裏又具體提出：
“炭疽病在活著的動物體內是以小棒狀物存在。在動物死後或離開動物身體時，由於客觀條件惡化，它以小串珠子形式的孢子存在；至於在野外，它是以小得眼睛看不見的串珠形式散在各個角落。當它再進入動物體內時，馬上恢複成小棒形狀開始迅速繁殖，進而破壞血液。”
科赫充滿信心地將實驗研究報告送給當時著名的利學家費迪南博土。
在費迪南博士的支持下，1875年4月30日，科赫在知名的病理學家康海姆教授等科學家麵前，舉行了公開試驗。
1881年，法國的一位科學家巴斯德製備出了減毒炭疽疫，用牛羊試驗證明效力甚好。從此號稱惡魔的炭疽病被攻克。
科赫的研究，揭開了多少年來不能理解的謎，為人類探索炭疽菌的發生和發展，做出了貢獻。不僅如此，他與巴斯德又同是微生物學的主要奠基人，他所創立的感染疾病的幾條證據，被醫學界稱為“科赫原則”，至今仍廣泛應用。