灘地的不斷擴大，是湖泊不斷淤積的結果。因此，采取多種途徑，大力開展湖泊流域的綜合治理，減少泥沙淤積，是延長湖泊使用壽命、製止圍墾的重要措施。如果隻強調製止湖泊灘地圍墾，而每年仍有大量泥沙沉積於湖內，那麼圍墾雖可製止，灘地卻日漸增多，這樣湖泊同樣會失去調蓄洪水和增殖水產的效益。因此，對湖泊灘地實行合理圍墾與開展湖泊流域的綜合治理，這是保護湖泊、充分發揮湖泊作用的兩項不可分割而又緊密配合的措施。
2.防止汙染，提高水資源的利用率。湖泊中蓄積的淡水是工農業生產以及居民生活用水的重要水源之一，隨著生產的不斷發展，對淡水的社會需要量會日益增加，如建設一個100萬千瓦的大型火力發電站，每天所需要的循環冷卻水量就達340萬立方米。現在，火力發電廠、化工廠等廠礦企業有不少是建立在湖濱，以湖水作為水源的。中國淡水湖泊的水質目前仍保持著礦化度低、硬度小和溶解氧豐富等良好的水質條件，能適宜工農業給水和生活飲水的需要，但是如果處置不當，將含有有害物質的工業廢水、廢渣傾注於湖中，或受農藥汙染的灌溉尾水泄入湖內，就有可能造成湖泊汙染，從而失去寶貴的淡水資源，危及湖泊生態，破壞水產資源，並影響廣大群眾的身體健康。
現在，有些淡水湖泊已出現不同程度的汙染。例如江蘇的洪澤湖，每天接納來自上遊城鎮約60餘萬噸工業廢水和生活汙水，1976年～1977年對局部水域進行的檢測表明，酚的檢出範圍為0.002～0.009毫克／升，檢出率為2.0％～33.3％；汞為0.001～0.003毫克／升，檢出率為14.0％～87.5％。酚和汞的含量均已超過國家規定的飲用水標準（國家規定的飲用水內酚和汞的標準含量分別在0.002毫克／升及0.001毫克／升以下）。由於湖水受到一定程度的汙染，從1965年以後，局部水域死魚現象屢有發生。太湖局部水域的色度、氨氮含量和耗氧量有超標的現象，陽澄湖湖水氨氮水負荷量平均每平方公裏為1.2公斤，磷為0.6公斤。安徽省的巢湖，每天由合肥、巢縣等城鎮排入湖內的有害的工業廢水和生活汙水達50噸左右，濱湖農田使用的劇毒高殘農藥亦隨地表徑流排入湖內，致使巢湖及其水係受到一定程度的汙染。據檢測，其上遊南肥河60％的水樣，氰化物和汞的含量均有超標的現象。湖內部分水域汞的含量超過國家標準。由於湖泊水域受到一定程度的汙染，使漁業資源發生了顯著變化，20世紀60年代初期調查時，湖中棲息的魚類有90餘種，70年代初再次調查時隻有62種。再如雲南省的滇池，由於受到工農業汙水的影響，在部分監測的水樣中亦能檢驗出酚、氰、砷、鉛及氟等有毒物質。
治理受汙染的湖泊，有很多方法。在國外常采用疏浚法和人工曝氣法。
疏浚法就是利用疏浚機械將湖底受汙染的沉積物挖去，並運往它處，妥善處置，以達疏浚湖底、淨化湖泊水質之目的。瑞典的特魯曼湖就是通過疏浚工程獲得了良好的效果。按照湖沼學家們的意見精心設計的吸泥泵，把該湖受汙染的淤泥（沉積物）從湖底吸上來，先輸送到岸上淤泥處理廠的沉澱池，將附隨的水量分離出來。分離出來的水再抽至凝集沉澱池，用混凝劑進行處理淨化後再排入湖內。經脫水處理後的淤泥多用於築壩或建造作為水鳥棲息場所的人工島嶼，幹燥後的淤泥亦可用於公園、園藝及溫室等的肥料，所得的資金作為濱湖綠化和公園維修的費用。疏浚後的特魯曼湖水質獲得了改善，溶解氧含量增高，藍藻大為減少，適宜養殖、遊泳和其他各種娛樂活動。人工曝氣法，一般是在切斷外來汙染源的情況下，在湖岸上用壓縮機將空氣或氧氣通過曝氣裝置輸入湖中，或者用水泵將液氧輸送到湖底，使底層湖水含氧量豐富，加速湖底生物殘體的分解，起到控製湖泊汙染，恢複生態平衡的目的。這種方法一般隻適用於深水湖。如美國紐約市北郊的瓦卡布克湖，水深40餘米，在進行人工曝氣以前，大量的有機物沉積於湖底，因而耗盡了底層湖水中的氧，底泥中的磷、硫化氫、鐵、錳等物質也由此而逸入水中，使水質進一步惡化。棲息於深水層中的冷水性魚類如鱒魚等，因吸不到氧而逃往上層，但上層湖水溫度高，又不適宜其生存，在這種情況下，鱒魚不是悶死在底層就是熱死在上層。1973年在瓦卡布克湖進行人工曝氣後，水質獲得了改善，生態環境發生了顯著變化，在人工曝氣一個月以後，就可以在湖中養殖鱒魚了。