除非把自然哲學貫徹並應用到具體的科學上去，又把具體科學再帶回到自然哲學上來，那就請人們不必期待在科學當中（特別是在實用的一部分科學當中）會有多大進步。因為缺少了這個，則天文學、光學、音樂學、許多機械工藝以及醫學本身，（也許人們更覺詫異的）就連道德哲學、政治哲學和邏輯科學也都在內，一並都缺乏深刻性，而隻在事物的表麵上和花樣上滑溜過去。因為這些科學一經分了工而建立起來之後，已不再受到自然哲學的營養了；而其實，自然哲學從它對於運動、光線、聲音、物體的結構和裝配以及人的情感和理智的自覺等等的真正思辨當中，是應當能夠抽獲對個別科學灌注新鮮力量和生機的方法的。這樣看來，科學既已與它的根子分離開來，則它之不複生長也就毫無足怪了。
《新工具》
科學過去之所以僅有極小的進步，還有一個重大的、有力的原因，這就是：大凡走路，如果目標本身沒有擺正，要想取一條正確的途徑是不可能的。科學的、真正的、合法的目標說來不外是這樣：把新的發現和新的力量惠贈給人類生活。但對於這一點，絕大多數人卻沒有感到，他們隻是雇傭化的和論道式的；隻偶然有智慧較敏、又貪圖榮譽的工匠投身於新發明，而他這樣做時多半是以自己的財產為犧牲。一般說來，人們絕無以擴增方術和科學的總量為己任之意，所以即在手邊已有的總量當中，他們所取和所求的也不外那對他們的演講有用，能使他們得利、得名或取得類此便宜的一點東西。即使在大群之中居然有人以誠實的愛情為科學而追求科學，他的對象也還是寧在五花八門的思辨和學說而不在對真理的嚴肅而嚴格的搜求。又即使偶然有人確以誠意來追求真理，他所自任的卻又不外是那種替早經發現的事物安排原因以使人心和理解力得到滿足的真理，而並不是那種足以導致事功的新保證和原理的新光亮的真理。這樣說來，既然科學的目的還沒有擺對，那麼人們在辦法上發生錯誤就不足為奇了。
《新工具》
即使人們有時亦圖從他們的實驗中抽致某種科學或學說，他們卻又幾乎總是以過早的和過於輕率的熱情歪向實踐方麵。這不僅從實踐的效用和結果著想，而且也是由於急切地從某種新功效的形跡中使自己獲得一種保證，知道值得繼續前進；也是由於他們急於想在世界麵前露點頭角，從而使人們對他們所從事的事業提高信任。這樣，他們就和亞塔蘭塔一樣，跑上岔道上去拾金蘋果，同時就打亂了自己的途程，致使勝利從手中跑掉。在經驗的真正的途程中，在把經驗推進到產生新事物的過程中，我們必須以神的智慧和秩序作為我們的模範。且看上帝在創世的第一天僅隻創造了光，把整整一天的功夫都用於這一工作，而並未造出什麼物質的實體。同樣，我們從各種經驗中也應當首先努力發現真正的原因和真正的公理，應當首先追求能給以光的實驗，而不是給以利益的實驗。因為當各種公理被正確地發現和建立起來時，就會給我們提供實踐以工具，不是一件又一件的，而是累累成堆的，並且後麵還帶著成行成隊的事功。關於經驗的一些途徑，其被阻與受困一如判斷之被阻與受困的一些途徑，……這裏我隻是把通常的實驗研究作為一種壞的論證來提一下罷了。現在，依照手中問題的順序，我還須就另外兩點有所闡說：一點是前文剛剛提到的跡象（表明現在通行的思辨和哲學體係是情況惡劣的一些跡象），另一點是那種初看似覺奇怪難信的情況所以存在的原因。指出跡象就能醞釀人們的同意；說明原因則能免除人們的驚奇：這兩件事都大有助於從理解力當中根絕假象的工作，使這工作較為容易並較為溫和一些。
《新工具》
同想象關係密切，而較少涉及理性的科學大約有三種：一為星相學，二為幻術，三為煉金術。這兒種科學所企圖的所自負的，頗覺高尚。因為星相學自誇可以發現出天體同地體的關係或影響來；幻術自誇可以自由應用自然哲學的各種觀察，做出驚人的奇觀來；煉金術自誇可以把自然實體中那些原來結合在一起的各種不相似的部分相互分離開。不過實現這些企圖的妙計和方法，無論在學理方麵或實行方麵都充滿了錯誤和虛妄。那些大學者們都可以暖昧不明的著述，來掩飾藏匿自己的缺點，總以為自己的秘寶是得自耳聞同其他詭計，好使人們仍舊相信他們的蒙蔽。我們正可以把煉金術同伊索寓言上的農夫相比。這位農夫在要死的時候告訴他的兒子們說，他曾給他們留下金子，埋在葡萄園中的地下，幾個兒子因此就掘遍了園中的土地，但沒有找到金子，不過因為他們把園子的土地整個整了一回，所以結果土肥根深，於是第二年，他們便獲得了葡萄豐收。同樣，煉金家也因為千方百計想辦法要煉出金子，所以他們也發現了很多功效非凡的發明和實驗，這些一方麵可以啟發自然的秘密，一方麵又可以為人們的生活所利用。
《學術的進展》
我們可以把自然哲學分為礦苗同火爐兩部分，一部分為從事於開鑿的先鋒，一部分為從事於鍛煉的金工。與此相類似的，還有另一種區分，雖然在哲學上已經迂腐陳舊，我也十分願意采用。這就是把自然哲學分為兩部分：一部分研究原因，一部分產生結果；一部分是從事於觀察的自然科學，一部分是從事實用的自然技術。因為在政治方麵，既然有理論的知識同實用的能力這兩種區分，所以在自然哲學方麵，也應當有相應的兩層類別。